EBI_Expression_Atlas_GO_BP_overlap (applied on overlap coeffcient matrix)


Figure 1.Compare clustering results. Left panel: The difference score, number of clusters and the block mean of different clusterings. Right panel: Concordance between clustering methods. The concordance measures how similar two clusterings are. The definition of the concordance score can be found here.

Table 1.Number of clusters identified by each clustering method. Numbers in the table indicate the number of clusters. The numbers inside the parentheses are the number of clusters with size >= 5.

ID binary_cut kmeans pam dynamicTreeCut mclust apcluster hdbscan fast_greedy louvain walktrap MCL Details
E-GEOD-101794_g2_g1 1(1) 23(23) 70(66) 88(88) 95(70) 88(71) 48(48) 5(5) 6(6) 4(3) 2(2) view
E-GEOD-10311_A-AFFY-44_g6_g4 1(1) 24(24) 67(60) 82(82) 90(68) 78(65) 39(39) 4(4) 4(4) 3(3) 2(2) view
E-GEOD-104288_g2_g1 21(7) 10(10) 14(14) 20(20) 21(16) 17(17) 16(16) 4(4) 5(4) 5(3) 3(2) view
E-GEOD-10718_A-AFFY-44_g4_g3 3(3) 20(19) 38(36) 42(42) 43(31) 43(36) 29(29) 6(5) 7(7) 11(8) 5(5) view
E-GEOD-10718_A-AFFY-44_g5_g6 3(3) 28(28) 2(2) 56(56) 53(48) 55(53) 31(31) 4(4) 6(6) 5(5) 2(2) view
E-GEOD-10797_A-AFFY-37_g1_g3 4(4) 29(29) 60(56) 62(62) 90(58) 55(53) 49(49) 4(4) 5(5) 8(8) 5(5) view
E-GEOD-10927_A-AFFY-44_g2_g3 16(9) 14(14) 2(2) 36(36) 50(28) 37(33) 25(25) 4(3) 4(4) 6(4) 3(3) view
E-GEOD-11285_A-AFFY-44_g1_g2 14(10) 14(13) 23(21) 27(27) 27(20) 27(23) 17(17) 6(5) 7(7) 7(5) 5(3) view
E-GEOD-11285_A-AFFY-44_g3_g4 1(1) 28(28) 86(81) 98(98) 99(81) 98(82) 51(51) 4(4) 6(6) 8(7) 3(3) view
E-GEOD-11324_A-AFFY-44_g1_g4 8(8) 25(25) 45(42) 51(51) 66(45) 44(42) 35(35) 5(4) 7(7) 12(9) 7(4) view
E-GEOD-11352_A-AFFY-44_g1_g6 18(9) 8(8) 2(2) 26(26) 40(22) 23(21) 18(18) 4(4) 5(5) 9(6) 9(5) view
E-GEOD-11352_A-AFFY-44_g3_g4 5(5) 7(7) 3(3) 17(17) 24(14) 16(15) 6(6) 6(5) 5(5) 5(5) 6(5) view
E-GEOD-11428_A-AFFY-44_g3_g1 1(1) 26(24) 57(52) 67(67) 100(62) 62(55) 45(45) 4(4) 7(7) 17(15) 4(4) view
E-GEOD-11783_A-AFFY-44_g1_g2 1(1) 29(29) 78(76) 85(85) 96(75) 88(79) 52(52) 5(3) 6(6) 14(8) 4(2) view
E-GEOD-11791_A-AFFY-44_g3_g4 11(11) 11(11) 23(20) 25(25) 35(24) 26(23) 18(18) 5(5) 7(7) 10(9) 8(6) view
E-GEOD-11839_A-AFFY-44_g2_g1 1(1) 9(9) 14(13) 19(19) 21(15) 20(18) 13(13) 8(5) 7(7) 12(6) 4(2) view
E-GEOD-11886_A-AFFY-44_g3_g1 1(1) 26(26) 93(83) 99(99) 97(81) 87(75) 58(58) 4(4) 6(6) 5(5) 4(3) view
