Figure 1.Compare clustering results. Left panel: The difference score, number of clusters and the block mean of different clusterings. Right panel: Concordance between clustering methods. The concordance measures how similar two clusterings are. The definition of the concordance score can be found here.
Table 1.Number of clusters identified by each clustering method. Numbers in the table indicate the number of clusters. The numbers inside the parentheses are the number of clusters with size >= 5.
ID | binary_cut | kmeans | pam | dynamicTreeCut | mclust | apcluster | hdbscan | fast_greedy | louvain | walktrap | MCL | Details |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
E-GEOD-101794_g2_g1 | 31(24) | 22(22) | 19(19) | 37(37) | 76(41) | 24(24) | 28(28) | 12(10) | 12(10) | 17(8) | 10(8) | view |
E-GEOD-10311_A-AFFY-44_g6_g4 | 22(12) | 11(9) | 11(11) | 14(14) | 19(12) | 18(13) | 13(13) | 11(9) | 12(10) | 4(2) | 9(4) | view |
E-GEOD-10718_A-AFFY-44_g4_g3 | 23(6) | 7(7) | 9(7) | 9(9) | 17(7) | 14(7) | 8(8) | 15(7) | 15(7) | 16(2) | 12(2) | view |
E-GEOD-10718_A-AFFY-44_g5_g6 | 24(9) | 9(9) | 13(11) | 14(14) | 18(11) | 19(13) | 12(12) | 15(11) | 15(11) | 29(6) | 11(2) | view |
E-GEOD-11285_A-AFFY-44_g3_g4 | 17(6) | 7(6) | 7(7) | 9(9) | 14(7) | 16(7) | 8(7) | 13(7) | 13(7) | 16(2) | 8(1) | view |
E-GEOD-11348_A-AFFY-44_g6_g3 | 28(20) | 15(15) | 29(27) | 33(33) | 31(26) | 23(23) | 23(23) | 11(9) | 10(8) | 9(6) | 9(7) | view |
E-GEOD-11408_A-AFFY-1_g1_g2 | 28(23) | 22(19) | 22(22) | 32(32) | 30(26) | 26(26) | 26(26) | 9(7) | 8(6) | 7(5) | 9(7) | view |
E-GEOD-11783_A-AFFY-44_g1_g2 | 18(13) | 9(9) | 13(13) | 18(18) | 21(14) | 14(14) | 14(13) | 9(7) | 9(7) | 8(6) | 7(5) | view |
E-GEOD-11839_A-AFFY-44_g2_g1 | 16(6) | 6(6) | 7(7) | 9(9) | 14(6) | 14(6) | 8(8) | 10(7) | 10(7) | 2(2) | 5(2) | view |
E-GEOD-11886_A-AFFY-44_g3_g1 | 20(13) | 12(11) | 12(12) | 15(15) | 25(14) | 17(13) | 14(14) | 9(9) | 9(9) | 4(4) | 5(5) | view |
E-GEOD-11903_A-AFFY-37_g7_g10 | 19(11) | 9(9) | 10(9) | 13(13) | 17(11) | 15(12) | 12(12) | 7(5) | 7(5) | 5(3) | 8(6) | view |
E-GEOD-11903_A-AFFY-37_g7_g9 | 28(19) | 15(13) | 23(20) | 25(25) | 26(19) | 24(20) | 21(21) | 7(6) | 7(6) | 6(5) | 8(7) | view |
E-GEOD-11919_A-AFFY-44_g1_g2 | 19(5) | 7(6) | 7(6) | 9(9) | 14(6) | 13(8) | 8(8) | 13(7) | 13(7) | 14(2) | 8(2) | view |
E-GEOD-11919_A-AFFY-44_g1_g3 | 19(3) | 5(5) | 6(4) | 7(7) | 12(4) | 11(6) | 6(6) | 15(3) | 15(3) | 10(3) | 8(1) | view |
