EBI_Expression_Atlas_Reactome_jaccard (applied on jaccard coeffcient matrix)


Figure 1.Compare clustering results. Left panel: The difference score, number of clusters and the block mean of different clusterings. Right panel: Concordance between clustering methods. The concordance measures how similar two clusterings are. The definition of the concordance score can be found here.

Table 1.Number of clusters identified by each clustering method. Numbers in the table indicate the number of clusters. The numbers inside the parentheses are the number of clusters with size >= 5.

ID binary_cut kmeans pam dynamicTreeCut mclust apcluster hdbscan fast_greedy louvain walktrap MCL Details
E-GEOD-101794_g2_g1 18(2) 4(2) 4(3) 5(5) 8(3) 12(3) 4(4) 12(2) 12(2) 6(3) 21(2) view
E-GEOD-104288_g2_g1 21(4) 10(10) 2(2) 13(13) 30(7) 9(9) 10(10) 6(5) 6(5) 16(7) 11(4) view
E-GEOD-10718_A-AFFY-44_g5_g6 26(4) 7(7) 8(7) 7(7) 13(8) 17(6) 6(6) 13(6) 13(6) 14(5) 19(3) view
E-GEOD-10797_A-AFFY-37_g1_g3 32(10) 7(7) 2(2) 12(12) 28(14) 15(12) 11(11) 10(6) 8(6) 39(5) 25(5) view
E-GEOD-10927_A-AFFY-44_g2_g3 16(5) 5(5) 6(6) 7(7) 7(7) 11(8) 5(5) 9(5) 8(5) 8(3) 16(4) view
E-GEOD-11324_A-AFFY-44_g1_g4 27(5) 5(5) 2(2) 8(8) 13(6) 15(8) 5(5) 11(5) 10(5) 19(4) 18(4) view
E-GEOD-11348_A-AFFY-44_g6_g3 20(5) 10(8) 2(2) 13(13) 17(9) 17(10) 2(2) 12(7) 11(8) 11(5) 19(4) view
E-GEOD-11352_A-AFFY-44_g1_g6 12(4) 6(6) 7(5) 9(9) 11(7) 11(8) 6(6) 7(4) 7(5) 10(5) 9(5) view
E-GEOD-11352_A-AFFY-44_g3_g4 13(1) 3(3) 2(1) 4(4) 6(2) 8(4) 3(3) 10(2) 10(2) 7(3) 11(2) view
E-GEOD-11408_A-AFFY-1_g1_g2 39(7) 11(7) 2(2) 11(11) 14(8) 29(8) 3(3) 12(9) 10(8) 20(6) 31(5) view
E-GEOD-11428_A-AFFY-44_g3_g1 40(11) 7(7) 3(3) 20(20) 31(17) 19(18) 13(13) 14(6) 11(6) 23(7) 27(8) view
E-GEOD-11783_A-AFFY-44_g1_g2 20(5) 7(7) 7(5) 8(7) 14(5) 16(6) 4(4) 13(7) 13(7) 13(4) 20(5) view
E-GEOD-11791_A-AFFY-44_g3_g4 16(2) 3(1) 2(1) 4(4) 6(2) 14(0) 1(1) 13(3) 13(3) 13(3) 16(2) view
E-GEOD-11886_A-AFFY-44_g3_g1 41(10) 13(13) 2(2) 19(19) 23(19) 19(17) 11(11) 8(4) 8(6) 17(4) 26(8) view
E-GEOD-11903_A-AFFY-37_g7_g10 24(5) 10(7) 2(2) 6(6) 2(2) 9(7) 4(4) 6(4) 8(6) 28(4) 23(3) view
E-GEOD-11903_A-AFFY-37_g7_g9 46(5) 8(7) 2(2) 8(8) 28(7) 9(7) 5(5) 11(6) 7(6) 12(2) 34(4) view
E-GEOD-11919_A-AFFY-44_g1_g2 27(5) 6(6) 12(9) 12(12) 21(10) 19(11) 7(7) 11(7) 12(7) 10(2) 20(5) view