E-GEOD-11919_A-AFFY-44_g1_g2 32(14) 21(21) 58(51) 60(60) 85(57) 51(47) 38(38) 4(2) 5(5) 5(5) 4(4) view
E-GEOD-11919_A-AFFY-44_g1_g3 12(12) 18(18) 57(56) 64(64) 73(53) 57(52) 41(41) 4(3) 4(4) 3(3) 4(3) view
E-GEOD-12265_A-AFFY-44_g1_g4 1(1) 23(23) 61(57) 76(76) 98(63) 66(55) 40(40) 3(3) 5(5) 9(4) 4(3) view
E-GEOD-12355_A-AFFY-44_g11_g12 1(1) 23(22) 78(67) 78(78) 80(71) 69(59) 53(53) 5(4) 6(6) 14(12) 5(5) view
E-GEOD-12355_A-AFFY-44_g4_g6 7(7) 12(12) 33(28) 36(36) 50(32) 32(28) 25(25) 5(5) 5(5) 14(9) 4(4) view
E-GEOD-12355_A-AFFY-44_g7_g8 27(27) 19(19) 74(62) 73(73) 76(60) 63(55) 46(46) 5(3) 8(8) 10(8) 6(4) view
E-GEOD-12355_A-AFFY-44_g7_g9 3(3) 16(16) 48(44) 55(55) 52(42) 42(38) 34(34) 3(3) 5(5) 9(9) 4(4) view
E-GEOD-12446_A-AFFY-44_g1_g4 13(7) 9(9) 2(2) 14(14) 15(13) 13(13) 12(12) 4(4) 5(5) 3(3) 4(3) view
E-GEOD-12452_A-AFFY-44_g2_g1 42(15) 14(14) 18(18) 32(32) 35(26) 25(23) 21(21) 5(5) 7(7) 17(9) 12(7) view
E-GEOD-12773_A-AFFY-44_g1_g2 5(5) 23(23) 75(71) 87(87) 100(76) 79(72) 55(55) 4(3) 6(6) 9(8) 3(3) view
E-GEOD-12791_A-AFFY-33_g4_g2 50(21) 24(24) 97(90) 109(109) 100(82) 89(81) 63(63) 4(4) 6(6) 12(9) 6(6) view
E-GEOD-12886_A-AFFY-44_g1_g2 5(5) 20(20) 37(35) 46(46) 70(35) 47(37) 28(28) 5(5) 6(6) 6(5) 4(3) view
E-GEOD-12963_A-AFFY-44_g3_g1 7(7) 20(20) 42(41) 50(50) 93(45) 42(40) 40(40) 4(4) 7(7) 9(8) 6(5) view
E-GEOD-13274_A-AFFY-44_g1_g3 1(1) 26(26) 60(58) 69(69) 93(58) 72(62) 38(38) 5(5) 7(7) 13(11) 3(3) view
E-GEOD-13637_A-AFFY-44_g1_g2 2(2) 22(22) 96(90) 105(105) 96(78) 111(89) 52(52) 5(4) 6(6) 12(10) 3(3) view
E-GEOD-13637_A-AFFY-44_g1_g9 2(2) 23(23) 97(88) 105(105) 73(71) 111(88) 64(64) 5(4) 6(5) 11(7) 6(4) view
E-GEOD-13637_A-AFFY-44_g5_g1 3(3) 27(27) 60(55) 72(72) 94(59) 68(59) 37(37) 4(3) 6(5) 10(7) 2(1) view
E-GEOD-13637_A-AFFY-44_g5_g3 1(1) 19(19) 84(74) 92(92) 98(80) 88(76) 58(58) 4(4) 6(6) 9(8) 4(3) view
E-GEOD-13762_A-AFFY-44_g3_g2 4(4) 24(24) 79(74) 99(99) 76(68) 85(79) 57(57) 3(3) 5(5) 10(9) 5(5) view
E-GEOD-13763_A-AFFY-44_g1_g2 2(2) 28(27) 2(2) 58(58) 72(46) 54(47) 35(35) 4(3) 5(5) 3(3) 4(4) view
E-GEOD-13763_A-AFFY-44_g1_g4 1(1) 15(15) 30(28) 32(32) 54(28) 41(31) 18(18) 3(3) 5(5) 4(4) 2(2) view
E-GEOD-13763_A-AFFY-44_g3_g2 1(1) 18(18) 55(48) 53(53) 89(53) 47(43) 34(34) 4(3) 6(6) 9(8) 5(4) view
E-GEOD-13763_A-AFFY-44_g3_g4 1(1) 21(20) 34(31) 36(36) 65(34) 36(32) 23(23) 4(4) 6(6) 5(5) 2(2) view