E-GEOD-12265_A-AFFY-44_g1_g4 | 15(6) | 5(4) | 7(7) | 10(10) | 12(7) | 11(8) | 8(8) | 9(7) | 9(7) | 9(5) | 10(6) | view |
E-GEOD-12773_A-AFFY-44_g1_g2 | 18(5) | 8(6) | 7(7) | 9(9) | 14(7) | 14(8) | 7(7) | 7(5) | 8(6) | 4(3) | 6(4) | view |
E-GEOD-12791_A-AFFY-33_g3_g1 | 21(15) | 6(6) | 14(14) | 18(18) | 27(17) | 19(16) | 17(17) | 8(8) | 8(8) | 4(4) | 8(7) | view |
E-GEOD-12791_A-AFFY-33_g3_g2 | 25(20) | 10(10) | 23(22) | 28(28) | 46(24) | 24(21) | 23(23) | 5(4) | 5(4) | 5(4) | 9(8) | view |
E-GEOD-12791_A-AFFY-33_g4_g2 | 22(11) | 13(12) | 14(13) | 16(16) | 21(11) | 17(12) | 13(13) | 9(6) | 9(6) | 6(3) | 10(4) | view |
E-GEOD-13637_A-AFFY-44_g1_g2 | 19(8) | 6(6) | 8(6) | 10(10) | 16(8) | 16(9) | 9(9) | 11(9) | 11(9) | 5(4) | 9(4) | view |
E-GEOD-13637_A-AFFY-44_g1_g9 | 14(3) | 3(3) | 6(5) | 5(5) | 12(4) | 13(4) | 4(4) | 12(4) | 12(4) | 3(2) | 5(1) | view |
E-GEOD-13637_A-AFFY-44_g5_g1 | 19(8) | 5(5) | 7(7) | 10(10) | 14(8) | 12(10) | 9(9) | 6(5) | 6(5) | 5(4) | 8(5) | view |
E-GEOD-13762_A-AFFY-44_g3_g2 | 19(4) | 7(6) | 7(6) | 7(7) | 15(5) | 13(7) | 8(8) | 7(5) | 7(5) | 5(3) | 7(3) | view |
E-GEOD-13763_A-AFFY-44_g1_g2 | 13(6) | 8(8) | 6(6) | 9(8) | 10(9) | 10(9) | 9(9) | 11(8) | 11(8) | 9(7) | 2(1) | view |
E-GEOD-13763_A-AFFY-44_g1_g4 | 14(7) | 4(4) | 5(5) | 9(8) | 11(8) | 11(7) | 8(8) | 14(7) | 14(7) | 8(6) | 3(1) | view |
E-GEOD-13909_A-AFFY-44_g3_g4 | 25(17) | 14(11) | 20(19) | 22(22) | 39(20) | 24(19) | 20(20) | 8(8) | 7(7) | 5(5) | 7(7) | view |
E-GEOD-1417_A-AFFY-33_g1_g2 | 14(3) | 5(5) | 6(6) | 6(6) | 11(4) | 11(6) | 6(6) | 11(4) | 11(4) | 10(2) | 5(2) | view |
E-GEOD-14580_A-AFFY-44_g2_g3 | 27(21) | 12(12) | 20(20) | 28(28) | 25(23) | 25(23) | 25(25) | 8(7) | 8(7) | 6(5) | 9(8) | view |
E-GEOD-15811_A-AFFY-44_g1_g2 | 22(10) | 11(10) | 13(12) | 14(14) | 19(10) | 17(13) | 11(11) | 6(4) | 6(4) | 5(3) | 6(3) | view |
E-GEOD-15811_A-AFFY-44_g1_g3 | 24(16) | 16(15) | 17(17) | 22(22) | 40(22) | 21(18) | 20(20) | 5(4) | 6(5) | 5(4) | 6(5) | view |
E-GEOD-15811_A-AFFY-44_g1_g4 | 27(19) | 16(16) | 24(23) | 26(26) | 25(20) | 24(23) | 22(22) | 6(4) | 7(5) | 6(4) | 9(7) | view |
E-GEOD-15893_A-AFFY-44_g3_g2 | 24(13) | 7(7) | 15(13) | 20(20) | 21(15) | 22(15) | 15(15) | 8(6) | 8(6) | 5(3) | 10(7) | view |
E-GEOD-15947_A-AFFY-44_g1_g2 | 26(17) | 12(12) | 20(18) | 22(22) | 25(18) | 23(19) | 19(19) | 7(6) | 7(6) | 6(5) | 11(10) | view |
E-GEOD-16066_A-AFFY-44_g2_g1 | 21(7) | 4(4) | 8(7) | 9(9) | 15(8) | 13(9) | 10(10) | 8(5) | 8(5) | 5(2) | 9(3) | view |
