EBI_Expression_Atlas_Reactome_dice (applied on dice coeffcient matrix)


Figure 1.Compare clustering results. Left panel: The difference score, number of clusters and the block mean of different clusterings. Right panel: Concordance between clustering methods. The concordance measures how similar two clusterings are. The definition of the concordance score can be found here.

Table 1.Number of clusters identified by each clustering method. Numbers in the table indicate the number of clusters. The numbers inside the parentheses are the number of clusters with size >= 5.

ID binary_cut kmeans pam dynamicTreeCut mclust apcluster hdbscan fast_greedy louvain walktrap MCL Details
E-GEOD-101794_g2_g1 14(2) 5(4) 4(3) 4(4) 5(3) 11(3) 4(4) 11(3) 10(3) 6(3) 14(4) view
E-GEOD-104288_g2_g1 11(5) 10(10) 3(3) 13(13) 30(8) 8(8) 10(10) 5(4) 6(5) 15(7) 9(4) view
E-GEOD-10718_A-AFFY-44_g5_g6 20(5) 6(6) 5(5) 9(9) 16(8) 15(8) 7(7) 11(6) 10(6) 14(5) 9(2) view
E-GEOD-10797_A-AFFY-37_g1_g3 27(10) 8(7) 2(2) 12(12) 22(13) 11(10) 13(13) 6(6) 7(6) 43(6) 22(7) view
E-GEOD-10927_A-AFFY-44_g2_g3 10(5) 4(4) 6(6) 7(7) 12(6) 10(8) 6(6) 7(5) 8(5) 7(3) 6(2) view
E-GEOD-11324_A-AFFY-44_g1_g4 20(4) 8(7) 2(2) 8(8) 12(6) 12(8) 6(6) 9(4) 7(5) 13(4) 14(4) view
E-GEOD-11348_A-AFFY-44_g6_g3 17(7) 6(6) 2(2) 11(11) 9(7) 13(11) 6(6) 11(6) 11(7) 6(2) 10(4) view
E-GEOD-11352_A-AFFY-44_g1_g6 9(4) 6(6) 8(8) 8(8) 11(7) 10(9) 8(8) 5(4) 4(4) 11(4) 9(5) view
E-GEOD-11352_A-AFFY-44_g3_g4 10(2) 2(2) 3(3) 4(4) 6(3) 8(2) 3(3) 10(2) 10(2) 6(3) 10(2) view
E-GEOD-11408_A-AFFY-1_g1_g2 34(8) 8(8) 2(2) 11(11) 13(8) 18(12) 6(6) 8(8) 9(9) 16(6) 18(6) view
E-GEOD-11428_A-AFFY-44_g3_g1 33(10) 6(6) 3(3) 21(21) 18(15) 17(17) 14(14) 10(5) 9(6) 20(6) 18(6) view
E-GEOD-11783_A-AFFY-44_g1_g2 14(5) 7(6) 7(6) 7(7) 9(5) 15(9) 4(4) 11(6) 11(6) 12(4) 14(6) view
E-GEOD-11791_A-AFFY-44_g3_g4 14(3) 3(3) 4(4) 4(4) 7(3) 11(3) 4(4) 12(3) 12(4) 10(3) 14(3) view
E-GEOD-11886_A-AFFY-44_g3_g1 28(9) 14(13) 2(2) 19(19) 25(20) 18(17) 13(13) 6(3) 7(5) 14(6) 18(6) view
E-GEOD-11903_A-AFFY-37_g7_g10 22(6) 6(6) 2(2) 7(7) 14(4) 8(8) 4(3) 7(4) 5(3) 19(4) 16(3) view
