EBI_Expression_Atlas_DO_jaccard (applied on jaccard coeffcient matrix)


Figure 1.Compare clustering results. Left panel: The difference score, number of clusters and the block mean of different clusterings. Right panel: Concordance between clustering methods. The concordance measures how similar two clusterings are. The definition of the concordance score can be found here.

Table 1.Number of clusters identified by each clustering method. Numbers in the table indicate the number of clusters. The numbers inside the parentheses are the number of clusters with size >= 5.

ID binary_cut kmeans pam dynamicTreeCut mclust apcluster hdbscan fast_greedy louvain walktrap MCL Details
E-GEOD-101794_g2_g1 4(3) 29(17) 40(16) 42(42) 8(8) 100(20) 4(4) 8(5) 7(6) 5(2) 14(1) view
E-GEOD-10311_A-AFFY-44_g6_g4 1(1) 6(3) 11(3) 8(8) 7(5) 32(5) 3(3) 12(7) 13(8) 17(3) 16(1) view
E-GEOD-10718_A-AFFY-44_g4_g3 2(2) 9(4) 9(3) 8(8) 16(4) 20(4) 2(2) 17(6) 15(6) 11(3) 7(2) view
E-GEOD-10718_A-AFFY-44_g5_g6 2(2) 6(6) 13(6) 13(13) 19(11) 31(7) 5(5) 17(12) 16(12) 8(2) 7(1) view
E-GEOD-11285_A-AFFY-44_g3_g4 2(2) 7(4) 7(4) 8(8) 8(5) 19(6) 3(2) 15(8) 15(8) 15(2) 11(1) view
E-GEOD-11348_A-AFFY-44_g6_g3 6(3) 37(22) 29(14) 32(32) 9(9) 77(19) 3(2) 10(7) 7(7) 4(2) 11(1) view
E-GEOD-11408_A-AFFY-1_g1_g2 1(1) 16(12) 31(13) 31(31) 7(7) 78(19) 4(4) 7(5) 7(5) 6(3) 10(1) view
E-GEOD-11783_A-AFFY-44_g1_g2 1(1) 15(10) 17(6) 15(15) 5(5) 41(8) 3(3) 11(8) 10(10) 11(3) 13(2) view
E-GEOD-11839_A-AFFY-44_g2_g1 1(1) 6(3) 7(2) 7(7) 13(4) 17(4) 3(3) 16(7) 16(7) 3(1) 11(1) view
E-GEOD-11886_A-AFFY-44_g3_g1 1(1) 5(4) 12(5) 13(13) 15(8) 34(7) 2(2) 14(9) 13(9) 16(4) 15(2) view
E-GEOD-11903_A-AFFY-37_g7_g10 1(1) 7(5) 10(4) 7(7) 6(5) 30(5) 4(4) 13(8) 13(10) 13(2) 13(1) view
E-GEOD-11903_A-AFFY-37_g7_g9 1(1) 18(12) 23(11) 23(23) 5(5) 57(13) 4(4) 9(8) 8(8) 11(3) 10(1) view
E-GEOD-11919_A-AFFY-44_g1_g2 2(2) 7(4) 7(5) 8(8) 5(5) 17(5) 4(3) 16(8) 16(8) 14(3) 11(3) view
E-GEOD-11919_A-AFFY-44_g1_g3 2(2) 10(5) 6(4) 6(6) 11(4) 13(5) 4(3) 18(4) 16(5) 13(3) 12(4) view
E-GEOD-12265_A-AFFY-44_g1_g4 15(2) 6(4) 7(3) 5(5) 3(3) 22(1) 1(1) 13(7) 12(6) 4(2) 12(1) view
E-GEOD-12773_A-AFFY-44_g1_g2 2(1) 5(3) 7(2) 8(7) 3(3) 17(4) 3(3) 14(6) 13(6) 14(2) 9(1) view
E-GEOD-12791_A-AFFY-33_g3_g1 1(1) 14(8) 14(7) 14(14) 6(6) 32(7) 3(2) 11(10) 10(9) 13(3) 13(3) view
E-GEOD-12791_A-AFFY-33_g3_g2 1(1) 19(13) 19(10) 23(23) 3(3) 53(15) 4(4) 8(5) 6(6) 12(3) 17(2) view
E-GEOD-12791_A-AFFY-33_g4_g2 4(3) 12(7) 14(6) 13(13) 4(4) 31(9) 2(2) 11(10) 11(10) 14(2) 18(2) view
E-GEOD-13637_A-AFFY-44_g1_g2 1(1) 9(3) 8(4) 8(8) 16(5) 25(4) 4(4) 14(7) 13(7) 7(3) 13(1) view
