EBI_Expression_Atlas_GO_BP_kappa (applied on kappa coeffcient matrix)


Figure 1.Compare clustering results. Left panel: The difference score, number of clusters and the block mean of different clusterings. Right panel: Concordance between clustering methods. The concordance measures how similar two clusterings are. The definition of the concordance score can be found here.

Table 1.Number of clusters identified by each clustering method. Numbers in the table indicate the number of clusters. The numbers inside the parentheses are the number of clusters with size >= 5.

ID binary_cut kmeans pam dynamicTreeCut mclust apcluster hdbscan fast_greedy louvain walktrap MCL Details
E-GEOD-101794_g2_g1 84(31) 27(27) 70(63) 81(81) 62(53) 95(76) 49(49) 8(6) 8(8) 23(10) 31(16) view
E-GEOD-10311_A-AFFY-44_g6_g4 64(22) 24(24) 67(57) 76(76) 3(3) 90(65) 45(45) 10(7) 6(6) 15(5) 27(8) view
E-GEOD-104288_g2_g1 29(8) 11(11) 2(2) 20(20) 28(15) 19(17) 14(14) 7(5) 7(5) 12(3) 16(3) view
E-GEOD-10718_A-AFFY-44_g4_g3 61(9) 17(17) 2(2) 41(41) 67(31) 56(40) 28(28) 10(7) 9(7) 27(9) 35(12) view
E-GEOD-10718_A-AFFY-44_g5_g6 72(23) 22(22) 2(2) 57(57) 2(2) 65(53) 33(33) 7(6) 7(6) 16(7) 38(13) view
E-GEOD-10797_A-AFFY-37_g1_g3 85(25) 34(34) 59(52) 67(67) 82(52) 62(56) 45(45) 9(8) 9(9) 14(10) 47(24) view
E-GEOD-10927_A-AFFY-44_g2_g3 11(9) 10(10) 2(2) 34(34) 36(24) 52(29) 23(23) 6(5) 7(6) 20(7) 39(14) view
E-GEOD-11285_A-AFFY-44_g1_g2 46(9) 21(17) 22(17) 27(27) 29(19) 34(25) 16(16) 13(8) 10(8) 13(8) 24(9) view
E-GEOD-11285_A-AFFY-44_g3_g4 29(28) 35(33) 86(75) 99(99) 100(75) 113(88) 55(55) 10(7) 10(9) 26(13) 42(19) view
E-GEOD-11324_A-AFFY-44_g1_g4 87(23) 33(31) 45(41) 53(53) 80(40) 58(45) 34(34) 10(9) 11(11) 24(13) 45(19) view
E-GEOD-11352_A-AFFY-44_g1_g6 53(12) 15(14) 2(2) 24(24) 45(14) 34(19) 16(16) 8(6) 9(9) 15(7) 40(11) view
E-GEOD-11352_A-AFFY-44_g3_g4 37(6) 9(8) 2(2) 14(14) 23(12) 28(8) 8(8) 11(7) 9(7) 9(4) 28(5) view
E-GEOD-11428_A-AFFY-44_g3_g1 109(35) 26(26) 63(55) 64(64) 99(55) 70(63) 49(49) 10(8) 10(9) 34(20) 47(25) view
E-GEOD-11783_A-AFFY-44_g1_g2 129(36) 31(31) 77(74) 88(88) 100(70) 101(83) 52(52) 9(7) 8(8) 46(11) 33(13) view
E-GEOD-11791_A-AFFY-44_g3_g4 53(18) 21(18) 20(18) 30(30) 46(25) 37(27) 20(20) 13(11) 12(10) 20(11) 37(18) view
E-GEOD-11839_A-AFFY-44_g2_g1 35(12) 16(13) 14(13) 16(16) 27(11) 25(14) 13(13) 13(8) 11(8) 17(7) 25(10) view
