EBI_Expression_Atlas_DO (applied on semantic similarity matrix)


Figure 1.Compare clustering results. Left panel: The difference score, number of clusters and the block mean of different clusterings. Right panel: Concordance between clustering methods. The concordance measures how similar two clusterings are. The definition of the concordance score can be found here.

Table 1.Number of clusters identified by each clustering method. Numbers in the table indicate the number of clusters. The numbers inside the parentheses are the number of clusters with size >= 5.

ID binary_cut kmeans pam dynamicTreeCut mclust apcluster hdbscan fast_greedy louvain walktrap MCL Details
E-GEOD-101794_g2_g1 31(24) 22(22) 19(19) 37(37) 76(41) 24(24) 28(28) 12(10) 12(10) 17(8) 10(8) view
E-GEOD-10311_A-AFFY-44_g6_g4 22(12) 11(9) 11(11) 14(14) 19(12) 18(13) 13(13) 11(9) 12(10) 4(2) 9(4) view
E-GEOD-10718_A-AFFY-44_g4_g3 23(6) 7(7) 9(7) 9(9) 17(7) 14(7) 8(8) 15(7) 15(7) 16(2) 12(2) view
E-GEOD-10718_A-AFFY-44_g5_g6 24(9) 9(9) 13(11) 14(14) 18(11) 19(13) 12(12) 15(11) 15(11) 29(6) 11(2) view
E-GEOD-11285_A-AFFY-44_g3_g4 17(6) 7(6) 7(7) 9(9) 14(7) 16(7) 8(7) 13(7) 13(7) 16(2) 8(1) view
E-GEOD-11348_A-AFFY-44_g6_g3 28(20) 15(15) 29(27) 33(33) 31(26) 23(23) 23(23) 11(9) 10(8) 9(6) 9(7) view
E-GEOD-11408_A-AFFY-1_g1_g2 28(23) 22(19) 22(22) 32(32) 30(26) 26(26) 26(26) 9(7) 8(6) 7(5) 9(7) view
E-GEOD-11783_A-AFFY-44_g1_g2 18(13) 9(9) 13(13) 18(18) 21(14) 14(14) 14(13) 9(7) 9(7) 8(6) 7(5) view
E-GEOD-11839_A-AFFY-44_g2_g1 16(6) 6(6) 7(7) 9(9) 14(6) 14(6) 8(8) 10(7) 10(7) 2(2) 5(2) view
E-GEOD-11886_A-AFFY-44_g3_g1 20(13) 12(11) 12(12) 15(15) 25(14) 17(13) 14(14) 9(9) 9(9) 4(4) 5(5) view
E-GEOD-11903_A-AFFY-37_g7_g10 19(11) 9(9) 10(9) 13(13) 17(11) 15(12) 12(12) 7(5) 7(5) 5(3) 8(6) view
E-GEOD-11903_A-AFFY-37_g7_g9 28(19) 15(13) 23(20) 25(25) 26(19) 24(20) 21(21) 7(6) 7(6) 6(5) 8(7) view
E-GEOD-11919_A-AFFY-44_g1_g2 19(5) 7(6) 7(6) 9(9) 14(6) 13(8) 8(8) 13(7) 13(7) 14(2) 8(2) view
E-GEOD-11919_A-AFFY-44_g1_g3 19(3) 5(5) 6(4) 7(7) 12(4) 11(6) 6(6) 15(3) 15(3) 10(3) 8(1) view
E-GEOD-12265_A-AFFY-44_g1_g4 15(6) 5(4) 7(7) 10(10) 12(7) 11(8) 8(8) 9(7) 9(7) 9(5) 10(6) view