E-GEOD-16238_A-AFFY-44_g2_g1 | 21(11) | 11(10) | 12(12) | 14(14) | 24(11) | 18(12) | 12(12) | 15(12) | 15(12) | 33(5) | 9(3) | view |
E-GEOD-16837_A-AFFY-44_g22_g11 | 20(11) | 11(11) | 11(11) | 14(14) | 22(10) | 16(12) | 13(13) | 8(8) | 8(8) | 4(4) | 8(7) | view |
E-GEOD-16837_A-AFFY-44_g22_g21 | 22(11) | 9(9) | 11(11) | 16(16) | 18(11) | 15(13) | 12(12) | 8(8) | 8(8) | 4(4) | 7(6) | view |
E-GEOD-16837_A-AFFY-44_g22_g29 | 22(12) | 12(10) | 13(13) | 17(17) | 20(12) | 18(14) | 14(14) | 7(6) | 7(6) | 5(4) | 9(7) | view |
E-GEOD-16837_A-AFFY-44_g22_g3 | 21(12) | 12(9) | 12(12) | 17(17) | 21(11) | 18(13) | 13(13) | 8(7) | 8(7) | 5(4) | 8(7) | view |
E-GEOD-16837_A-AFFY-44_g22_g4 | 18(11) | 8(8) | 11(11) | 14(14) | 20(10) | 16(12) | 12(12) | 6(6) | 6(6) | 4(4) | 7(7) | view |
E-GEOD-16879_A-AFFY-44_g13_g1 | 26(23) | 17(17) | 20(20) | 35(35) | 73(41) | 29(27) | 27(27) | 10(9) | 10(9) | 14(9) | 8(7) | view |
E-GEOD-16879_A-AFFY-44_g13_g10 | 25(19) | 20(18) | 21(21) | 28(28) | 39(27) | 23(22) | 22(22) | 8(7) | 8(7) | 7(5) | 9(8) | view |
E-GEOD-16879_A-AFFY-44_g13_g12 | 26(21) | 12(11) | 22(21) | 26(26) | 47(26) | 26(24) | 24(24) | 6(5) | 7(6) | 5(4) | 9(8) | view |
E-GEOD-17347_A-AFFY-44_g4_g2 | 26(20) | 9(9) | 20(20) | 26(26) | 45(24) | 24(23) | 24(24) | 9(8) | 8(7) | 5(4) | 8(7) | view |
E-GEOD-18791_A-AFFY-44_g11_g2 | 19(10) | 7(7) | 11(11) | 13(13) | 17(11) | 15(11) | 12(12) | 5(5) | 5(5) | 4(4) | 8(7) | view |
E-GEOD-19018_A-AFFY-44_g1_g3 | 23(14) | 8(8) | 13(13) | 16(16) | 20(15) | 18(15) | 15(15) | 14(12) | 14(12) | 5(3) | 10(5) | view |
E-GEOD-19018_A-AFFY-44_g2_g1 | 19(5) | 5(4) | 7(6) | 8(8) | 14(6) | 15(5) | 8(8) | 12(6) | 12(6) | 3(2) | 8(2) | view |
E-GEOD-19018_A-AFFY-44_g2_g4 | 27(15) | 21(17) | 17(17) | 19(19) | 24(16) | 22(18) | 18(18) | 17(13) | 17(13) | 7(3) | 11(4) | view |
E-GEOD-19249_A-AFFY-37_g6_g5 | 14(7) | 10(8) | 6(6) | 9(9) | 13(7) | 12(7) | 8(8) | 11(8) | 11(8) | 11(5) | 4(1) | view |
E-GEOD-19279_A-AFFY-33_g2_g4 | 24(14) | 19(14) | 19(18) | 18(18) | 22(15) | 20(17) | 17(17) | 5(3) | 5(3) | 4(2) | 6(5) | view |
E-GEOD-19639_A-AFFY-44_g6_g4 | 12(5) | 7(6) | 6(6) | 8(7) | 10(5) | 10(6) | 6(5) | 11(5) | 11(5) | 6(4) | 3(1) | view |
E-GEOD-19650_A-AFFY-44_g4_g1 | 16(8) | 5(5) | 7(7) | 10(10) | 13(9) | 11(9) | 10(10) | 7(7) | 7(7) | 3(3) | 7(4) | view |
E-GEOD-19650_A-AFFY-44_g4_g2 | 14(5) | 5(4) | 6(5) | 6(6) | 12(5) | 14(5) | 6(6) | 12(5) | 12(5) | 6(2) | 4(2) | view |
