EBI_Expression_Atlas_Reactome_kappa (applied on kappa coeffcient matrix)


Figure 1.Compare clustering results. Left panel: The difference score, number of clusters and the block mean of different clusterings. Right panel: Concordance between clustering methods. The concordance measures how similar two clusterings are. The definition of the concordance score can be found here.

Table 1.Number of clusters identified by each clustering method. Numbers in the table indicate the number of clusters. The numbers inside the parentheses are the number of clusters with size >= 5.

ID binary_cut kmeans pam dynamicTreeCut mclust apcluster hdbscan fast_greedy louvain walktrap MCL Details
E-GEOD-101794_g2_g1 15(2) 5(3) 4(3) 4(4) 8(4) 11(3) 4(4) 11(3) 11(3) 7(3) 16(2) view
E-GEOD-104288_g2_g1 16(4) 9(9) 2(2) 10(10) 30(7) 8(7) 9(9) 6(5) 6(5) 16(7) 10(4) view
E-GEOD-10718_A-AFFY-44_g5_g6 18(6) 5(5) 5(5) 7(7) 15(8) 15(8) 6(6) 11(5) 10(6) 10(6) 13(3) view
E-GEOD-10797_A-AFFY-37_g1_g3 37(9) 6(6) 2(2) 12(12) 23(12) 11(11) 13(13) 7(6) 7(6) 45(5) 22(6) view
E-GEOD-10927_A-AFFY-44_g2_g3 16(4) 4(4) 6(6) 7(7) 11(6) 10(8) 6(6) 8(5) 8(5) 9(4) 11(4) view
E-GEOD-11324_A-AFFY-44_g1_g4 22(4) 11(9) 2(2) 8(8) 17(7) 13(8) 6(6) 10(5) 9(4) 17(5) 15(4) view
E-GEOD-11348_A-AFFY-44_g6_g3 19(6) 7(7) 2(2) 11(11) 9(7) 14(9) 2(2) 11(6) 10(6) 11(5) 14(4) view
E-GEOD-11352_A-AFFY-44_g1_g6 10(5) 4(4) 6(6) 8(8) 11(7) 10(9) 7(7) 7(4) 6(5) 10(5) 9(5) view
E-GEOD-11352_A-AFFY-44_g3_g4 11(2) 4(4) 3(3) 3(3) 6(2) 8(3) 4(4) 10(2) 10(2) 7(3) 11(2) view
E-GEOD-11408_A-AFFY-1_g1_g2 30(9) 14(8) 2(2) 11(11) 13(8) 18(11) 6(6) 11(9) 11(10) 23(6) 22(5) view
E-GEOD-11428_A-AFFY-44_g3_g1 29(10) 8(8) 3(3) 22(22) 25(16) 17(17) 14(14) 11(5) 12(6) 21(6) 20(6) view
E-GEOD-11783_A-AFFY-44_g1_g2 21(3) 9(7) 7(6) 5(5) 9(5) 16(7) 5(5) 13(6) 11(6) 16(4) 16(5) view
E-GEOD-11791_A-AFFY-44_g3_g4 14(3) 4(2) 4(4) 4(4) 6(2) 12(3) 3(3) 12(3) 12(4) 12(3) 15(3) view
E-GEOD-11886_A-AFFY-44_g3_g1 31(9) 13(13) 2(2) 19(19) 27(19) 18(17) 13(13) 6(3) 7(5) 16(5) 20(7) view