E-GEOD-11903_A-AFFY-37_g7_g9 34(6) 7(6) 2(2) 8(8) 12(7) 9(9) 5(5) 8(4) 5(5) 8(2) 22(6) view
E-GEOD-11919_A-AFFY-44_g1_g2 17(8) 5(5) 5(5) 15(15) 23(10) 16(12) 9(9) 9(5) 10(6) 12(3) 11(3) view
E-GEOD-11919_A-AFFY-44_g1_g3 21(7) 9(9) 7(7) 14(14) 20(13) 15(13) 8(8) 10(7) 10(7) 18(4) 18(6) view
E-GEOD-12265_A-AFFY-44_g1_g4 9(2) 3(1) 2(1) 4(3) 6(2) 8(0) 1(1) 9(3) 9(3) 3(1) 9(3) view
E-GEOD-12355_A-AFFY-44_g11_g12 31(11) 9(9) 2(2) 20(20) 24(15) 16(16) 14(14) 10(6) 10(6) 27(7) 22(7) view
E-GEOD-12355_A-AFFY-44_g4_g6 22(12) 12(12) 13(13) 21(21) 17(14) 17(16) 14(14) 10(6) 9(6) 12(4) 13(8) view
E-GEOD-12355_A-AFFY-44_g7_g8 33(14) 14(14) 2(2) 19(19) 28(14) 17(17) 13(13) 6(5) 7(7) 20(7) 25(11) view
E-GEOD-12355_A-AFFY-44_g7_g9 25(10) 7(7) 7(7) 17(17) 22(15) 14(13) 10(10) 11(6) 12(7) 15(4) 16(6) view
E-GEOD-12446_A-AFFY-44_g1_g4 9(4) 7(7) 5(5) 7(7) 9(6) 8(7) 6(6) 6(4) 6(4) 7(4) 5(3) view
E-GEOD-12452_A-AFFY-44_g2_g1 19(8) 9(9) 2(2) 15(15) 19(14) 16(14) 11(11) 8(4) 9(5) 10(4) 12(7) view
E-GEOD-12773_A-AFFY-44_g1_g2 24(5) 10(9) 2(2) 14(14) 18(8) 13(11) 9(9) 8(6) 8(5) 21(4) 14(3) view
E-GEOD-12791_A-AFFY-33_g3_g1 29(5) 6(6) 2(2) 9(9) 14(7) 16(8) 6(6) 12(7) 12(7) 12(3) 23(5) view
E-GEOD-12791_A-AFFY-33_g3_g2 39(9) 14(13) 2(2) 14(14) 39(12) 17(15) 6(6) 8(7) 7(6) 59(5) 0(0) view
E-GEOD-12791_A-AFFY-33_g4_g2 31(3) 5(5) 5(5) 8(8) 12(6) 8(7) 6(6) 10(6) 10(6) 31(3) 23(2) view
E-GEOD-12963_A-AFFY-44_g3_g1 28(9) 10(10) 2(2) 17(17) 13(10) 17(14) 9(9) 7(3) 7(4) 12(4) 17(5) view
E-GEOD-13274_A-AFFY-44_g1_g3 24(6) 3(3) 3(3) 8(8) 19(5) 7(6) 5(5) 8(6) 8(6) 10(3) 17(5) view
E-GEOD-13637_A-AFFY-44_g1_g2 23(7) 10(9) 8(8) 10(10) 16(9) 16(9) 2(2) 11(7) 11(9) 12(6) 21(7) view
E-GEOD-13637_A-AFFY-44_g1_g9 26(9) 6(6) 2(2) 13(13) 14(11) 20(12) 8(8) 12(8) 11(8) 13(6) 17(8) view
E-GEOD-13637_A-AFFY-44_g5_g1 14(3) 7(3) 2(2) 5(5) 7(4) 10(3) 2(2) 7(4) 7(5) 8(1) 11(1) view
E-GEOD-13637_A-AFFY-44_g5_g3 28(7) 9(8) 2(2) 11(11) 12(10) 11(10) 8(8) 9(4) 7(5) 22(7) 19(6) view
E-GEOD-13762_A-AFFY-44_g3_g2 10(1) 3(2) 2(2) 3(3) 5(1) 7(1) 3(3) 9(1) 9(1) 5(3) 11(1) view