E-GEOD-20505_A-AFFY-44_g7_g4 | 25(16) | 10(9) | 17(17) | 19(19) | 22(16) | 20(18) | 18(18) | 7(6) | 7(6) | 5(4) | 8(7) | view |
E-GEOD-20505_A-AFFY-44_g7_g5 | 26(16) | 11(10) | 15(15) | 21(21) | 31(17) | 18(18) | 19(19) | 5(3) | 6(4) | 5(3) | 11(7) | view |
E-GEOD-20505_A-AFFY-44_g7_g6 | 29(19) | 17(16) | 21(21) | 29(29) | 27(20) | 21(21) | 23(23) | 8(5) | 8(5) | 7(4) | 11(8) | view |
E-GEOD-22278_A-AFFY-41_g5_g1 | 17(7) | 7(7) | 10(10) | 12(12) | 13(9) | 11(10) | 9(9) | 9(6) | 10(7) | 8(5) | 10(6) | view |
E-GEOD-22385_A-AFFY-37_g1_g2 | 20(6) | 9(8) | 8(8) | 9(9) | 16(6) | 14(8) | 8(8) | 10(7) | 10(7) | 3(2) | 9(2) | view |
E-GEOD-22529_A-AFFY-33_g2_g1 | 17(5) | 7(7) | 6(6) | 7(7) | 12(7) | 11(6) | 7(7) | 10(6) | 10(6) | 4(3) | 9(6) | view |
E-GEOD-22611_A-AFFY-44_g1_g6 | 14(6) | 10(7) | 6(6) | 8(8) | 11(8) | 12(7) | 8(8) | 13(7) | 13(7) | 11(4) | 4(1) | view |
E-GEOD-22611_A-AFFY-44_g2_g3 | 17(6) | 6(6) | 7(7) | 8(8) | 12(7) | 15(6) | 8(8) | 14(7) | 14(7) | 14(4) | 7(1) | view |
E-GEOD-22779_A-AFFY-44_g4_g1 | 24(12) | 13(12) | 13(12) | 18(18) | 32(15) | 15(13) | 13(13) | 9(8) | 10(9) | 11(7) | 7(6) | view |
E-GEOD-22779_A-AFFY-44_g4_g3 | 27(12) | 7(7) | 16(14) | 17(17) | 23(13) | 18(14) | 14(14) | 9(7) | 9(7) | 8(5) | 10(8) | view |
E-GEOD-23764_A-AFFY-44_g4_g1 | 17(3) | 7(5) | 6(4) | 6(6) | 12(5) | 15(3) | 5(5) | 14(5) | 14(5) | 10(3) | 5(1) | view |
E-GEOD-23930_A-AGIL-28_g2_g4 | 15(7) | 11(9) | 7(7) | 10(10) | 14(7) | 13(7) | 8(8) | 13(8) | 13(8) | 9(3) | 4(1) | view |
E-GEOD-24592_A-AFFY-37_g1_g3 | 18(7) | 8(7) | 9(9) | 11(11) | 18(9) | 15(10) | 11(11) | 13(9) | 13(9) | 17(3) | 7(1) | view |
E-GEOD-24592_A-AFFY-37_g1_g5 | 16(10) | 9(8) | 10(10) | 12(12) | 19(11) | 14(12) | 13(13) | 12(10) | 12(10) | 17(4) | 6(2) | view |
E-GEOD-24592_A-AFFY-37_g2_g6 | 17(7) | 8(8) | 9(8) | 10(10) | 18(8) | 13(10) | 10(10) | 11(9) | 11(9) | 16(4) | 6(1) | view |
E-GEOD-24592_A-AFFY-37_g4_g3 | 23(10) | 11(10) | 10(10) | 13(13) | 19(10) | 18(11) | 12(12) | 13(9) | 13(9) | 7(3) | 12(5) | view |
E-GEOD-24592_A-AFFY-37_g6_g5 | 25(13) | 14(13) | 15(14) | 19(19) | 33(16) | 20(15) | 17(17) | 13(11) | 13(11) | 33(4) | 9(4) | view |
E-GEOD-25412_A-AFFY-141_g3_g1 | 13(6) | 5(5) | 6(6) | 8(8) | 10(8) | 10(7) | 7(7) | 11(7) | 11(7) | 11(3) | 4(2) | view |
E-GEOD-26370_A-AFFY-37_g4_g3 | 20(9) | 9(9) | 10(10) | 14(14) | 15(10) | 13(11) | 12(12) | 14(11) | 14(11) | 17(6) | 6(2) | view |
