EBI_Expression_Atlas_GO_BP_dice (applied on dice coeffcient matrix)


Figure 1.Compare clustering results. Left panel: The difference score, number of clusters and the block mean of different clusterings. Right panel: Concordance between clustering methods. The concordance measures how similar two clusterings are. The definition of the concordance score can be found here.

Table 1.Number of clusters identified by each clustering method. Numbers in the table indicate the number of clusters. The numbers inside the parentheses are the number of clusters with size >= 5.

ID binary_cut kmeans pam dynamicTreeCut mclust apcluster hdbscan fast_greedy louvain walktrap MCL Details
E-GEOD-101794_g2_g1 5(5) 20(20) 70(64) 81(81) 3(3) 94(76) 49(49) 7(6) 7(7) 25(13) 23(11) view
E-GEOD-10311_A-AFFY-44_g6_g4 1(1) 26(26) 67(58) 75(75) 3(3) 88(70) 44(44) 6(5) 6(6) 12(5) 18(5) view
E-GEOD-104288_g2_g1 33(9) 10(10) 2(2) 20(20) 29(15) 19(16) 14(14) 7(5) 6(6) 8(3) 12(3) view
E-GEOD-10718_A-AFFY-44_g4_g3 3(3) 16(16) 2(2) 45(45) 71(32) 54(39) 27(27) 10(7) 9(8) 21(7) 31(9) view
E-GEOD-10718_A-AFFY-44_g5_g6 43(24) 15(15) 2(2) 59(59) 64(48) 64(51) 36(36) 8(6) 8(6) 11(5) 28(9) view
E-GEOD-10797_A-AFFY-37_g1_g3 79(27) 27(27) 60(54) 66(66) 81(52) 61(56) 45(45) 10(7) 8(8) 20(11) 37(18) view
E-GEOD-10927_A-AFFY-44_g2_g3 33(11) 13(12) 2(2) 37(37) 35(24) 51(30) 23(23) 8(5) 7(7) 17(5) 25(11) view
E-GEOD-11285_A-AFFY-44_g1_g2 46(10) 12(12) 24(18) 28(28) 2(2) 34(23) 15(15) 11(8) 9(8) 10(5) 18(7) view
E-GEOD-11285_A-AFFY-44_g3_g4 66(30) 31(30) 86(76) 98(98) 3(3) 108(89) 54(54) 9(8) 10(10) 31(12) 32(10) view
E-GEOD-11324_A-AFFY-44_g1_g4 87(33) 20(20) 45(41) 54(54) 3(3) 59(47) 35(35) 11(9) 12(11) 38(18) 34(13) view
E-GEOD-11352_A-AFFY-44_g1_g6 54(12) 9(9) 2(2) 23(23) 48(15) 34(20) 16(16) 8(6) 8(8) 20(8) 27(9) view
E-GEOD-11352_A-AFFY-44_g3_g4 3(3) 6(6) 12(8) 12(12) 24(12) 28(11) 8(8) 10(6) 8(5) 10(3) 22(5) view
E-GEOD-11428_A-AFFY-44_g3_g1 114(32) 26(26) 63(55) 64(64) 95(54) 70(63) 47(47) 9(8) 9(9) 23(14) 39(19) view
E-GEOD-11783_A-AFFY-44_g1_g2 107(29) 25(25) 82(75) 91(91) 100(72) 101(83) 53(53) 9(6) 8(8) 19(6) 24(10) view
E-GEOD-11791_A-AFFY-44_g3_g4 54(17) 12(12) 23(21) 29(29) 44(25) 37(27) 20(20) 11(9) 11(9) 15(9) 28(14) view
E-GEOD-11839_A-AFFY-44_g2_g1 30(9) 10(9) 14(12) 14(14) 3(3) 23(15) 14(14) 11(8) 11(9) 14(7) 19(8) view