E-GEOD-12773_A-AFFY-44_g1_g2 18(5) 8(6) 7(7) 9(9) 14(7) 14(8) 7(7) 7(5) 8(6) 4(3) 6(4) view
E-GEOD-12791_A-AFFY-33_g3_g1 21(15) 6(6) 14(14) 18(18) 27(17) 19(16) 17(17) 8(8) 8(8) 4(4) 8(7) view
E-GEOD-12791_A-AFFY-33_g3_g2 25(20) 10(10) 23(22) 28(28) 46(24) 24(21) 23(23) 5(4) 5(4) 5(4) 9(8) view
E-GEOD-12791_A-AFFY-33_g4_g2 22(11) 13(12) 14(13) 16(16) 21(11) 17(12) 13(13) 9(6) 9(6) 6(3) 10(4) view
E-GEOD-13637_A-AFFY-44_g1_g2 19(8) 6(6) 8(6) 10(10) 16(8) 16(9) 9(9) 11(9) 11(9) 5(4) 9(4) view
E-GEOD-13637_A-AFFY-44_g1_g9 14(3) 3(3) 6(5) 5(5) 12(4) 13(4) 4(4) 12(4) 12(4) 3(2) 5(1) view
E-GEOD-13637_A-AFFY-44_g5_g1 19(8) 5(5) 7(7) 10(10) 14(8) 12(10) 9(9) 6(5) 6(5) 5(4) 8(5) view
E-GEOD-13762_A-AFFY-44_g3_g2 19(4) 7(6) 7(6) 7(7) 15(5) 13(7) 8(8) 7(5) 7(5) 5(3) 7(3) view
E-GEOD-13763_A-AFFY-44_g1_g2 13(6) 8(8) 6(6) 9(8) 10(9) 10(9) 9(9) 11(8) 11(8) 9(7) 2(1) view
E-GEOD-13763_A-AFFY-44_g1_g4 14(7) 4(4) 5(5) 9(8) 11(8) 11(7) 8(8) 14(7) 14(7) 8(6) 3(1) view
E-GEOD-13909_A-AFFY-44_g3_g4 25(17) 14(11) 20(19) 22(22) 39(20) 24(19) 20(20) 8(8) 7(7) 5(5) 7(7) view
E-GEOD-1417_A-AFFY-33_g1_g2 14(3) 5(5) 6(6) 6(6) 11(4) 11(6) 6(6) 11(4) 11(4) 10(2) 5(2) view
E-GEOD-14580_A-AFFY-44_g2_g3 27(21) 12(12) 20(20) 28(28) 25(23) 25(23) 25(25) 8(7) 8(7) 6(5) 9(8) view
E-GEOD-15811_A-AFFY-44_g1_g2 22(10) 11(10) 13(12) 14(14) 19(10) 17(13) 11(11) 6(4) 6(4) 5(3) 6(3) view
E-GEOD-15811_A-AFFY-44_g1_g3 24(16) 16(15) 17(17) 22(22) 40(22) 21(18) 20(20) 5(4) 6(5) 5(4) 6(5) view
E-GEOD-15811_A-AFFY-44_g1_g4 27(19) 16(16) 24(23) 26(26) 25(20) 24(23) 22(22) 6(4) 7(5) 6(4) 9(7) view
E-GEOD-15893_A-AFFY-44_g3_g2 24(13) 7(7) 15(13) 20(20) 21(15) 22(15) 15(15) 8(6) 8(6) 5(3) 10(7) view
E-GEOD-15947_A-AFFY-44_g1_g2 26(17) 12(12) 20(18) 22(22) 25(18) 23(19) 19(19) 7(6) 7(6) 6(5) 11(10) view
E-GEOD-16066_A-AFFY-44_g2_g1 21(7) 4(4) 8(7) 9(9) 15(8) 13(9) 10(10) 8(5) 8(5) 5(2) 9(3) view
E-GEOD-16238_A-AFFY-44_g2_g1 21(11) 11(10) 12(12) 14(14) 24(11) 18(12) 12(12) 15(12) 15(12) 33(5) 9(3) view
E-GEOD-16837_A-AFFY-44_g22_g11 20(11) 11(11) 11(11) 14(14) 22(10) 16(12) 13(13) 8(8) 8(8) 4(4) 8(7) view