E-GEOD-11886_A-AFFY-44_g3_g1 131(42) 25(25) 92(83) 109(109) 99(81) 104(89) 60(60) 9(7) 9(7) 21(11) 38(20) view
E-GEOD-11919_A-AFFY-44_g1_g2 85(26) 26(26) 60(52) 62(62) 75(48) 68(56) 38(38) 10(6) 8(7) 10(5) 35(15) view
E-GEOD-11919_A-AFFY-44_g1_g3 73(22) 26(26) 61(52) 64(64) 2(2) 69(56) 45(45) 10(6) 8(7) 11(6) 37(11) view
E-GEOD-12265_A-AFFY-44_g1_g4 123(36) 31(31) 61(56) 67(67) 92(51) 72(61) 38(38) 8(8) 9(9) 35(8) 37(13) view
E-GEOD-12355_A-AFFY-44_g11_g12 125(38) 31(31) 78(65) 80(80) 98(62) 81(69) 55(55) 12(8) 10(10) 30(17) 50(28) view
E-GEOD-12355_A-AFFY-44_g4_g6 76(23) 12(12) 34(28) 37(37) 27(25) 43(34) 25(25) 7(6) 7(7) 26(11) 28(14) view
E-GEOD-12355_A-AFFY-44_g7_g8 91(36) 28(28) 73(63) 79(79) 96(54) 72(64) 50(50) 12(7) 9(9) 28(15) 50(29) view
E-GEOD-12355_A-AFFY-44_g7_g9 83(25) 20(20) 47(39) 51(51) 75(40) 52(44) 34(34) 7(7) 9(9) 20(13) 43(15) view
E-GEOD-12446_A-AFFY-44_g1_g4 22(9) 9(9) 2(2) 14(14) 20(12) 16(12) 12(12) 6(5) 7(7) 7(4) 11(6) view
E-GEOD-12452_A-AFFY-44_g2_g1 66(20) 13(12) 31(25) 32(32) 48(24) 30(26) 24(24) 12(9) 11(9) 30(10) 32(11) view
E-GEOD-12773_A-AFFY-44_g1_g2 111(34) 29(29) 74(70) 89(89) 64(60) 84(77) 51(51) 10(7) 7(7) 22(9) 37(16) view
E-GEOD-12791_A-AFFY-33_g4_g2 138(39) 20(20) 97(87) 107(107) 2(2) 104(89) 72(72) 10(8) 12(9) 11(7) 61(27) view
E-GEOD-12886_A-AFFY-44_g1_g2 54(16) 21(20) 37(31) 44(44) 2(2) 58(37) 27(27) 10(9) 9(8) 20(7) 37(14) view
E-GEOD-12963_A-AFFY-44_g3_g1 73(27) 26(26) 50(46) 55(55) 46(38) 49(45) 34(34) 10(6) 10(9) 15(10) 32(16) view
E-GEOD-13274_A-AFFY-44_g1_g3 121(39) 30(28) 60(54) 70(70) 99(47) 87(63) 45(45) 12(9) 11(9) 37(17) 51(19) view
E-GEOD-13637_A-AFFY-44_g1_g2 116(44) 24(24) 96(85) 106(106) 100(77) 127(94) 58(58) 9(6) 8(7) 27(12) 55(22) view
E-GEOD-13637_A-AFFY-44_g1_g9 162(47) 27(27) 97(84) 108(108) 86(71) 110(94) 62(62) 12(8) 8(7) 38(18) 62(22) view
E-GEOD-13637_A-AFFY-44_g5_g1 1(1) 20(20) 60(53) 68(68) 97(55) 78(61) 43(43) 10(7) 9(7) 23(7) 47(14) view
E-GEOD-13637_A-AFFY-44_g5_g3 100(42) 30(30) 84(76) 95(95) 98(75) 102(89) 60(60) 8(7) 10(8) 21(10) 54(31) view
E-GEOD-13762_A-AFFY-44_g3_g2 121(28) 28(28) 87(75) 94(94) 73(61) 100(79) 53(53) 12(7) 10(8) 27(12) 51(18) view
E-GEOD-13763_A-AFFY-44_g1_g2 94(24) 20(19) 2(2) 49(49) 48(33) 72(47) 30(30) 11(7) 8(8) 8(7) 36(14) view