E-GEOD-11886_A-AFFY-44_g3_g1 131(35) 20(20) 93(82) 104(104) 95(80) 101(91) 58(58) 10(7) 11(8) 16(8) 29(14) view
E-GEOD-11919_A-AFFY-44_g1_g2 72(22) 23(23) 61(51) 64(64) 93(48) 65(57) 37(37) 10(5) 7(7) 13(6) 30(12) view
E-GEOD-11919_A-AFFY-44_g1_g3 70(21) 16(16) 61(55) 66(66) 85(53) 67(55) 44(44) 11(4) 7(5) 11(5) 33(10) view
E-GEOD-12265_A-AFFY-44_g1_g4 1(1) 25(25) 61(54) 69(69) 100(54) 74(62) 39(39) 7(6) 8(8) 29(5) 22(5) view
E-GEOD-12355_A-AFFY-44_g11_g12 126(39) 25(25) 78(65) 78(78) 96(61) 78(66) 54(54) 10(8) 11(10) 37(17) 41(24) view
E-GEOD-12355_A-AFFY-44_g4_g6 52(19) 14(13) 34(26) 38(38) 25(23) 43(33) 24(24) 6(6) 7(7) 18(9) 19(12) view
E-GEOD-12355_A-AFFY-44_g7_g8 101(30) 28(28) 74(63) 78(78) 94(57) 71(65) 50(50) 9(5) 9(9) 19(12) 43(24) view
E-GEOD-12355_A-AFFY-44_g7_g9 75(25) 18(18) 48(40) 50(50) 74(40) 51(44) 34(34) 8(6) 9(8) 18(10) 32(12) view
E-GEOD-12446_A-AFFY-44_g1_g4 23(9) 10(10) 2(2) 15(15) 19(12) 16(12) 12(12) 6(6) 6(6) 4(3) 7(6) view
E-GEOD-12452_A-AFFY-44_g2_g1 59(21) 16(16) 31(25) 32(32) 48(23) 30(27) 24(24) 7(7) 10(9) 32(10) 30(11) view
E-GEOD-12773_A-AFFY-44_g1_g2 73(24) 19(19) 75(71) 85(85) 2(2) 83(74) 52(52) 8(7) 8(8) 16(7) 26(12) view
E-GEOD-12791_A-AFFY-33_g4_g2 70(28) 24(24) 97(85) 103(103) 96(71) 102(88) 69(69) 11(7) 12(9) 44(23) 44(23) view
E-GEOD-12886_A-AFFY-44_g1_g2 69(16) 19(19) 37(31) 42(42) 66(31) 56(39) 25(25) 9(7) 9(8) 16(5) 30(9) view
E-GEOD-12963_A-AFFY-44_g3_g1 20(19) 24(23) 50(46) 53(53) 44(38) 49(45) 33(33) 10(6) 10(9) 13(8) 29(14) view
E-GEOD-13274_A-AFFY-44_g1_g3 18(18) 27(27) 60(53) 65(65) 99(48) 86(61) 43(43) 11(8) 11(9) 38(14) 41(16) view
E-GEOD-13637_A-AFFY-44_g1_g2 1(1) 34(34) 96(89) 109(109) 98(77) 123(92) 60(60) 8(6) 7(7) 35(13) 44(14) view
E-GEOD-13637_A-AFFY-44_g1_g9 134(37) 26(25) 97(82) 107(107) 81(67) 113(95) 60(60) 11(7) 8(7) 37(16) 50(19) view
E-GEOD-13637_A-AFFY-44_g5_g1 1(1) 25(25) 60(53) 67(67) 88(52) 78(60) 41(41) 11(7) 7(6) 16(5) 35(6) view
E-GEOD-13637_A-AFFY-44_g5_g3 104(37) 33(33) 84(76) 100(100) 96(75) 104(86) 60(60) 8(7) 9(9) 17(7) 48(25) view
E-GEOD-13762_A-AFFY-44_g3_g2 122(20) 33(33) 87(75) 95(95) 72(61) 98(79) 53(53) 11(7) 7(7) 28(11) 42(14) view
E-GEOD-13763_A-AFFY-44_g1_g2 73(21) 22(21) 2(2) 46(46) 2(2) 70(46) 32(32) 10(6) 7(7) 13(5) 30(9) view