E-GEOD-13763_A-AFFY-44_g1_g2 12(3) 5(4) 2(2) 4(4) 8(3) 9(5) 4(4) 11(5) 8(5) 11(2) 12(1) view
E-GEOD-13763_A-AFFY-44_g3_g2 25(6) 8(7) 7(7) 13(13) 17(11) 13(11) 9(9) 9(5) 10(5) 10(4) 13(4) view
E-GEOD-13887_A-AFFY-44_g3_g2 36(11) 9(9) 2(2) 17(17) 16(12) 15(15) 13(13) 6(5) 6(6) 25(6) 30(8) view
E-GEOD-13909_A-AFFY-44_g3_g4 13(5) 4(4) 4(4) 6(6) 6(5) 5(5) 2(2) 6(4) 5(4) 9(4) 10(4) view
E-GEOD-13987_A-AFFY-44_g5_g6 12(3) 4(4) 4(4) 5(5) 3(3) 10(3) 3(3) 11(4) 10(5) 7(2) 10(4) view
E-GEOD-1417_A-AFFY-33_g1_g2 32(10) 11(11) 3(3) 22(22) 11(11) 22(20) 11(11) 9(6) 8(7) 13(6) 16(6) view
E-GEOD-14580_A-AFFY-44_g2_g3 17(0) 6(2) 3(1) 3(2) 7(4) 12(1) 1(1) 13(2) 13(2) 8(3) 17(2) view
E-GEOD-14905_A-AFFY-44_g3_g2 18(6) 8(8) 6(6) 17(17) 23(10) 12(12) 9(9) 5(4) 6(5) 8(4) 9(5) view
E-GEOD-15799_A-AFFY-44_g1_g2 27(6) 7(7) 7(7) 13(13) 27(13) 16(13) 8(8) 11(6) 12(6) 20(4) 16(3) view
E-GEOD-15811_A-AFFY-44_g1_g2 21(1) 6(2) 2(1) 4(3) 7(2) 14(3) 3(3) 15(3) 15(3) 13(1) 19(1) view
E-GEOD-15811_A-AFFY-44_g1_g3 16(3) 4(3) 4(4) 5(5) 9(4) 11(4) 4(4) 13(4) 13(4) 8(2) 15(3) view
E-GEOD-15811_A-AFFY-44_g1_g4 18(2) 3(2) 2(2) 4(4) 5(2) 11(4) 3(3) 11(2) 11(3) 15(2) 17(1) view
E-GEOD-15947_A-AFFY-44_g1_g2 7(3) 7(5) 2(2) 6(6) 11(4) 7(4) 4(4) 6(4) 7(4) 3(3) 7(3) view
E-GEOD-16179_A-AFFY-44_g1_g4 8(3) 7(6) 2(2) 7(7) 16(5) 9(7) 8(8) 3(3) 3(3) 4(2) 4(3) view
E-GEOD-16238_A-AFFY-44_g2_g1 14(4) 5(5) 6(6) 5(5) 12(7) 11(7) 5(5) 10(5) 10(5) 8(2) 13(3) view
E-GEOD-16837_A-AFFY-44_g22_g11 18(4) 6(5) 2(2) 6(6) 11(4) 10(6) 2(2) 9(7) 9(7) 8(2) 9(3) view
E-GEOD-16837_A-AFFY-44_g22_g21 21(10) 4(4) 2(2) 8(8) 12(9) 16(10) 8(8) 7(7) 8(7) 13(3) 16(5) view
E-GEOD-16837_A-AFFY-44_g22_g29 22(5) 5(5) 2(2) 6(6) 14(8) 14(8) 4(3) 10(5) 8(6) 14(3) 11(2) view
E-GEOD-16837_A-AFFY-44_g22_g3 14(3) 5(4) 2(2) 6(6) 10(5) 8(5) 2(2) 7(5) 7(5) 11(2) 6(2) view
E-GEOD-16837_A-AFFY-44_g22_g4 14(3) 8(5) 2(2) 6(6) 8(3) 11(4) 2(2) 8(6) 8(6) 13(2) 7(2) view
E-GEOD-16879_A-AFFY-44_g13_g1 24(4) 6(5) 7(5) 8(8) 11(5) 17(5) 3(3) 15(6) 13(7) 9(2) 22(5) view
E-GEOD-16879_A-AFFY-44_g13_g12 18(0) 4(2) 2(1) 3(3) 7(3) 11(1) 1(1) 14(1) 14(1) 9(2) 16(2) view