E-GEOD-11903_A-AFFY-37_g7_g10 24(6) 7(7) 2(2) 7(7) 14(4) 8(7) 4(3) 9(4) 8(4) 25(4) 18(3) view
E-GEOD-11903_A-AFFY-37_g7_g9 31(8) 7(6) 2(2) 8(8) 12(7) 8(7) 5(5) 9(7) 6(6) 12(2) 26(5) view
E-GEOD-11919_A-AFFY-44_g1_g2 19(7) 8(8) 5(5) 13(13) 21(10) 17(12) 9(9) 10(7) 10(6) 14(3) 14(4) view
E-GEOD-11919_A-AFFY-44_g1_g3 26(10) 7(7) 7(7) 14(14) 21(12) 15(12) 8(8) 13(6) 11(6) 15(4) 20(6) view
E-GEOD-12265_A-AFFY-44_g1_g4 10(2) 4(1) 3(2) 3(3) 6(2) 8(0) 1(1) 9(3) 9(3) 6(2) 10(2) view
E-GEOD-12355_A-AFFY-44_g11_g12 32(12) 7(7) 3(3) 21(21) 28(15) 16(16) 14(14) 10(5) 11(6) 30(7) 23(8) view
E-GEOD-12355_A-AFFY-44_g4_g6 26(12) 9(9) 9(9) 21(21) 22(14) 17(17) 14(14) 10(6) 10(6) 11(5) 15(8) view
E-GEOD-12355_A-AFFY-44_g7_g8 37(13) 11(11) 2(2) 19(19) 28(14) 17(17) 12(12) 7(5) 8(8) 29(8) 25(11) view
E-GEOD-12355_A-AFFY-44_g7_g9 29(9) 6(6) 7(7) 17(17) 24(16) 15(14) 10(10) 12(6) 13(7) 15(4) 17(7) view
E-GEOD-12446_A-AFFY-44_g1_g4 8(3) 4(4) 5(5) 7(7) 10(6) 8(7) 6(5) 7(4) 7(4) 9(4) 9(4) view
E-GEOD-12452_A-AFFY-44_g2_g1 20(8) 11(10) 2(2) 15(15) 20(13) 15(13) 11(11) 9(5) 10(6) 10(5) 14(8) view
E-GEOD-12773_A-AFFY-44_g1_g2 26(6) 8(7) 2(2) 13(13) 18(8) 11(10) 8(8) 8(6) 8(5) 25(4) 15(4) view
E-GEOD-12791_A-AFFY-33_g3_g1 30(5) 9(7) 2(2) 9(9) 16(7) 16(6) 6(6) 12(7) 12(7) 20(5) 27(4) view
E-GEOD-12791_A-AFFY-33_g3_g2 53(8) 9(9) 2(2) 13(13) 26(11) 17(16) 5(5) 10(7) 9(7) 38(6) 0(0) view
E-GEOD-12791_A-AFFY-33_g4_g2 31(3) 5(4) 4(4) 9(9) 12(6) 8(7) 6(6) 13(7) 12(6) 31(3) 25(2) view
E-GEOD-12963_A-AFFY-44_g3_g1 26(9) 13(10) 2(2) 16(16) 12(10) 15(13) 10(10) 8(3) 8(5) 13(4) 18(5) view
E-GEOD-13274_A-AFFY-44_g1_g3 29(4) 4(4) 3(3) 7(7) 20(4) 7(6) 5(5) 10(6) 10(6) 15(6) 20(3) view
E-GEOD-13637_A-AFFY-44_g1_g2 24(8) 5(5) 8(8) 10(10) 14(9) 17(9) 2(2) 14(8) 12(9) 8(5) 22(8) view
E-GEOD-13637_A-AFFY-44_g1_g9 27(9) 8(8) 2(2) 13(13) 15(11) 20(12) 10(10) 12(8) 11(8) 10(5) 22(8) view
E-GEOD-13637_A-AFFY-44_g5_g1 16(3) 4(3) 2(2) 4(4) 10(3) 11(3) 2(2) 9(3) 9(3) 8(2) 13(2) view
E-GEOD-13637_A-AFFY-44_g5_g3 24(7) 10(9) 2(2) 11(11) 23(11) 11(10) 8(8) 9(5) 8(5) 31(6) 22(7) view