E-GEOD-13763_A-AFFY-44_g1_g4 56(6) 14(13) 30(21) 37(37) 60(23) 53(32) 20(20) 9(8) 7(7) 12(5) 23(3) view
E-GEOD-13763_A-AFFY-44_g3_g2 92(23) 17(17) 55(48) 57(57) 88(45) 60(52) 35(35) 8(6) 8(8) 19(8) 34(14) view
E-GEOD-13763_A-AFFY-44_g3_g4 3(3) 18(18) 34(31) 38(38) 3(3) 44(30) 24(24) 8(7) 10(7) 11(5) 20(5) view
E-GEOD-13887_A-AFFY-44_g3_g2 97(28) 26(25) 80(68) 91(91) 67(56) 71(64) 51(51) 10(8) 11(9) 36(16) 51(24) view
E-GEOD-13909_A-AFFY-44_g3_g4 100(32) 28(28) 85(75) 95(95) 51(49) 100(82) 65(65) 12(6) 7(7) 19(8) 40(15) view
E-GEOD-13987_A-AFFY-44_g5_g6 60(18) 28(27) 46(41) 49(49) 64(40) 53(46) 30(30) 8(6) 7(7) 16(6) 31(8) view
E-GEOD-14580_A-AFFY-44_g2_g3 147(35) 28(27) 96(89) 109(109) 77(68) 110(99) 64(64) 8(7) 8(7) 41(14) 54(13) view
E-GEOD-14905_A-AFFY-44_g3_g2 1(1) 23(23) 37(34) 48(48) 41(33) 54(39) 30(30) 10(8) 9(8) 25(8) 33(10) view
E-GEOD-14995_A-AFFY-44_g1_g2 2(2) 15(15) 35(31) 41(41) 60(30) 45(35) 28(28) 10(8) 10(9) 22(6) 31(12) view
E-GEOD-15799_A-AFFY-44_g1_g2 101(30) 24(24) 59(53) 69(69) 55(47) 76(63) 48(48) 12(7) 8(7) 23(10) 40(18) view
E-GEOD-15811_A-AFFY-44_g1_g2 33(21) 30(30) 80(70) 88(88) 98(64) 91(76) 54(54) 10(7) 9(9) 56(13) 39(11) view
E-GEOD-15811_A-AFFY-44_g1_g3 87(22) 24(24) 63(57) 67(67) 98(53) 67(61) 42(42) 12(8) 10(8) 31(11) 42(12) view
E-GEOD-15811_A-AFFY-44_g1_g4 89(29) 32(31) 73(67) 79(79) 92(61) 82(71) 49(49) 8(7) 12(11) 35(7) 36(13) view
E-GEOD-15893_A-AFFY-44_g3_g2 72(14) 32(31) 65(54) 72(72) 3(3) 83(64) 43(43) 9(6) 9(9) 38(10) 37(11) view
E-GEOD-15947_A-AFFY-44_g1_g2 58(23) 18(18) 44(38) 54(54) 3(3) 70(45) 28(28) 10(10) 10(10) 34(10) 40(16) view
E-GEOD-16066_A-AFFY-44_g2_g1 17(8) 12(12) 20(15) 21(21) 35(18) 32(21) 13(13) 11(9) 10(8) 32(8) 14(4) view
E-GEOD-1615_A-AFFY-33_g6_g5 1(1) 15(15) 38(28) 40(40) 39(26) 56(32) 21(21) 10(9) 10(10) 28(7) 30(14) view
E-GEOD-16179_A-AFFY-44_g1_g4 13(8) 8(8) 2(2) 18(18) 25(14) 19(17) 12(12) 7(6) 8(7) 11(5) 16(5) view
E-GEOD-16238_A-AFFY-44_g2_g1 59(16) 18(17) 2(2) 41(41) 40(32) 59(40) 26(26) 11(6) 11(7) 20(6) 37(11) view
E-GEOD-16837_A-AFFY-44_g22_g11 2(2) 32(29) 51(46) 57(57) 61(43) 66(51) 35(35) 10(8) 10(10) 27(15) 24(11) view
E-GEOD-16837_A-AFFY-44_g22_g21 1(1) 24(24) 76(65) 87(87) 3(3) 98(75) 48(48) 8(8) 8(8) 22(10) 29(13) view
E-GEOD-16837_A-AFFY-44_g22_g29 2(2) 31(29) 60(51) 64(64) 60(48) 71(61) 35(35) 8(8) 11(11) 18(10) 24(15) view