E-GEOD-16837_A-AFFY-44_g22_g21 22(11) 9(9) 11(11) 16(16) 18(11) 15(13) 12(12) 8(8) 8(8) 4(4) 7(6) view
E-GEOD-16837_A-AFFY-44_g22_g29 22(12) 12(10) 13(13) 17(17) 20(12) 18(14) 14(14) 7(6) 7(6) 5(4) 9(7) view
E-GEOD-16837_A-AFFY-44_g22_g3 21(12) 12(9) 12(12) 17(17) 21(11) 18(13) 13(13) 8(7) 8(7) 5(4) 8(7) view
E-GEOD-16837_A-AFFY-44_g22_g4 18(11) 8(8) 11(11) 14(14) 20(10) 16(12) 12(12) 6(6) 6(6) 4(4) 7(7) view
E-GEOD-16879_A-AFFY-44_g13_g1 26(23) 17(17) 20(20) 35(35) 73(41) 29(27) 27(27) 10(9) 10(9) 14(9) 8(7) view
E-GEOD-16879_A-AFFY-44_g13_g10 25(19) 20(18) 21(21) 28(28) 39(27) 23(22) 22(22) 8(7) 8(7) 7(5) 9(8) view
E-GEOD-16879_A-AFFY-44_g13_g12 26(21) 12(11) 22(21) 26(26) 47(26) 26(24) 24(24) 6(5) 7(6) 5(4) 9(8) view
E-GEOD-17347_A-AFFY-44_g4_g2 26(20) 9(9) 20(20) 26(26) 45(24) 24(23) 24(24) 9(8) 8(7) 5(4) 8(7) view
E-GEOD-18791_A-AFFY-44_g11_g2 19(10) 7(7) 11(11) 13(13) 17(11) 15(11) 12(12) 5(5) 5(5) 4(4) 8(7) view
E-GEOD-19018_A-AFFY-44_g1_g3 23(14) 8(8) 13(13) 16(16) 20(15) 18(15) 15(15) 14(12) 14(12) 5(3) 10(5) view
E-GEOD-19018_A-AFFY-44_g2_g1 19(5) 5(4) 7(6) 8(8) 14(6) 15(5) 8(8) 12(6) 12(6) 3(2) 8(2) view
E-GEOD-19018_A-AFFY-44_g2_g4 27(15) 21(17) 17(17) 19(19) 24(16) 22(18) 18(18) 17(13) 17(13) 7(3) 11(4) view
E-GEOD-19249_A-AFFY-37_g6_g5 14(7) 10(8) 6(6) 9(9) 13(7) 12(7) 8(8) 11(8) 11(8) 11(5) 4(1) view
E-GEOD-19279_A-AFFY-33_g2_g4 24(14) 19(14) 19(18) 18(18) 22(15) 20(17) 17(17) 5(3) 5(3) 4(2) 6(5) view
E-GEOD-19639_A-AFFY-44_g6_g4 12(5) 7(6) 6(6) 8(7) 10(5) 10(6) 6(5) 11(5) 11(5) 6(4) 3(1) view
E-GEOD-19650_A-AFFY-44_g4_g1 16(8) 5(5) 7(7) 10(10) 13(9) 11(9) 10(10) 7(7) 7(7) 3(3) 7(4) view
E-GEOD-19650_A-AFFY-44_g4_g2 14(5) 5(4) 6(5) 6(6) 12(5) 14(5) 6(6) 12(5) 12(5) 6(2) 4(2) view
E-GEOD-20505_A-AFFY-44_g7_g4 25(16) 10(9) 17(17) 19(19) 22(16) 20(18) 18(18) 7(6) 7(6) 5(4) 8(7) view
E-GEOD-20505_A-AFFY-44_g7_g5 26(16) 11(10) 15(15) 21(21) 31(17) 18(18) 19(19) 5(3) 6(4) 5(3) 11(7) view
E-GEOD-20505_A-AFFY-44_g7_g6 29(19) 17(16) 21(21) 29(29) 27(20) 21(21) 23(23) 8(5) 8(5) 7(4) 11(8) view
E-GEOD-22278_A-AFFY-41_g5_g1 17(7) 7(7) 10(10) 12(12) 13(9) 11(10) 9(9) 9(6) 10(7) 8(5) 10(6) view