E-GEOD-13762_A-AFFY-44_g3_g2 11(1) 3(2) 3(2) 3(3) 5(1) 6(2) 3(3) 9(1) 9(1) 5(3) 11(1) view
E-GEOD-13763_A-AFFY-44_g1_g2 14(3) 2(2) 2(2) 4(4) 8(3) 9(4) 4(4) 11(5) 10(5) 15(2) 15(2) view
E-GEOD-13763_A-AFFY-44_g3_g2 23(6) 8(8) 2(2) 13(13) 19(10) 14(11) 9(9) 11(5) 10(5) 10(4) 16(5) view
E-GEOD-13887_A-AFFY-44_g3_g2 39(13) 13(13) 2(2) 16(16) 18(13) 15(15) 14(14) 7(5) 7(6) 30(5) 30(8) view
E-GEOD-13909_A-AFFY-44_g3_g4 13(5) 4(4) 4(4) 8(8) 14(4) 5(5) 2(2) 6(4) 6(4) 8(3) 11(5) view
E-GEOD-13987_A-AFFY-44_g5_g6 14(2) 6(4) 2(2) 5(5) 5(4) 10(4) 4(4) 12(4) 11(4) 7(2) 14(3) view
E-GEOD-1417_A-AFFY-33_g1_g2 31(11) 8(8) 3(3) 21(21) 20(16) 22(20) 10(10) 8(7) 9(7) 14(6) 19(7) view
E-GEOD-14580_A-AFFY-44_g2_g3 18(0) 4(2) 3(1) 3(2) 7(1) 12(1) 1(1) 15(1) 15(1) 11(3) 18(0) view
E-GEOD-14905_A-AFFY-44_g3_g2 18(5) 8(8) 6(6) 16(16) 22(11) 12(11) 9(9) 7(4) 6(6) 9(4) 11(4) view
E-GEOD-15799_A-AFFY-44_g1_g2 28(6) 8(7) 7(7) 12(12) 26(10) 15(12) 8(8) 12(6) 12(6) 16(3) 20(4) view
E-GEOD-15811_A-AFFY-44_g1_g2 21(1) 4(1) 2(1) 4(3) 7(1) 14(2) 3(3) 19(1) 19(1) 11(2) 20(1) view
E-GEOD-15811_A-AFFY-44_g1_g3 17(3) 5(4) 4(4) 6(6) 9(3) 11(4) 5(5) 14(5) 14(5) 9(2) 16(3) view
E-GEOD-15811_A-AFFY-44_g1_g4 19(1) 8(2) 2(2) 3(3) 6(2) 10(3) 3(3) 15(3) 15(2) 14(2) 18(1) view
E-GEOD-15947_A-AFFY-44_g1_g2 8(3) 7(5) 2(2) 6(6) 11(3) 7(4) 4(4) 6(4) 7(4) 5(3) 7(3) view
E-GEOD-16179_A-AFFY-44_g1_g4 10(4) 8(6) 2(2) 7(7) 13(5) 9(6) 7(7) 4(4) 4(4) 4(2) 5(2) view
E-GEOD-16238_A-AFFY-44_g2_g1 14(5) 5(5) 5(5) 6(6) 11(5) 11(7) 5(5) 12(5) 11(6) 9(3) 16(3) view
E-GEOD-16837_A-AFFY-44_g22_g11 17(6) 8(6) 2(2) 6(6) 10(5) 10(7) 2(2) 11(7) 10(7) 17(2) 12(4) view
E-GEOD-16837_A-AFFY-44_g22_g21 25(9) 6(6) 2(2) 9(9) 14(8) 17(9) 7(7) 8(7) 8(7) 14(4) 18(6) view
E-GEOD-16837_A-AFFY-44_g22_g29 22(6) 9(6) 2(2) 7(7) 12(7) 14(8) 4(4) 10(7) 9(7) 16(3) 14(3) view
E-GEOD-16837_A-AFFY-44_g22_g3 14(3) 4(3) 2(2) 4(4) 10(4) 9(4) 2(2) 7(5) 7(5) 7(2) 11(2) view
E-GEOD-16837_A-AFFY-44_g22_g4 14(2) 7(4) 2(2) 5(5) 11(3) 10(3) 2(2) 9(6) 9(6) 13(1) 11(2) view
E-GEOD-16879_A-AFFY-44_g13_g1 27(3) 6(5) 7(5) 7(7) 12(4) 17(4) 3(3) 16(9) 14(8) 12(3) 25(2) view