E-GEOD-13887_A-AFFY-44_g3_g2 16(16) 29(27) 80(70) 78(78) 84(68) 67(60) 56(56) 5(5) 6(6) 16(9) 4(4) view
E-GEOD-13909_A-AFFY-44_g3_g4 3(3) 21(21) 85(81) 94(94) 87(75) 89(83) 60(60) 6(5) 6(6) 7(5) 5(4) view
E-GEOD-13987_A-AFFY-44_g5_g6 3(3) 32(32) 45(42) 55(55) 53(43) 56(50) 34(34) 4(4) 5(5) 5(4) 2(2) view
E-GEOD-14580_A-AFFY-44_g2_g3 3(3) 26(26) 96(89) 112(112) 93(83) 102(93) 57(57) 5(4) 6(6) 9(8) 2(2) view
E-GEOD-14905_A-AFFY-44_g3_g2 1(1) 21(20) 41(37) 47(47) 54(41) 48(40) 33(33) 4(4) 7(7) 4(4) 2(2) view
E-GEOD-14995_A-AFFY-44_g1_g2 4(4) 9(9) 2(2) 45(45) 61(31) 38(35) 26(26) 5(5) 6(6) 11(6) 5(5) view
E-GEOD-15799_A-AFFY-44_g1_g2 1(1) 27(26) 61(53) 64(64) 98(55) 67(59) 46(46) 4(4) 6(6) 12(9) 5(4) view
E-GEOD-15811_A-AFFY-44_g1_g2 23(16) 30(30) 80(75) 91(91) 99(72) 85(75) 55(55) 4(3) 7(7) 12(9) 6(4) view
E-GEOD-15811_A-AFFY-44_g1_g3 7(7) 25(25) 63(57) 70(70) 77(56) 62(56) 48(48) 4(4) 6(6) 12(10) 6(5) view
E-GEOD-15811_A-AFFY-44_g1_g4 5(5) 22(22) 70(63) 89(89) 96(70) 76(65) 57(57) 3(3) 7(7) 12(11) 5(5) view
E-GEOD-15893_A-AFFY-44_g3_g2 2(2) 27(27) 65(59) 78(78) 99(67) 75(66) 45(45) 4(4) 7(7) 16(12) 2(2) view
E-GEOD-15947_A-AFFY-44_g1_g2 1(1) 23(23) 44(39) 51(51) 87(43) 55(46) 26(26) 5(4) 6(6) 5(4) 3(2) view
E-GEOD-16066_A-AFFY-44_g2_g1 1(1) 12(12) 20(15) 23(23) 28(17) 26(17) 13(13) 6(6) 6(6) 9(6) 2(2) view
E-GEOD-1615_A-AFFY-33_g6_g5 1(1) 17(17) 36(33) 40(40) 40(32) 41(35) 26(26) 6(6) 7(7) 7(6) 4(4) view
E-GEOD-16179_A-AFFY-44_g1_g4 18(8) 7(7) 2(2) 18(18) 25(15) 15(13) 10(10) 4(4) 4(4) 7(6) 5(3) view
E-GEOD-16238_A-AFFY-44_g2_g1 42(12) 13(13) 2(2) 43(43) 53(35) 44(38) 27(27) 3(3) 5(5) 7(5) 4(2) view
E-GEOD-16837_A-AFFY-44_g22_g11 2(2) 26(25) 36(36) 54(54) 68(50) 52(46) 37(37) 5(5) 9(9) 10(10) 3(3) view
E-GEOD-16837_A-AFFY-44_g22_g21 3(3) 26(26) 76(69) 85(85) 100(70) 86(74) 53(53) 4(4) 7(7) 15(15) 2(2) view
E-GEOD-16837_A-AFFY-44_g22_g29 2(2) 28(28) 60(54) 69(69) 77(50) 59(52) 40(40) 5(5) 10(10) 12(12) 3(3) view
E-GEOD-16837_A-AFFY-44_g22_g3 1(1) 32(32) 48(44) 54(54) 81(46) 56(49) 33(33) 5(5) 7(7) 6(6) 2(2) view
E-GEOD-16837_A-AFFY-44_g22_g4 1(1) 20(19) 34(30) 39(39) 54(31) 41(34) 21(21) 5(5) 8(8) 7(7) 3(3) view
E-GEOD-16879_A-AFFY-44_g13_g10 1(1) 23(23) 2(2) 97(97) 99(74) 87(76) 49(49) 4(4) 5(5) 5(5) 2(2) view
E-GEOD-16879_A-AFFY-44_g13_g12 3(3) 32(32) 87(82) 99(99) 100(85) 87(81) 52(52) 3(3) 7(7) 10(9) 2(2) view
E-GEOD-17347_A-AFFY-44_g4_g2 1(1) 28(28) 60(54) 74(74) 93(62) 70(59) 38(38) 4(4) 6(6) 9(7) 3(2) view
