EBI_Expression_Atlas_DO_kappa (applied on kappa coeffcient matrix)


Figure 1.Compare clustering results. Left panel: The difference score, number of clusters and the block mean of different clusterings. Right panel: Concordance between clustering methods. The concordance measures how similar two clusterings are. The definition of the concordance score can be found here.

Table 1.Number of clusters identified by each clustering method. Numbers in the table indicate the number of clusters. The numbers inside the parentheses are the number of clusters with size >= 5.

ID binary_cut kmeans pam dynamicTreeCut mclust apcluster hdbscan fast_greedy louvain walktrap MCL Details
E-GEOD-101794_g2_g1 1(1) 24(20) 40(22) 50(50) 9(9) 82(29) 16(16) 5(4) 4(4) 4(2) 4(1) view
E-GEOD-10311_A-AFFY-44_g6_g4 1(1) 9(6) 11(3) 10(10) 5(5) 28(5) 4(4) 9(6) 10(7) 3(2) 7(2) view
E-GEOD-10718_A-AFFY-44_g4_g3 1(1) 8(5) 9(4) 8(8) 17(6) 20(5) 2(2) 11(7) 9(7) 4(2) 3(1) view
E-GEOD-10718_A-AFFY-44_g5_g6 1(1) 9(8) 13(8) 15(15) 9(8) 34(8) 6(6) 13(11) 12(10) 11(4) 4(1) view
E-GEOD-11285_A-AFFY-44_g3_g4 1(1) 6(4) 7(5) 8(8) 11(7) 20(6) 4(4) 14(7) 14(8) 4(2) 10(1) view
E-GEOD-11348_A-AFFY-44_g6_g3 1(1) 24(21) 32(21) 38(38) 10(10) 63(27) 5(5) 6(4) 5(5) 5(3) 3(1) view
E-GEOD-11408_A-AFFY-1_g1_g2 1(1) 14(13) 31(21) 38(38) 12(12) 58(23) 13(13) 4(4) 4(4) 3(2) 3(1) view
E-GEOD-11783_A-AFFY-44_g1_g2 1(1) 12(9) 17(10) 21(21) 6(6) 37(12) 3(3) 8(7) 8(7) 5(3) 5(1) view
E-GEOD-11839_A-AFFY-44_g2_g1 1(1) 8(5) 7(3) 8(8) 14(4) 20(4) 3(3) 12(9) 12(9) 11(2) 8(1) view
E-GEOD-11886_A-AFFY-44_g3_g1 1(1) 10(8) 12(8) 15(15) 17(13) 32(8) 4(4) 7(6) 6(6) 3(2) 6(1) view
E-GEOD-11903_A-AFFY-37_g7_g10 9(2) 6(5) 10(5) 7(7) 11(6) 28(5) 4(4) 7(6) 8(7) 4(2) 7(1) view
E-GEOD-11903_A-AFFY-37_g7_g9 1(1) 13(12) 23(15) 25(25) 6(6) 47(20) 7(7) 5(4) 5(5) 5(2) 4(1) view
E-GEOD-11919_A-AFFY-44_g1_g2 2(2) 10(6) 7(4) 7(7) 14(6) 19(6) 5(5) 13(8) 13(7) 16(3) 7(2) view
E-GEOD-11919_A-AFFY-44_g1_g3 2(2) 9(5) 6(4) 6(6) 12(5) 13(5) 5(5) 15(6) 14(6) 10(3) 9(2) view
E-GEOD-12265_A-AFFY-44_g1_g4 5(1) 9(6) 7(3) 6(6) 7(6) 21(2) 3(3) 9(7) 10(5) 7(2) 7(2) view
E-GEOD-12773_A-AFFY-44_g1_g2 1(1) 8(4) 7(3) 8(8) 11(6) 18(3) 4(4) 9(7) 9(7) 9(2) 8(1) view
E-GEOD-12791_A-AFFY-33_g3_g1 1(1) 13(11) 14(7) 16(16) 26(10) 29(8) 7(7) 7(7) 6(5) 3(2) 5(1) view
E-GEOD-12791_A-AFFY-33_g3_g2 1(1) 17(16) 23(16) 29(29) 3(3) 49(19) 6(6) 7(4) 5(4) 6(2) 6(1) view
E-GEOD-12791_A-AFFY-33_g4_g2 1(1) 10(9) 14(9) 14(14) 4(4) 32(13) 5(5) 9(8) 6(6) 5(2) 9(1) view
E-GEOD-13637_A-AFFY-44_g1_g2 5(2) 8(6) 8(4) 9(9) 4(4) 23(4) 4(4) 10(8) 10(8) 3(2) 6(1) view