E-GEOD-13637_A-AFFY-44_g1_g9 3(2) 5(3) 6(2) 7(7) 8(3) 19(2) 3(3) 16(5) 15(5) 7(3) 10(1) view
E-GEOD-13637_A-AFFY-44_g5_g1 3(2) 9(5) 7(4) 7(7) 10(6) 16(5) 4(4) 14(8) 13(8) 8(2) 10(2) view
E-GEOD-13762_A-AFFY-44_g3_g2 1(1) 11(6) 7(2) 6(6) 15(4) 19(3) 3(3) 13(8) 13(8) 3(2) 6(1) view
E-GEOD-13763_A-AFFY-44_g1_g2 2(2) 5(4) 6(3) 6(6) 9(4) 15(4) 2(2) 14(6) 15(6) 5(2) 6(2) view
E-GEOD-13763_A-AFFY-44_g1_g4 1(1) 4(2) 5(2) 4(4) 11(4) 12(3) 3(3) 15(4) 15(4) 7(2) 5(1) view
E-GEOD-13909_A-AFFY-44_g3_g4 1(1) 13(11) 20(9) 19(19) 4(4) 49(12) 3(2) 10(8) 11(9) 9(2) 11(2) view
E-GEOD-1417_A-AFFY-33_g1_g2 1(1) 9(7) 6(5) 8(8) 7(6) 13(6) 5(5) 14(8) 15(6) 12(4) 7(2) view
E-GEOD-14580_A-AFFY-44_g2_g3 1(1) 18(12) 26(10) 25(25) 4(4) 64(15) 3(3) 7(5) 6(6) 12(4) 15(1) view
E-GEOD-15811_A-AFFY-44_g1_g2 1(1) 14(8) 13(7) 16(16) 3(3) 35(8) 3(3) 10(8) 10(7) 9(2) 7(2) view
E-GEOD-15811_A-AFFY-44_g1_g3 1(1) 13(9) 20(9) 19(19) 6(6) 53(10) 3(3) 7(6) 5(5) 14(3) 18(2) view
E-GEOD-15811_A-AFFY-44_g1_g4 1(1) 18(12) 24(11) 25(25) 7(7) 61(13) 4(4) 6(6) 5(5) 8(4) 6(2) view
E-GEOD-15893_A-AFFY-44_g3_g2 2(2) 18(8) 15(8) 13(13) 3(3) 32(9) 3(3) 12(8) 11(9) 12(2) 11(1) view
E-GEOD-15947_A-AFFY-44_g1_g2 1(1) 15(9) 20(9) 22(22) 6(6) 53(9) 3(3) 7(7) 9(8) 12(4) 11(1) view
E-GEOD-16066_A-AFFY-44_g2_g1 1(1) 14(4) 8(3) 7(7) 10(6) 24(6) 3(3) 15(8) 16(9) 7(2) 8(1) view
E-GEOD-16238_A-AFFY-44_g2_g1 1(1) 13(8) 12(6) 13(13) 13(10) 32(6) 5(5) 15(10) 15(10) 8(2) 11(1) view
E-GEOD-16837_A-AFFY-44_g22_g11 1(1) 8(5) 11(5) 10(10) 17(8) 29(5) 5(5) 13(10) 12(11) 17(4) 12(1) view
E-GEOD-16837_A-AFFY-44_g22_g21 1(1) 12(7) 11(6) 10(10) 21(9) 28(7) 6(6) 12(10) 13(11) 9(2) 7(1) view
E-GEOD-16837_A-AFFY-44_g22_g29 1(1) 15(8) 13(7) 11(11) 14(10) 33(8) 5(5) 12(9) 10(10) 12(2) 14(1) view
E-GEOD-16837_A-AFFY-44_g22_g3 1(1) 11(7) 12(6) 11(11) 14(9) 29(9) 5(5) 11(11) 10(10) 13(3) 9(1) view
E-GEOD-16837_A-AFFY-44_g22_g4 1(1) 8(6) 11(6) 9(9) 18(9) 29(6) 3(3) 14(12) 13(11) 18(4) 12(1) view
E-GEOD-16879_A-AFFY-44_g13_g1 1(1) 42(25) 44(15) 52(52) 8(8) 86(23) 4(4) 9(5) 9(9) 8(2) 14(1) view
E-GEOD-16879_A-AFFY-44_g13_g10 1(1) 15(11) 24(12) 24(24) 5(5) 66(16) 3(3) 10(5) 6(6) 4(2) 12(1) view
E-GEOD-16879_A-AFFY-44_g13_g12 1(1) 16(12) 24(10) 22(22) 8(8) 60(15) 3(3) 6(5) 6(5) 9(3) 16(1) view
E-GEOD-17347_A-AFFY-44_g4_g2 1(1) 14(8) 22(8) 21(21) 7(7) 64(11) 7(7) 8(7) 9(6) 10(3) 11(2) view
E-GEOD-18791_A-AFFY-44_g11_g2 10(3) 8(6) 11(6) 11(11) 5(5) 25(6) 3(3) 12(8) 10(8) 4(2) 16(1) view
E-GEOD-19018_A-AFFY-44_g1_g3 7(3) 12(6) 13(5) 14(14) 23(5) 36(6) 2(2) 15(9) 14(11) 8(3) 11(1) view