E-GEOD-11919_A-AFFY-44_g1_g3 29(7) 8(8) 13(11) 14(14) 22(13) 19(12) 8(8) 14(7) 13(9) 17(3) 25(7) view
E-GEOD-12265_A-AFFY-44_g1_g4 13(1) 3(1) 2(1) 3(2) 3(1) 8(0) 1(1) 11(1) 10(2) 1(1) 16(1) view
E-GEOD-12355_A-AFFY-44_g11_g12 42(11) 7(6) 2(2) 21(21) 33(18) 22(19) 12(12) 9(5) 10(6) 30(7) 33(9) view
E-GEOD-12355_A-AFFY-44_g4_g6 28(12) 12(11) 9(9) 21(21) 27(17) 22(17) 12(12) 11(7) 12(8) 11(5) 24(10) view
E-GEOD-12355_A-AFFY-44_g7_g8 50(11) 11(10) 2(2) 18(18) 36(16) 21(20) 12(12) 7(7) 8(8) 35(9) 32(11) view
E-GEOD-12355_A-AFFY-44_g7_g9 37(10) 10(10) 2(2) 19(19) 18(13) 19(15) 10(10) 13(7) 11(7) 17(5) 27(9) view
E-GEOD-12446_A-AFFY-44_g1_g4 9(4) 6(6) 5(5) 8(8) 10(6) 9(7) 3(3) 8(4) 8(4) 8(4) 9(4) view
E-GEOD-12452_A-AFFY-44_g2_g1 28(10) 10(9) 2(2) 15(15) 21(13) 16(14) 10(10) 11(7) 10(6) 10(4) 21(10) view
E-GEOD-12773_A-AFFY-44_g1_g2 36(5) 6(6) 2(2) 15(15) 27(10) 16(14) 8(8) 9(5) 9(7) 29(4) 23(4) view
E-GEOD-12791_A-AFFY-33_g3_g1 32(4) 8(7) 2(2) 10(10) 17(5) 23(4) 4(4) 14(7) 13(7) 20(4) 30(3) view
E-GEOD-12791_A-AFFY-33_g3_g2 63(8) 11(10) 2(2) 11(11) 34(11) 18(15) 8(8) 11(6) 9(8) 69(6) 0(0) view
E-GEOD-12791_A-AFFY-33_g4_g2 32(3) 4(4) 2(2) 9(9) 20(7) 11(8) 6(6) 12(7) 11(7) 30(3) 29(3) view
E-GEOD-12963_A-AFFY-44_g3_g1 40(6) 9(8) 2(2) 18(18) 15(12) 18(13) 9(9) 9(5) 10(6) 14(4) 26(6) view
E-GEOD-13274_A-AFFY-44_g1_g3 30(2) 3(3) 3(3) 6(6) 20(4) 8(5) 5(5) 9(6) 9(6) 12(4) 26(2) view
E-GEOD-13637_A-AFFY-44_g1_g2 33(6) 7(7) 7(6) 11(11) 15(10) 25(9) 4(4) 17(8) 14(10) 12(6) 27(7) view
E-GEOD-13637_A-AFFY-44_g1_g9 29(8) 6(6) 2(2) 11(11) 15(11) 24(12) 2(2) 14(8) 12(8) 15(7) 27(7) view
E-GEOD-13637_A-AFFY-44_g5_g1 17(2) 9(4) 2(2) 4(4) 9(3) 11(3) 2(2) 11(3) 11(3) 12(2) 15(1) view
E-GEOD-13637_A-AFFY-44_g5_g3 38(6) 7(7) 2(2) 12(12) 19(12) 14(10) 8(8) 13(5) 12(7) 26(7) 29(6) view
E-GEOD-13762_A-AFFY-44_g3_g2 11(1) 3(1) 2(2) 2(2) 5(1) 6(2) 1(1) 9(1) 9(1) 5(3) 11(1) view
E-GEOD-13763_A-AFFY-44_g1_g2 15(2) 7(4) 2(2) 4(4) 9(4) 11(3) 3(2) 13(4) 12(4) 15(2) 16(2) view
E-GEOD-13763_A-AFFY-44_g3_g2 24(6) 7(7) 2(2) 12(12) 22(12) 15(10) 9(9) 10(5) 11(4) 11(4) 20(5) view
E-GEOD-13887_A-AFFY-44_g3_g2 51(11) 14(13) 2(2) 16(16) 15(12) 19(18) 11(11) 7(5) 8(6) 30(6) 36(10) view
E-GEOD-13909_A-AFFY-44_g3_g4 16(4) 4(4) 2(2) 7(7) 14(4) 6(6) 2(2) 8(5) 7(4) 10(4) 14(4) view