E-GEOD-17508_A-AFFY-44_g1_g2 9(9) 15(15) 26(24) 29(29) 51(26) 34(25) 16(16) 6(5) 8(8) 11(7) 5(4) view
E-GEOD-18105_A-AFFY-44_g1_g2 12(12) 11(11) 25(23) 32(32) 41(25) 26(23) 19(19) 5(5) 6(6) 10(9) 6(5) view
E-GEOD-18791_A-AFFY-44_g11_g2 45(25) 25(24) 62(54) 74(74) 98(63) 71(60) 43(43) 4(3) 7(7) 16(14) 6(6) view
E-GEOD-18791_A-AFFY-44_g11_g6 12(9) 21(21) 57(51) 62(62) 84(54) 58(53) 44(44) 5(4) 6(6) 8(7) 4(4) view
E-GEOD-19018_A-AFFY-44_g1_g3 1(1) 22(22) 2(2) 64(64) 100(58) 61(54) 37(37) 4(4) 5(5) 4(4) 2(2) view
E-GEOD-19018_A-AFFY-44_g2_g1 2(2) 24(23) 48(42) 58(58) 71(42) 53(46) 34(34) 5(4) 5(5) 13(9) 5(4) view
E-GEOD-19018_A-AFFY-44_g2_g4 1(1) 20(20) 87(80) 93(93) 98(81) 92(80) 52(52) 3(3) 4(4) 6(6) 2(2) view
E-GEOD-19249_A-AFFY-37_g6_g5 5(5) 21(21) 73(67) 79(79) 91(65) 61(56) 49(49) 4(4) 6(6) 6(5) 5(5) view
E-GEOD-19279_A-AFFY-33_g2_g4 1(1) 29(29) 47(46) 62(62) 63(48) 61(52) 35(35) 4(4) 6(6) 14(8) 4(2) view
E-GEOD-19639_A-AFFY-44_g6_g4 7(7) 18(18) 32(29) 40(40) 56(32) 39(33) 22(22) 6(6) 6(6) 20(9) 5(5) view
E-GEOD-19639_A-AFFY-44_g7_g5 4(4) 15(15) 2(2) 36(36) 71(30) 35(31) 24(24) 4(4) 7(7) 9(7) 5(4) view
E-GEOD-19650_A-AFFY-44_g4_g1 1(1) 26(26) 50(46) 61(61) 75(48) 57(49) 28(28) 5(5) 7(7) 7(5) 3(2) view
E-GEOD-19650_A-AFFY-44_g4_g2 2(2) 20(20) 2(2) 38(38) 33(30) 40(34) 24(24) 6(4) 5(4) 3(3) 4(4) view
E-GEOD-19650_A-AFFY-44_g4_g3 8(8) 18(18) 2(2) 30(30) 38(29) 29(28) 25(25) 5(3) 4(4) 3(3) 6(5) view
E-GEOD-20505_A-AFFY-44_g7_g4 7(7) 21(21) 54(51) 56(56) 71(48) 46(43) 35(35) 5(3) 6(6) 5(4) 6(4) view
E-GEOD-20505_A-AFFY-44_g7_g5 6(6) 17(17) 47(42) 49(49) 76(36) 37(36) 29(29) 3(3) 5(5) 6(6) 3(3) view
E-GEOD-20505_A-AFFY-44_g7_g6 3(3) 29(29) 51(48) 61(61) 41(39) 60(50) 33(33) 4(4) 6(6) 5(5) 5(4) view
E-GEOD-20602_A-AFFY-33_g1_g2 5(5) 12(12) 34(31) 34(34) 65(30) 33(30) 23(23) 5(4) 5(5) 6(5) 2(1) view
E-GEOD-21422_A-AFFY-44_g3_g1 3(3) 22(22) 2(2) 73(73) 100(67) 70(57) 41(41) 5(3) 5(5) 4(4) 3(3) view
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E-GEOD-21610_A-AFFY-44_g5_g1 3(3) 8(8) 3(3) 20(20) 26(15) 22(18) 13(13) 6(6) 7(6) 7(4) 3(2) view
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E-MTAB-6647_g3_g1 9(9) 26(26) 75(69) 84(84) 88(67) 68(62) 54(54) 4(4) 7(7) 9(9) 6(5) view
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E-MTAB-6647_g8_g6 4(4) 25(25) 90(83) 101(101) 100(81) 87(76) 62(62) 4(4) 6(6) 8(7) 6(6) view