E-GEOD-19018_A-AFFY-44_g2_g1 4(2) 6(3) 7(2) 5(5) 14(3) 19(1) 1(1) 13(6) 13(5) 5(2) 7(1) view
E-GEOD-19018_A-AFFY-44_g2_g4 1(1) 24(11) 17(6) 19(19) 3(3) 45(8) 2(2) 13(10) 13(8) 6(2) 13(1) view
E-GEOD-19249_A-AFFY-37_g6_g5 1(1) 7(3) 6(2) 4(4) 10(5) 22(2) 1(1) 13(7) 13(7) 3(2) 9(2) view
E-GEOD-19279_A-AFFY-33_g2_g4 28(4) 15(10) 19(8) 19(19) 3(3) 47(10) 3(3) 9(6) 8(7) 17(4) 17(3) view
E-GEOD-19639_A-AFFY-44_g6_g4 1(1) 5(5) 6(3) 5(5) 11(5) 14(4) 4(4) 15(5) 16(4) 6(3) 4(1) view
E-GEOD-19650_A-AFFY-44_g4_g1 2(2) 7(4) 7(3) 7(7) 13(6) 14(5) 3(3) 13(7) 13(7) 8(3) 6(1) view
E-GEOD-19650_A-AFFY-44_g4_g2 1(1) 6(4) 6(3) 7(7) 10(5) 17(4) 4(4) 15(4) 15(5) 8(2) 5(1) view
E-GEOD-20505_A-AFFY-44_g7_g4 1(1) 16(10) 17(7) 15(15) 3(3) 45(10) 3(3) 9(8) 8(7) 16(3) 14(2) view
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E-GEOD-22278_A-AFFY-41_g5_g1 1(1) 10(7) 10(4) 9(9) 6(6) 28(5) 3(3) 15(10) 13(9) 4(1) 15(2) view
E-GEOD-22385_A-AFFY-37_g1_g2 2(1) 6(2) 8(1) 5(5) 3(3) 19(4) 1(1) 16(7) 17(7) 15(2) 13(1) view
E-GEOD-22529_A-AFFY-33_g2_g1 1(1) 7(5) 6(2) 5(5) 12(5) 19(3) 3(3) 13(6) 12(6) 1(1) 8(1) view
E-GEOD-22611_A-AFFY-44_g1_g6 1(1) 6(2) 6(3) 4(4) 11(3) 13(4) 3(3) 15(5) 14(5) 1(1) 8(1) view
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E-GEOD-22779_A-AFFY-44_g4_g3 1(1) 11(7) 16(6) 13(13) 9(7) 38(8) 6(6) 8(8) 8(7) 12(4) 9(1) view
E-GEOD-23764_A-AFFY-44_g4_g1 1(1) 11(2) 6(1) 4(4) 9(2) 18(1) 1(1) 17(3) 18(2) 8(1) 8(1) view
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E-GEOD-24592_A-AFFY-37_g2_g6 2(2) 11(7) 9(4) 9(9) 16(5) 24(6) 4(4) 17(8) 16(8) 13(3) 9(2) view
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E-GEOD-25412_A-AFFY-141_g3_g1 2(2) 8(6) 6(3) 7(7) 13(6) 16(6) 2(2) 15(6) 15(6) 9(3) 6(2) view
E-GEOD-26370_A-AFFY-37_g4_g3 2(2) 9(7) 10(5) 11(11) 21(5) 26(6) 2(2) 15(11) 15(11) 11(4) 8(1) view
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E-GEOD-26656_A-AFFY-44_g4_g2 2(2) 7(4) 6(3) 6(6) 7(4) 18(4) 3(2) 14(6) 15(7) 8(2) 8(2) view
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E-GEOD-30531_A-AFFY-44_g4_g9 1(1) 13(11) 22(9) 22(22) 5(5) 53(14) 5(5) 10(9) 9(9) 18(3) 16(1) view
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E-GEOD-33294_g1_g2 1(1) 10(8) 16(8) 16(16) 3(3) 42(9) 4(3) 13(9) 10(10) 13(3) 12(1) view
E-GEOD-33643_A-AFFY-44_g7_g4 15(2) 10(7) 21(5) 18(18) 7(7) 57(7) 3(3) 10(7) 8(7) 17(4) 16(3) view
E-GEOD-33643_A-AFFY-44_g7_g5 25(3) 23(14) 25(7) 21(21) 5(5) 61(13) 3(3) 9(6) 6(6) 20(6) 22(2) view
E-GEOD-33643_A-AFFY-44_g7_g8 1(1) 31(14) 30(9) 26(26) 5(5) 84(11) 4(4) 9(6) 8(7) 22(6) 15(5) view
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