E-GEOD-17156_A-AFFY-37_g4_g10 28(6) 6(6) 2(2) 11(11) 19(7) 9(9) 9(9) 7(5) 7(6) 39(3) 18(6) view
E-GEOD-17347_A-AFFY-44_g4_g2 11(1) 4(3) 3(2) 3(3) 6(3) 6(3) 3(2) 8(2) 8(1) 4(2) 10(2) view
E-GEOD-17508_A-AFFY-44_g1_g2 11(4) 8(7) 2(2) 11(11) 11(7) 10(8) 5(5) 7(2) 7(4) 5(2) 9(4) view
E-GEOD-18105_A-AFFY-44_g1_g2 14(5) 5(5) 2(2) 8(8) 13(5) 8(8) 5(5) 8(6) 9(5) 16(3) 9(4) view
E-GEOD-18791_A-AFFY-44_g11_g2 27(7) 11(10) 9(8) 10(10) 18(8) 16(11) 9(9) 13(9) 12(8) 12(4) 22(5) view
E-GEOD-18791_A-AFFY-44_g11_g6 21(7) 5(5) 2(2) 9(9) 12(7) 11(8) 7(7) 11(9) 11(9) 14(6) 15(6) view
E-GEOD-19018_A-AFFY-44_g1_g3 23(9) 9(9) 7(7) 16(16) 16(13) 17(12) 9(9) 10(6) 11(6) 10(2) 17(3) view
E-GEOD-19018_A-AFFY-44_g2_g4 22(5) 8(7) 8(8) 12(12) 19(13) 16(13) 10(10) 11(5) 9(5) 17(4) 15(4) view
E-GEOD-19279_A-AFFY-33_g2_g4 21(1) 4(3) 2(2) 6(6) 9(5) 13(3) 1(1) 14(4) 13(5) 9(2) 15(1) view
E-GEOD-19639_A-AFFY-44_g2_g8 12(2) 4(4) 2(2) 6(6) 11(3) 13(7) 5(5) 10(5) 9(4) 8(2) 12(2) view
E-GEOD-19639_A-AFFY-44_g7_g5 8(3) 5(5) 4(4) 5(5) 10(2) 4(4) 5(4) 4(4) 4(4) 10(3) 7(2) view
E-GEOD-19650_A-AFFY-44_g4_g2 9(1) 3(3) 2(2) 3(3) 2(2) 7(2) 3(3) 9(1) 9(1) 7(2) 8(1) view
E-GEOD-19650_A-AFFY-44_g4_g3 7(1) 5(3) 2(2) 3(3) 6(2) 7(3) 2(2) 7(3) 7(3) 6(1) 7(1) view
E-GEOD-20505_A-AFFY-44_g7_g4 18(3) 8(7) 2(2) 8(8) 8(4) 8(7) 6(6) 6(5) 6(6) 23(3) 13(2) view
E-GEOD-20505_A-AFFY-44_g7_g5 8(2) 4(2) 2(2) 2(2) 5(2) 5(2) 2(2) 7(3) 7(3) 4(3) 8(2) view
E-GEOD-20602_A-AFFY-33_g1_g2 12(3) 7(7) 2(2) 7(7) 11(6) 13(8) 4(4) 9(5) 9(6) 14(2) 7(2) view
E-GEOD-21422_A-AFFY-44_g3_g1 12(3) 5(4) 5(4) 4(4) 7(5) 7(4) 3(3) 10(4) 10(4) 11(3) 10(3) view
E-GEOD-21422_A-AFFY-44_g3_g2 17(4) 6(6) 7(6) 6(6) 12(5) 10(7) 7(7) 10(6) 10(6) 14(4) 11(2) view
E-GEOD-22278_A-AFFY-41_g5_g1 20(5) 3(3) 2(2) 11(11) 21(10) 12(10) 8(8) 8(5) 7(5) 15(5) 16(4) view
E-GEOD-22385_A-AFFY-37_g1_g2 27(7) 11(11) 2(2) 14(14) 23(11) 14(13) 11(11) 9(6) 9(6) 17(6) 19(6) view
E-GEOD-22529_A-AFFY-33_g2_g1 12(1) 4(3) 3(3) 4(4) 6(3) 7(3) 4(3) 10(3) 10(2) 11(2) 10(1) view
E-GEOD-22779_A-AFFY-44_g4_g1 22(3) 5(5) 2(2) 11(11) 24(6) 7(7) 8(8) 6(3) 5(3) 6(2) 15(2) view