E-GEOD-13637_A-AFFY-44_g1_g9 3(2) 6(3) 6(2) 5(5) 8(4) 19(2) 3(3) 12(5) 13(6) 7(3) 8(1) view
E-GEOD-13637_A-AFFY-44_g5_g1 1(1) 6(5) 7(5) 9(9) 7(6) 15(6) 5(5) 10(7) 9(8) 4(3) 9(1) view
E-GEOD-13762_A-AFFY-44_g3_g2 22(3) 6(3) 7(4) 9(9) 10(7) 19(3) 4(4) 10(7) 8(6) 3(2) 2(1) view
E-GEOD-13763_A-AFFY-44_g1_g2 1(1) 4(3) 6(3) 6(6) 12(5) 15(3) 2(2) 13(6) 13(6) 9(3) 4(2) view
E-GEOD-13763_A-AFFY-44_g1_g4 1(1) 3(3) 5(4) 5(5) 11(3) 12(4) 4(4) 13(5) 13(5) 8(2) 5(1) view
E-GEOD-13909_A-AFFY-44_g3_g4 3(2) 18(13) 20(14) 24(24) 6(6) 40(17) 3(2) 7(5) 6(5) 7(2) 6(1) view
E-GEOD-1417_A-AFFY-33_g1_g2 17(5) 9(6) 6(5) 8(8) 11(5) 13(5) 5(5) 13(7) 13(7) 7(2) 5(2) view
E-GEOD-14580_A-AFFY-44_g2_g3 1(1) 16(12) 26(15) 31(31) 7(7) 50(20) 4(4) 5(4) 5(5) 2(2) 3(1) view
E-GEOD-15811_A-AFFY-44_g1_g2 1(1) 9(8) 13(9) 16(16) 8(8) 33(8) 8(8) 5(5) 6(6) 4(2) 5(2) view
E-GEOD-15811_A-AFFY-44_g1_g3 1(1) 16(12) 20(12) 21(21) 9(9) 43(16) 3(3) 4(4) 4(4) 3(2) 6(1) view
E-GEOD-15811_A-AFFY-44_g1_g4 1(1) 13(13) 24(14) 29(29) 5(5) 45(16) 6(6) 4(3) 5(5) 2(2) 2(2) view
E-GEOD-15893_A-AFFY-44_g3_g2 1(1) 13(9) 15(9) 16(16) 3(3) 30(11) 9(9) 8(5) 7(5) 6(3) 7(1) view
E-GEOD-15947_A-AFFY-44_g1_g2 1(1) 14(12) 20(12) 24(24) 8(8) 44(13) 5(5) 6(5) 6(5) 4(2) 4(1) view
E-GEOD-16066_A-AFFY-44_g2_g1 1(1) 12(7) 8(5) 8(8) 15(7) 21(6) 6(6) 10(6) 9(5) 5(2) 6(1) view
E-GEOD-16238_A-AFFY-44_g2_g1 1(1) 12(8) 12(8) 15(15) 13(10) 33(8) 5(5) 11(9) 11(9) 12(4) 8(1) view
E-GEOD-16837_A-AFFY-44_g22_g11 1(1) 12(7) 11(7) 12(12) 19(9) 22(7) 6(6) 10(8) 10(8) 8(3) 5(1) view
E-GEOD-16837_A-AFFY-44_g22_g21 1(1) 14(11) 11(7) 11(11) 21(11) 25(8) 6(6) 9(8) 8(8) 5(3) 2(1) view
E-GEOD-16837_A-AFFY-44_g22_g29 1(1) 7(7) 12(9) 15(15) 15(12) 32(11) 6(6) 8(8) 8(8) 9(3) 5(1) view
E-GEOD-16837_A-AFFY-44_g22_g3 1(1) 16(10) 12(7) 15(15) 13(10) 26(11) 6(6) 8(7) 8(8) 6(3) 3(1) view
E-GEOD-16837_A-AFFY-44_g22_g4 1(1) 9(5) 11(7) 13(12) 12(9) 24(10) 6(6) 9(8) 9(8) 6(3) 5(2) view
E-GEOD-16879_A-AFFY-44_g13_g1 1(1) 18(17) 44(26) 56(56) 10(10) 93(32) 18(18) 6(5) 5(5) 4(2) 7(1) view
E-GEOD-16879_A-AFFY-44_g13_g10 1(1) 17(14) 24(17) 28(28) 6(6) 53(19) 15(15) 8(4) 7(6) 4(2) 3(1) view
E-GEOD-16879_A-AFFY-44_g13_g12 1(1) 18(14) 24(15) 25(25) 9(9) 46(20) 4(4) 6(5) 4(3) 4(2) 3(1) view
E-GEOD-17347_A-AFFY-44_g4_g2 1(1) 15(14) 22(11) 28(28) 7(7) 46(16) 10(10) 6(5) 5(5) 5(3) 4(1) view
E-GEOD-18791_A-AFFY-44_g11_g2 1(1) 8(7) 11(8) 13(13) 9(8) 24(9) 8(8) 7(7) 7(6) 5(3) 3(1) view
E-GEOD-19018_A-AFFY-44_g1_g3 1(1) 9(9) 13(5) 13(13) 5(5) 34(8) 2(2) 9(8) 9(7) 8(3) 5(1) view
E-GEOD-19018_A-AFFY-44_g2_g1 8(1) 4(3) 7(3) 5(5) 5(3) 19(3) 3(3) 11(6) 9(5) 6(3) 5(2) view