E-GEOD-16837_A-AFFY-44_g22_g3 1(1) 31(30) 50(39) 53(53) 4(4) 63(48) 33(33) 10(8) 10(10) 21(10) 26(10) view
E-GEOD-16837_A-AFFY-44_g22_g4 3(3) 16(16) 34(26) 37(37) 56(28) 44(29) 20(20) 8(7) 9(9) 15(6) 23(7) view
E-GEOD-16879_A-AFFY-44_g13_g10 82(23) 30(30) 88(72) 93(93) 47(45) 101(83) 54(54) 6(6) 7(7) 32(10) 33(14) view
E-GEOD-16879_A-AFFY-44_g13_g12 124(35) 29(29) 87(77) 97(97) 2(2) 96(83) 56(56) 10(7) 8(6) 22(9) 40(11) view
E-GEOD-17347_A-AFFY-44_g4_g2 1(1) 23(23) 60(53) 73(73) 99(52) 78(61) 46(46) 9(8) 10(9) 29(6) 36(10) view
E-GEOD-17508_A-AFFY-44_g1_g2 53(20) 22(20) 26(24) 30(30) 2(2) 38(28) 16(16) 12(10) 11(10) 17(8) 22(9) view
E-GEOD-18105_A-AFFY-44_g1_g2 59(17) 15(14) 29(26) 30(30) 51(23) 40(33) 20(20) 9(8) 9(7) 23(9) 27(8) view
E-GEOD-18791_A-AFFY-44_g11_g2 87(26) 24(24) 62(58) 74(74) 2(2) 87(65) 45(45) 9(8) 8(8) 25(10) 45(21) view
E-GEOD-18791_A-AFFY-44_g11_g6 1(1) 24(24) 57(52) 62(62) 88(51) 73(57) 43(43) 10(5) 11(8) 24(9) 36(17) view
E-GEOD-19018_A-AFFY-44_g1_g3 85(20) 27(27) 2(2) 70(70) 2(2) 77(65) 39(39) 7(5) 6(6) 9(6) 21(8) view
E-GEOD-19018_A-AFFY-44_g2_g1 84(19) 23(23) 47(40) 56(56) 2(2) 67(48) 37(37) 14(8) 10(9) 37(10) 34(12) view
E-GEOD-19018_A-AFFY-44_g2_g4 131(39) 22(22) 2(2) 96(96) 3(3) 107(90) 59(59) 8(6) 5(5) 7(4) 35(12) view
E-GEOD-19249_A-AFFY-37_g6_g5 85(25) 23(23) 73(63) 83(83) 87(59) 78(67) 48(48) 8(6) 8(7) 18(11) 32(12) view
E-GEOD-19279_A-AFFY-33_g2_g4 1(1) 26(25) 53(45) 61(61) 77(47) 69(54) 36(36) 11(8) 8(8) 26(6) 34(8) view
E-GEOD-19639_A-AFFY-44_g6_g4 29(17) 19(18) 34(27) 39(39) 2(2) 55(36) 22(22) 11(8) 9(9) 32(8) 25(8) view
E-GEOD-19639_A-AFFY-44_g7_g5 3(3) 15(14) 2(2) 39(39) 67(30) 46(35) 25(25) 8(7) 9(9) 20(9) 29(10) view
E-GEOD-19650_A-AFFY-44_g4_g1 1(1) 28(27) 50(39) 60(60) 63(39) 62(46) 36(36) 10(7) 9(9) 46(11) 31(8) view
E-GEOD-19650_A-AFFY-44_g4_g2 69(15) 14(14) 2(2) 33(33) 39(27) 45(33) 25(25) 7(6) 5(5) 8(3) 25(8) view
E-GEOD-19650_A-AFFY-44_g4_g3 18(18) 18(18) 30(26) 30(30) 52(25) 37(28) 23(23) 8(6) 9(8) 15(6) 26(12) view
E-GEOD-20505_A-AFFY-44_g7_g4 70(18) 19(18) 53(49) 60(60) 76(43) 59(51) 37(37) 9(8) 10(7) 10(4) 33(10) view
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E-GEOD-20505_A-AFFY-44_g7_g6 22(17) 28(28) 51(45) 59(59) 3(3) 63(50) 36(36) 9(7) 7(7) 18(6) 26(8) view
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