E-GEOD-13987_A-AFFY-44_g5_g6 18(1) 5(3) 2(1) 5(4) 2(1) 11(4) 1(1) 12(3) 12(4) 8(2) 18(3) view
E-GEOD-1417_A-AFFY-33_g1_g2 55(11) 9(9) 3(3) 20(20) 18(17) 24(20) 11(11) 10(6) 10(7) 15(6) 34(8) view
E-GEOD-14580_A-AFFY-44_g2_g3 17(0) 4(1) 4(1) 3(2) 7(2) 12(1) 1(1) 17(0) 17(0) 8(3) 21(0) view
E-GEOD-14905_A-AFFY-44_g3_g2 26(5) 6(6) 6(6) 15(15) 23(11) 15(12) 9(9) 8(7) 7(7) 9(4) 13(4) view
E-GEOD-15799_A-AFFY-44_g1_g2 29(6) 7(7) 8(8) 13(13) 27(10) 21(11) 8(8) 13(7) 13(8) 16(3) 28(6) view
E-GEOD-15811_A-AFFY-44_g1_g2 16(1) 5(3) 2(1) 4(3) 5(1) 11(2) 1(1) 19(1) 19(1) 13(1) 24(1) view
E-GEOD-15811_A-AFFY-44_g1_g3 14(4) 6(4) 2(2) 6(6) 6(2) 12(2) 3(3) 16(3) 16(3) 11(3) 16(3) view
E-GEOD-15811_A-AFFY-44_g1_g4 23(1) 7(3) 4(2) 4(4) 5(2) 9(4) 1(1) 15(2) 15(2) 13(1) 21(1) view
E-GEOD-15947_A-AFFY-44_g1_g2 9(2) 4(4) 2(2) 6(6) 6(4) 8(5) 4(4) 7(4) 7(4) 5(3) 8(3) view
E-GEOD-16179_A-AFFY-44_g1_g4 10(4) 6(6) 2(2) 9(9) 13(6) 11(8) 7(7) 5(4) 4(4) 6(2) 10(3) view
E-GEOD-16238_A-AFFY-44_g2_g1 23(3) 6(4) 6(6) 6(6) 11(6) 13(5) 5(5) 13(6) 11(6) 9(2) 23(3) view
E-GEOD-16837_A-AFFY-44_g22_g11 21(3) 7(6) 2(2) 5(5) 12(4) 11(6) 2(2) 11(7) 8(7) 15(2) 18(3) view
E-GEOD-16837_A-AFFY-44_g22_g21 31(8) 5(5) 2(2) 10(10) 20(7) 20(7) 5(5) 11(9) 9(8) 21(4) 25(6) view
E-GEOD-16837_A-AFFY-44_g22_g29 27(5) 7(5) 2(2) 6(6) 16(6) 18(6) 4(3) 10(7) 9(7) 16(3) 24(2) view
E-GEOD-16837_A-AFFY-44_g22_g3 17(2) 5(3) 2(2) 5(5) 10(4) 11(4) 2(2) 7(5) 7(5) 4(2) 14(2) view
E-GEOD-16837_A-AFFY-44_g22_g4 16(2) 7(4) 2(2) 6(6) 11(2) 11(2) 2(2) 10(6) 9(5) 14(2) 14(1) view
E-GEOD-16879_A-AFFY-44_g13_g1 26(4) 9(5) 7(3) 9(9) 9(4) 21(5) 3(3) 17(6) 16(6) 11(2) 29(2) view
E-GEOD-16879_A-AFFY-44_g13_g12 18(0) 4(2) 4(1) 3(2) 7(2) 12(1) 1(1) 16(0) 16(0) 9(2) 20(0) view
E-GEOD-17156_A-AFFY-37_g4_g10 31(5) 6(6) 2(2) 9(9) 24(7) 7(7) 8(8) 8(6) 8(7) 42(3) 23(5) view
E-GEOD-17347_A-AFFY-44_g4_g2 11(1) 5(4) 3(2) 5(5) 3(2) 7(2) 3(3) 11(2) 10(1) 4(2) 13(1) view
E-GEOD-17508_A-AFFY-44_g1_g2 16(4) 5(5) 2(2) 9(9) 13(5) 12(9) 5(5) 8(5) 8(5) 7(3) 14(4) view
E-GEOD-18105_A-AFFY-44_g1_g2 17(4) 6(6) 2(2) 8(8) 16(5) 11(8) 5(5) 9(7) 10(6) 14(3) 13(4) view
E-GEOD-18791_A-AFFY-44_g11_g2 28(8) 6(5) 9(7) 10(10) 12(6) 18(10) 8(8) 17(9) 14(10) 15(4) 26(6) view
E-GEOD-18791_A-AFFY-44_g11_g6 28(4) 5(3) 2(2) 8(8) 7(4) 13(4) 2(2) 12(9) 12(9) 14(6) 24(5) view