E-GEOD-19018_A-AFFY-44_g2_g4 1(1) 13(10) 17(7) 23(23) 5(5) 41(11) 2(2) 7(5) 8(6) 9(3) 5(1) view
E-GEOD-19249_A-AFFY-37_g6_g5 2(2) 7(5) 6(3) 5(5) 3(3) 19(3) 3(3) 13(6) 12(6) 5(2) 8(2) view
E-GEOD-19279_A-AFFY-33_g2_g4 18(4) 13(11) 19(12) 20(20) 32(14) 44(14) 3(2) 7(5) 6(6) 8(4) 6(2) view
E-GEOD-19639_A-AFFY-44_g6_g4 1(1) 4(4) 6(4) 7(7) 11(4) 13(4) 4(4) 13(6) 13(6) 7(2) 4(1) view
E-GEOD-19650_A-AFFY-44_g4_g1 9(3) 8(5) 7(4) 8(8) 4(4) 14(7) 4(4) 9(6) 10(6) 4(2) 7(2) view
E-GEOD-19650_A-AFFY-44_g4_g2 1(1) 8(4) 6(3) 6(6) 7(5) 16(4) 5(5) 14(5) 14(5) 9(2) 6(2) view
E-GEOD-20505_A-AFFY-44_g7_g4 1(1) 15(11) 17(10) 18(18) 5(5) 40(13) 6(6) 6(6) 6(6) 4(2) 5(1) view
E-GEOD-20505_A-AFFY-44_g7_g5 1(1) 9(8) 15(11) 17(17) 5(5) 35(14) 4(4) 6(5) 7(6) 8(2) 7(1) view
E-GEOD-20505_A-AFFY-44_g7_g6 1(1) 13(13) 24(17) 29(29) 6(6) 54(19) 14(14) 5(4) 5(5) 7(2) 8(1) view
E-GEOD-22278_A-AFFY-41_g5_g1 1(1) 8(5) 10(5) 11(11) 7(7) 27(4) 3(3) 9(7) 9(7) 11(3) 10(2) view
E-GEOD-22385_A-AFFY-37_g1_g2 15(1) 9(3) 8(2) 5(5) 3(3) 20(5) 4(4) 14(8) 15(6) 7(2) 11(1) view
E-GEOD-22529_A-AFFY-33_g2_g1 1(1) 8(6) 6(3) 7(7) 12(5) 18(2) 4(4) 10(7) 10(7) 4(2) 4(1) view
E-GEOD-22611_A-AFFY-44_g1_g6 1(1) 8(4) 6(2) 6(6) 8(3) 14(5) 3(3) 13(7) 13(6) 3(1) 6(1) view
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E-GEOD-22779_A-AFFY-44_g4_g1 1(1) 14(9) 16(11) 18(18) 19(12) 31(12) 2(2) 8(7) 7(7) 5(3) 2(1) view
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E-GEOD-23764_A-AFFY-44_g4_g1 1(1) 7(3) 6(1) 4(4) 3(3) 17(2) 1(1) 17(2) 16(2) 5(2) 7(1) view
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E-GEOD-24592_A-AFFY-37_g1_g3 1(1) 12(7) 9(6) 10(10) 18(10) 21(6) 5(5) 14(10) 12(9) 7(3) 3(1) view
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E-GEOD-24592_A-AFFY-37_g6_g5 1(1) 13(11) 16(13) 20(20) 6(6) 38(14) 4(4) 10(8) 11(10) 6(2) 5(1) view
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E-GEOD-26656_A-AFFY-44_g3_g1 1(1) 18(18) 28(16) 32(32) 5(5) 51(23) 4(4) 6(4) 5(5) 9(3) 9(1) view
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E-GEOD-29137_A-AFFY-44_g4_g2 19(2) 6(6) 11(7) 11(11) 7(7) 27(8) 7(7) 14(11) 12(9) 14(3) 9(2) view
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E-GEOD-33643_A-AFFY-44_g7_g8 1(1) 15(13) 30(18) 31(31) 6(6) 64(23) 4(4) 6(3) 6(4) 4(2) 8(1) view
E-GEOD-33950_A-AFFY-44_g1_g2 2(2) 4(4) 6(4) 6(6) 7(5) 13(4) 4(4) 13(5) 12(5) 3(2) 3(2) view
E-GEOD-34635_A-AFFY-44_g1_g5 1(1) 8(4) 7(3) 9(8) 8(5) 17(6) 4(4) 11(6) 11(6) 6(3) 3(2) view
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