E-GEOD-26656_A-AFFY-44_g3_g1 | 25(23) | 16(14) | 28(25) | 33(33) | 58(29) | 25(24) | 26(26) | 5(5) | 5(5) | 5(5) | 7(7) | view |
E-GEOD-26656_A-AFFY-44_g4_g2 | 18(4) | 8(5) | 6(5) | 7(7) | 13(6) | 13(6) | 5(5) | 11(6) | 11(6) | 3(2) | 7(2) | view |
E-GEOD-28784_A-AFFY-33_g2_g1 | 25(19) | 13(13) | 19(18) | 24(24) | 42(23) | 23(20) | 20(20) | 6(5) | 5(5) | 4(4) | 9(8) | view |
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E-GEOD-55048_g1_g2 | 24(13) | 8(7) | 14(14) | 17(17) | 19(15) | 16(15) | 16(16) | 6(4) | 6(4) | 5(3) | 11(7) | view |
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E-GEOD-55235_A-AFFY-33_g1_g2 | 24(15) | 19(13) | 15(15) | 19(19) | 31(16) | 23(15) | 16(16) | 6(6) | 6(6) | 4(4) | 9(7) | view |
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E-GEOD-55510_A-AFFY-44_g1_g2 | 25(19) | 14(14) | 23(23) | 26(26) | 52(27) | 23(22) | 22(22) | 9(7) | 10(8) | 10(6) | 7(5) | view |
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E-GEOD-56678_A-AGIL-28_g6_g3 | 30(25) | 16(16) | 24(24) | 32(32) | 57(35) | 28(26) | 27(27) | 8(7) | 9(8) | 6(5) | 8(7) | view |
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E-GEOD-57935_A-AFFY-141_g7_g3 | 12(5) | 6(6) | 5(5) | 7(6) | 10(6) | 11(5) | 6(6) | 12(5) | 12(5) | 7(5) | 2(1) | view |
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E-MTAB-8008_g3_g1 | 26(23) | 23(22) | 24(24) | 36(36) | 50(38) | 27(26) | 27(27) | 7(6) | 7(6) | 5(4) | 9(8) | view |
E-MTAB-8008_g3_g2 | 28(26) | 24(21) | 27(27) | 35(35) | 68(44) | 29(28) | 30(30) | 8(7) | 9(8) | 7(6) | 12(11) | view |
E-MTAB-8052_g3_g1 | 27(22) | 17(15) | 23(23) | 31(31) | 65(32) | 27(26) | 25(25) | 8(6) | 8(6) | 6(4) | 8(6) | view |
E-MTAB-8198_g2_g1 | 24(14) | 9(9) | 15(15) | 20(20) | 30(16) | 21(16) | 15(15) | 10(9) | 11(10) | 3(2) | 9(5) | view |
E-MTAB-8214_g1_g2 | 14(6) | 7(6) | 6(6) | 8(8) | 12(6) | 12(6) | 7(7) | 12(7) | 12(7) | 12(4) | 5(1) | view |
E-MTAB-8444_g15_g10 | 15(6) | 7(7) | 7(7) | 8(8) | 11(6) | 11(6) | 8(8) | 12(6) | 12(6) | 12(4) | 6(1) | view |
E-MTAB-8572_g2_g1 | 19(9) | 6(6) | 9(9) | 11(11) | 18(9) | 12(10) | 11(11) | 8(8) | 7(7) | 3(3) | 8(4) | view |
E-TABM-1118_A-AFFY-44_g2_g1 | 29(22) | 13(12) | 22(22) | 27(27) | 26(22) | 23(22) | 23(23) | 6(4) | 6(4) | 6(4) | 10(8) | view |
E-TABM-15_A-AFFY-33_g3_g1 | 23(12) | 5(5) | 12(12) | 14(14) | 21(12) | 17(13) | 14(14) | 5(3) | 5(3) | 4(2) | 9(4) | view |
E-TABM-15_A-AFFY-33_g3_g2 | 26(18) | 19(17) | 24(22) | 26(26) | 48(23) | 23(19) | 21(21) | 6(5) | 6(5) | 5(4) | 8(7) | view |