E-GEOD-13763_A-AFFY-44_g1_g4 5(5) 19(17) 30(22) 36(36) 59(25) 53(28) 22(22) 9(8) 7(7) 14(6) 34(11) view
E-GEOD-13763_A-AFFY-44_g3_g2 98(28) 25(25) 54(45) 57(57) 88(45) 61(53) 35(35) 11(7) 8(8) 17(9) 40(16) view
E-GEOD-13763_A-AFFY-44_g3_g4 6(6) 15(15) 34(30) 40(40) 2(2) 47(33) 24(24) 10(7) 10(9) 10(5) 31(11) view
E-GEOD-13887_A-AFFY-44_g3_g2 124(42) 27(27) 80(67) 90(90) 66(54) 75(66) 51(51) 11(8) 11(8) 27(12) 57(25) view
E-GEOD-13909_A-AFFY-44_g3_g4 108(40) 23(23) 85(74) 95(95) 54(51) 102(84) 66(66) 11(8) 7(7) 19(8) 47(19) view
E-GEOD-13987_A-AFFY-44_g5_g6 111(25) 26(24) 47(41) 48(48) 2(2) 55(43) 31(31) 8(8) 8(8) 36(12) 46(15) view
E-GEOD-14580_A-AFFY-44_g2_g3 184(40) 40(40) 92(85) 109(109) 98(82) 118(99) 66(66) 9(7) 8(6) 27(12) 62(22) view
E-GEOD-14905_A-AFFY-44_g3_g2 85(27) 31(31) 41(35) 48(48) 48(37) 56(36) 29(29) 12(8) 10(9) 18(8) 41(15) view
E-GEOD-14995_A-AFFY-44_g1_g2 78(23) 24(20) 35(31) 38(38) 60(30) 46(35) 28(28) 10(8) 11(10) 25(10) 41(15) view
E-GEOD-15799_A-AFFY-44_g1_g2 111(40) 22(22) 61(54) 67(67) 55(46) 76(63) 49(49) 13(10) 8(8) 23(11) 51(25) view
E-GEOD-15811_A-AFFY-44_g1_g2 121(26) 27(27) 79(69) 90(90) 97(65) 93(75) 54(54) 9(7) 9(9) 33(13) 55(17) view
E-GEOD-15811_A-AFFY-44_g1_g3 105(27) 21(21) 63(56) 69(69) 99(55) 71(60) 45(45) 11(10) 11(9) 31(13) 49(20) view
E-GEOD-15811_A-AFFY-44_g1_g4 110(28) 23(23) 73(66) 84(84) 99(61) 83(71) 48(48) 7(7) 10(10) 30(10) 42(18) view
E-GEOD-15893_A-AFFY-44_g3_g2 89(15) 27(26) 65(54) 73(73) 95(57) 84(64) 45(45) 11(6) 10(9) 28(12) 48(18) view
E-GEOD-15947_A-AFFY-44_g1_g2 91(29) 26(22) 44(37) 52(52) 87(42) 73(45) 30(30) 10(9) 12(11) 27(12) 46(18) view
E-GEOD-16066_A-AFFY-44_g2_g1 46(10) 11(11) 20(14) 19(19) 2(2) 33(19) 15(15) 10(10) 9(9) 23(5) 25(8) view
E-GEOD-1615_A-AFFY-33_g6_g5 74(20) 18(17) 36(27) 39(39) 40(27) 59(37) 22(22) 11(9) 10(10) 26(9) 40(19) view
E-GEOD-16179_A-AFFY-44_g1_g4 38(8) 8(8) 2(2) 19(19) 28(14) 20(15) 11(11) 9(6) 9(8) 14(5) 27(7) view
E-GEOD-16238_A-AFFY-44_g2_g1 75(17) 12(12) 2(2) 41(41) 44(34) 61(40) 26(26) 13(6) 12(8) 22(7) 42(13) view
E-GEOD-16837_A-AFFY-44_g22_g11 19(19) 31(29) 52(47) 57(57) 65(43) 66(52) 36(36) 10(8) 11(11) 22(14) 38(17) view
E-GEOD-16837_A-AFFY-44_g22_g21 86(32) 34(34) 76(69) 79(79) 2(2) 99(78) 49(49) 8(6) 9(9) 27(17) 41(19) view