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E-MTAB-6681_g6_g4 1(1) 19(19) 67(59) 76(76) 93(63) 88(68) 40(40) 6(4) 6(6) 16(8) 4(3) view
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E-MTAB-69_A-AFFY-44_g3_g1 3(3) 10(10) 25(24) 29(29) 44(23) 31(29) 16(16) 6(6) 8(8) 7(5) 3(3) view
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E-MTAB-7000_g3_g4 1(1) 24(23) 73(67) 83(83) 100(72) 74(65) 45(45) 5(5) 7(7) 8(6) 2(2) view
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E-MTAB-7029_g4_g1 23(17) 15(15) 29(24) 36(36) 43(23) 28(25) 20(20) 5(5) 5(5) 6(5) 6(6) view
E-MTAB-7029_g5_g2 16(8) 10(10) 11(11) 15(15) 3(3) 12(12) 11(11) 5(5) 6(6) 8(5) 6(4) view
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E-MTAB-7048_A-AFFY-44_g3_g11 2(2) 18(18) 40(36) 48(48) 75(42) 55(43) 29(29) 6(5) 6(6) 9(5) 3(3) view
E-MTAB-7061_g18_g11 22(11) 9(9) 18(15) 20(20) 30(18) 17(15) 12(12) 5(5) 6(6) 5(5) 4(4) view
E-MTAB-7061_g18_g13 4(4) 12(12) 21(16) 24(24) 32(19) 27(20) 15(15) 7(6) 5(5) 4(4) 2(2) view
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E-MTAB-7169_A-MEXP-2320_g2_g1 34(17) 21(20) 34(33) 37(37) 47(31) 33(31) 27(27) 5(5) 7(7) 8(8) 4(4) view
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E-MTAB-7294_g7_g3 26(9) 14(14) 2(2) 42(42) 60(34) 36(34) 25(25) 3(2) 5(5) 3(3) 3(3) view
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E-MTAB-7294_g8_g6 3(3) 15(15) 43(38) 40(40) 66(42) 41(36) 28(28) 4(4) 6(6) 10(10) 2(2) view
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E-MTAB-7555_A-AFFY-44_g2_g8 1(1) 23(23) 65(64) 74(74) 67(56) 77(64) 35(35) 6(5) 6(6) 6(5) 2(2) view
E-MTAB-7672_A-AFFY-141_g6_g5 1(1) 9(9) 14(14) 15(15) 26(12) 19(15) 10(10) 7(7) 7(7) 11(6) 5(1) view
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E-MTAB-7737_A-AGIL-28_g3_g2 10(10) 11(11) 2(2) 21(21) 31(16) 21(20) 13(13) 5(5) 6(6) 9(4) 5(4) view
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E-MTAB-8444_g14_g9 7(7) 14(14) 23(20) 25(25) 39(20) 23(20) 19(19) 5(5) 6(6) 6(5) 4(4) view
E-MTAB-8444_g15_g5 2(2) 17(17) 88(75) 90(90) 95(78) 87(77) 61(61) 5(5) 7(7) 4(4) 4(4) view
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E-TABM-1029_A-AFFY-44_g2_g1 39(20) 22(21) 27(26) 32(32) 33(30) 31(29) 27(27) 6(6) 7(7) 12(12) 8(8) view
E-TABM-15_A-AFFY-33_g3_g1 2(2) 25(25) 2(2) 98(98) 89(69) 99(84) 51(51) 4(3) 5(5) 11(7) 6(3) view