E-GEOD-22779_A-AFFY-44_g4_g3 22(4) 7(7) 2(2) 9(9) 15(5) 9(8) 7(7) 6(3) 5(3) 3(2) 15(3) view
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E-GEOD-23764_A-AFFY-44_g4_g2 14(4) 6(5) 3(3) 8(8) 10(5) 5(5) 6(6) 7(4) 7(4) 11(2) 9(3) view
E-GEOD-23930_A-AGIL-28_g1_g2 11(2) 4(4) 4(4) 5(5) 8(3) 8(6) 3(3) 8(5) 8(3) 9(2) 8(2) view
E-GEOD-23930_A-AGIL-28_g2_g4 10(3) 3(3) 4(4) 5(5) 7(4) 7(5) 5(5) 7(5) 6(5) 7(3) 7(4) view
E-GEOD-24592_A-AFFY-37_g1_g3 6(2) 4(3) 3(3) 3(3) 4(4) 7(2) 4(3) 8(3) 7(3) 4(2) 6(2) view
E-GEOD-24592_A-AFFY-37_g1_g5 16(7) 6(6) 5(5) 10(10) 13(9) 11(10) 7(7) 7(5) 7(5) 11(4) 10(3) view
E-GEOD-24592_A-AFFY-37_g2_g6 15(6) 5(5) 8(7) 8(8) 13(8) 10(7) 7(7) 9(5) 8(5) 8(3) 10(3) view
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E-MTAB-7884_g5_g2 1(1) 4(2) 3(2) 4(3) 5(1) 5(1) 3(3) 8(2) 7(2) 2(1) 2(1) view
E-MTAB-7938_g3_g2 13(4) 7(7) 2(2) 5(5) 10(5) 13(7) 6(6) 11(5) 7(5) 13(3) 12(3) view
E-MTAB-8008_g3_g1 27(6) 10(10) 2(2) 14(14) 11(10) 10(9) 9(9) 5(4) 4(4) 32(5) 23(4) view
E-MTAB-8008_g3_g2 39(8) 8(7) 2(2) 14(14) 15(10) 9(8) 8(8) 5(5) 4(4) 27(5) 29(7) view
E-MTAB-8052_g3_g1 23(7) 10(9) 2(2) 10(10) 13(10) 14(10) 7(7) 12(7) 11(6) 25(4) 20(3) view
E-MTAB-8198_g2_g1 18(4) 10(9) 2(2) 15(15) 23(11) 20(14) 10(10) 7(7) 7(7) 10(4) 16(4) view
E-MTAB-8214_g1_g2 16(3) 3(3) 3(3) 4(4) 7(4) 6(3) 4(3) 10(4) 10(4) 6(2) 11(2) view
E-MTAB-8215_g1_g2 32(8) 9(8) 13(10) 14(14) 6(6) 11(9) 4(3) 11(7) 10(7) 23(7) 0(0) view
E-MTAB-8444_g11_g6 34(12) 11(11) 2(2) 18(18) 29(16) 24(15) 12(12) 8(5) 7(7) 9(4) 21(9) view
E-MTAB-8444_g15_g10 54(14) 15(14) 24(19) 28(28) 31(18) 34(25) 3(3) 15(8) 10(8) 26(5) 36(11) view
E-MTAB-8444_g15_g5 49(13) 21(20) 2(2) 28(28) 24(20) 25(25) 4(4) 7(4) 6(5) 22(5) 32(9) view
E-MTAB-8572_g2_g1 13(3) 4(4) 2(2) 4(4) 8(3) 10(4) 4(4) 8(4) 8(4) 4(4) 12(4) view
E-TABM-1118_A-AFFY-44_g2_g1 24(7) 8(8) 5(5) 12(12) 11(9) 13(13) 6(6) 10(8) 10(8) 19(5) 19(5) view
E-TABM-15_A-AFFY-33_g3_g1 12(2) 4(2) 3(2) 2(2) 5(2) 9(1) 3(3) 11(1) 10(1) 8(2) 13(1) view
E-TABM-15_A-AFFY-33_g3_g2 27(7) 12(11) 11(10) 15(15) 22(12) 24(10) 8(8) 12(9) 10(7) 11(5) 25(7) view