E-GEOD-19018_A-AFFY-44_g1_g3 31(7) 7(7) 8(8) 15(15) 24(14) 23(13) 9(9) 13(7) 11(6) 19(4) 24(6) view
E-GEOD-19018_A-AFFY-44_g2_g4 27(6) 7(7) 11(11) 13(13) 22(13) 18(12) 11(11) 12(6) 11(6) 15(3) 24(6) view
E-GEOD-19279_A-AFFY-33_g2_g4 23(1) 5(3) 5(3) 5(5) 10(3) 15(3) 3(3) 19(3) 18(3) 11(2) 23(1) view
E-GEOD-19639_A-AFFY-44_g2_g8 14(2) 4(4) 2(2) 7(7) 15(4) 10(7) 5(5) 13(5) 10(6) 10(2) 13(2) view
E-GEOD-19639_A-AFFY-44_g7_g5 9(3) 6(5) 3(3) 6(6) 10(5) 7(4) 5(4) 5(4) 4(4) 12(3) 10(2) view
E-GEOD-19650_A-AFFY-44_g4_g2 10(1) 3(3) 2(2) 3(3) 2(2) 7(2) 3(3) 9(1) 9(1) 7(2) 9(1) view
E-GEOD-19650_A-AFFY-44_g4_g3 8(1) 3(3) 2(2) 3(3) 6(3) 8(2) 2(2) 8(2) 8(2) 7(1) 8(1) view
E-GEOD-20505_A-AFFY-44_g7_g4 21(3) 6(5) 2(2) 8(8) 7(5) 8(7) 5(5) 8(6) 7(7) 26(3) 18(3) view
E-GEOD-20505_A-AFFY-44_g7_g5 9(1) 3(2) 2(2) 2(2) 4(2) 6(2) 3(2) 8(2) 8(2) 4(3) 10(1) view
E-GEOD-20602_A-AFFY-33_g1_g2 12(2) 5(5) 2(2) 9(9) 12(7) 14(10) 4(4) 10(6) 9(6) 17(2) 7(2) view
E-GEOD-21422_A-AFFY-44_g3_g1 14(3) 3(3) 2(2) 4(4) 8(6) 11(4) 4(3) 10(4) 10(4) 12(4) 15(3) view
E-GEOD-21422_A-AFFY-44_g3_g2 19(4) 5(5) 2(2) 6(6) 12(6) 14(6) 4(4) 12(5) 11(5) 20(3) 20(4) view
E-GEOD-22278_A-AFFY-41_g5_g1 31(7) 6(6) 2(2) 12(12) 22(11) 14(10) 8(8) 10(6) 10(6) 19(5) 22(5) view
E-GEOD-22385_A-AFFY-37_g1_g2 34(7) 13(10) 2(2) 14(14) 23(12) 15(14) 10(10) 9(6) 8(6) 22(6) 26(6) view
E-GEOD-22529_A-AFFY-33_g2_g1 13(2) 3(3) 3(3) 3(3) 5(3) 6(3) 4(3) 12(2) 12(2) 10(2) 14(1) view
E-GEOD-22779_A-AFFY-44_g4_g1 25(3) 6(6) 3(3) 12(12) 17(7) 11(9) 8(8) 8(4) 5(4) 8(2) 20(3) view
E-GEOD-22779_A-AFFY-44_g4_g3 24(3) 5(5) 2(2) 9(9) 11(5) 11(8) 7(7) 6(4) 6(5) 7(3) 19(3) view
E-GEOD-23610_A-AFFY-44_g1_g2 23(9) 7(7) 2(2) 16(16) 20(12) 17(15) 11(11) 10(5) 8(5) 16(5) 16(7) view
E-GEOD-23764_A-AFFY-44_g4_g2 18(3) 4(4) 3(3) 7(7) 11(4) 10(7) 4(4) 9(4) 9(4) 16(3) 14(3) view
E-GEOD-23930_A-AGIL-28_g1_g2 12(2) 6(3) 4(4) 4(4) 9(4) 11(4) 3(3) 9(3) 9(3) 9(2) 13(3) view
E-GEOD-23930_A-AGIL-28_g2_g4 14(2) 5(3) 4(4) 4(4) 9(3) 10(6) 4(4) 9(5) 8(5) 8(2) 14(3) view
E-GEOD-24592_A-AFFY-37_g1_g3 9(2) 4(3) 3(2) 3(3) 6(3) 7(2) 3(2) 10(2) 10(2) 5(2) 11(2) view
E-GEOD-24592_A-AFFY-37_g1_g5 21(6) 6(6) 9(8) 10(10) 19(9) 16(9) 7(7) 8(5) 7(5) 14(5) 23(3) view
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