E-GEOD-22385_A-AFFY-37_g1_g2 20(6) 9(8) 8(8) 9(9) 16(6) 14(8) 8(8) 10(7) 10(7) 3(2) 9(2) view
E-GEOD-22529_A-AFFY-33_g2_g1 17(5) 7(7) 6(6) 7(7) 12(7) 11(6) 7(7) 10(6) 10(6) 4(3) 9(6) view
E-GEOD-22611_A-AFFY-44_g1_g6 14(6) 10(7) 6(6) 8(8) 11(8) 12(7) 8(8) 13(7) 13(7) 11(4) 4(1) view
E-GEOD-22611_A-AFFY-44_g2_g3 17(6) 6(6) 7(7) 8(8) 12(7) 15(6) 8(8) 14(7) 14(7) 14(4) 7(1) view
E-GEOD-22779_A-AFFY-44_g4_g1 24(12) 13(12) 13(12) 18(18) 32(15) 15(13) 13(13) 9(8) 10(9) 11(7) 7(6) view
E-GEOD-22779_A-AFFY-44_g4_g3 27(12) 7(7) 16(14) 17(17) 23(13) 18(14) 14(14) 9(7) 9(7) 8(5) 10(8) view
E-GEOD-23764_A-AFFY-44_g4_g1 17(3) 7(5) 6(4) 6(6) 12(5) 15(3) 5(5) 14(5) 14(5) 10(3) 5(1) view
E-GEOD-23930_A-AGIL-28_g2_g4 15(7) 11(9) 7(7) 10(10) 14(7) 13(7) 8(8) 13(8) 13(8) 9(3) 4(1) view
E-GEOD-24592_A-AFFY-37_g1_g3 18(7) 8(7) 9(9) 11(11) 18(9) 15(10) 11(11) 13(9) 13(9) 17(3) 7(1) view
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E-GEOD-24592_A-AFFY-37_g2_g6 17(7) 8(8) 9(8) 10(10) 18(8) 13(10) 10(10) 11(9) 11(9) 16(4) 6(1) view
E-GEOD-24592_A-AFFY-37_g4_g3 23(10) 11(10) 10(10) 13(13) 19(10) 18(11) 12(12) 13(9) 13(9) 7(3) 12(5) view
E-GEOD-24592_A-AFFY-37_g6_g5 25(13) 14(13) 15(14) 19(19) 33(16) 20(15) 17(17) 13(11) 13(11) 33(4) 9(4) view
E-GEOD-25412_A-AFFY-141_g3_g1 13(6) 5(5) 6(6) 8(8) 10(8) 10(7) 7(7) 11(7) 11(7) 11(3) 4(2) view
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E-GEOD-28784_A-AFFY-33_g2_g1 25(19) 13(13) 19(18) 24(24) 42(23) 23(20) 20(20) 6(5) 5(5) 4(4) 9(8) view
E-GEOD-28784_A-AFFY-33_g2_g3 20(11) 9(8) 11(11) 15(15) 18(11) 17(13) 13(13) 9(6) 9(6) 5(2) 9(4) view
E-GEOD-29137_A-AFFY-44_g4_g2 21(10) 7(7) 11(11) 14(14) 20(11) 18(13) 13(13) 10(8) 9(7) 3(2) 6(4) view
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E-GEOD-3183_A-AFFY-33_g4_g2 25(14) 14(13) 15(15) 19(19) 31(15) 22(17) 17(17) 15(13) 15(13) 5(3) 11(4) view
E-GEOD-3307_A-AFFY-33_g1_g13 31(18) 14(14) 23(21) 24(24) 26(19) 23(19) 20(20) 8(6) 8(6) 7(4) 9(7) view
E-GEOD-33294_g1_g2 27(13) 8(7) 16(15) 16(16) 23(13) 21(15) 15(15) 9(7) 9(7) 6(4) 13(6) view
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