E-GEOD-16837_A-AFFY-44_g22_g29 95(29) 19(19) 60(50) 63(63) 64(46) 74(55) 37(37) 9(9) 10(10) 19(13) 37(18) view
E-GEOD-16837_A-AFFY-44_g22_g3 5(5) 29(27) 50(41) 54(54) 56(44) 65(48) 33(33) 10(8) 10(10) 20(12) 36(16) view
E-GEOD-16837_A-AFFY-44_g22_g4 72(20) 16(16) 34(27) 37(37) 56(29) 44(27) 22(22) 8(8) 10(10) 12(7) 34(13) view
E-GEOD-16879_A-AFFY-44_g13_g10 133(34) 32(31) 88(74) 98(98) 48(45) 101(84) 58(58) 5(5) 9(8) 28(10) 46(17) view
E-GEOD-16879_A-AFFY-44_g13_g12 136(36) 19(19) 85(80) 89(89) 100(75) 100(81) 58(58) 10(7) 9(7) 21(11) 52(19) view
E-GEOD-17347_A-AFFY-44_g4_g2 89(27) 31(29) 60(57) 73(73) 100(51) 81(62) 46(46) 9(8) 9(8) 28(8) 45(20) view
E-GEOD-17508_A-AFFY-44_g1_g2 57(21) 17(17) 26(23) 30(30) 36(26) 40(27) 16(16) 12(11) 12(11) 17(8) 33(15) view
E-GEOD-18105_A-AFFY-44_g1_g2 63(20) 15(15) 29(25) 30(30) 52(24) 40(32) 20(20) 9(8) 8(7) 22(9) 41(15) view
E-GEOD-18791_A-AFFY-44_g11_g2 117(33) 30(30) 62(59) 75(75) 72(55) 89(63) 47(47) 7(7) 10(9) 22(11) 49(24) view
E-GEOD-18791_A-AFFY-44_g11_g6 72(22) 27(26) 57(51) 64(64) 87(49) 76(57) 43(43) 11(7) 10(7) 25(11) 46(20) view
E-GEOD-19018_A-AFFY-44_g1_g3 88(16) 26(26) 2(2) 70(70) 2(2) 80(65) 43(43) 6(4) 6(6) 10(7) 28(13) view
E-GEOD-19018_A-AFFY-44_g2_g1 67(16) 27(24) 47(40) 55(55) 65(41) 63(48) 37(37) 12(8) 12(8) 42(13) 42(12) view
E-GEOD-19018_A-AFFY-44_g2_g4 110(40) 24(24) 2(2) 96(96) 2(2) 112(89) 60(60) 8(5) 8(5) 6(5) 40(15) view
E-GEOD-19249_A-AFFY-37_g6_g5 73(36) 27(27) 73(65) 79(79) 90(58) 81(69) 48(48) 10(7) 9(8) 14(9) 42(16) view
E-GEOD-19279_A-AFFY-33_g2_g4 87(31) 29(27) 53(46) 60(60) 80(48) 70(53) 38(38) 12(8) 9(9) 24(8) 47(15) view
E-GEOD-19639_A-AFFY-44_g6_g4 58(22) 24(22) 34(27) 37(37) 62(31) 54(36) 22(22) 10(8) 10(10) 31(11) 31(15) view
E-GEOD-19639_A-AFFY-44_g7_g5 59(18) 15(15) 2(2) 38(38) 72(30) 50(34) 26(26) 10(7) 10(10) 13(6) 33(11) view
E-GEOD-19650_A-AFFY-44_g4_g1 107(36) 29(27) 50(39) 55(55) 63(39) 63(46) 35(35) 10(8) 9(9) 50(11) 43(13) view
E-GEOD-19650_A-AFFY-44_g4_g2 72(24) 22(20) 2(2) 36(36) 42(29) 46(34) 26(26) 7(5) 7(7) 10(4) 34(12) view
E-GEOD-19650_A-AFFY-44_g4_g3 59(23) 19(18) 2(2) 31(31) 50(25) 38(28) 22(22) 9(8) 8(7) 24(8) 38(14) view
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E-GEOD-20505_A-AFFY-44_g7_g5 94(25) 20(18) 47(39) 48(48) 65(33) 56(45) 29(29) 7(6) 6(6) 16(8) 39(13) view
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