E-GEOD-16879_A-AFFY-44_g13_g12 18(0) 6(1) 3(1) 4(3) 7(2) 10(1) 1(1) 14(1) 14(1) 11(2) 19(0) view
E-GEOD-17156_A-AFFY-37_g4_g10 26(7) 5(5) 2(2) 11(11) 19(7) 8(8) 5(5) 10(5) 8(7) 24(4) 21(6) view
E-GEOD-17347_A-AFFY-44_g4_g2 11(1) 4(3) 3(2) 2(2) 6(3) 7(2) 3(3) 10(2) 9(2) 5(2) 11(1) view
E-GEOD-17508_A-AFFY-44_g1_g2 14(4) 6(6) 2(2) 10(10) 14(4) 9(7) 5(5) 8(5) 8(4) 5(2) 10(4) view
E-GEOD-18105_A-AFFY-44_g1_g2 16(4) 5(5) 2(2) 7(7) 13(5) 9(8) 5(5) 8(6) 9(5) 13(3) 11(5) view
E-GEOD-18791_A-AFFY-44_g11_g2 28(7) 5(5) 9(8) 9(9) 18(8) 15(10) 9(9) 15(9) 14(8) 13(4) 23(6) view
E-GEOD-18791_A-AFFY-44_g11_g6 23(7) 9(8) 2(2) 9(9) 12(6) 11(8) 2(2) 11(9) 11(9) 15(6) 20(6) view
E-GEOD-19018_A-AFFY-44_g1_g3 23(9) 7(7) 7(7) 16(16) 15(14) 15(13) 9(9) 11(6) 11(6) 22(5) 20(6) view
E-GEOD-19018_A-AFFY-44_g2_g4 22(6) 10(8) 10(10) 12(12) 16(13) 15(11) 10(10) 12(5) 11(6) 14(3) 18(5) view
E-GEOD-19279_A-AFFY-33_g2_g4 20(2) 5(3) 4(3) 5(5) 9(3) 14(2) 4(4) 16(5) 16(5) 13(2) 17(1) view
E-GEOD-19639_A-AFFY-44_g2_g8 13(2) 4(4) 2(2) 6(6) 10(4) 11(7) 5(5) 11(5) 11(6) 8(2) 12(2) view
E-GEOD-19639_A-AFFY-44_g7_g5 9(3) 5(5) 3(3) 5(5) 10(2) 5(4) 5(4) 5(4) 4(4) 11(3) 8(2) view
E-GEOD-19650_A-AFFY-44_g4_g2 10(1) 4(2) 2(2) 3(3) 4(2) 7(2) 3(3) 10(1) 10(1) 8(1) 9(1) view
E-GEOD-19650_A-AFFY-44_g4_g3 8(1) 4(3) 2(2) 2(2) 6(2) 7(2) 3(2) 8(2) 8(2) 6(1) 8(1) view
E-GEOD-20505_A-AFFY-44_g7_g4 20(3) 5(5) 2(2) 7(7) 7(4) 7(7) 5(5) 9(5) 9(6) 26(3) 15(3) view
E-GEOD-20505_A-AFFY-44_g7_g5 9(1) 4(2) 2(2) 2(2) 5(2) 5(2) 2(2) 7(3) 7(3) 6(3) 9(1) view
E-GEOD-20602_A-AFFY-33_g1_g2 13(2) 6(6) 2(2) 7(7) 12(5) 13(8) 4(4) 10(6) 8(6) 8(2) 7(2) view
E-GEOD-21422_A-AFFY-44_g3_g1 12(3) 5(4) 5(4) 4(4) 7(4) 7(4) 5(4) 10(4) 10(4) 13(3) 13(3) view
E-GEOD-21422_A-AFFY-44_g3_g2 18(4) 5(5) 7(6) 6(6) 13(5) 11(6) 5(5) 10(6) 10(6) 18(4) 15(2) view
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E-GEOD-22385_A-AFFY-37_g1_g2 31(6) 8(8) 2(2) 15(15) 24(9) 14(13) 10(10) 9(6) 9(6) 18(5) 22(6) view
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E-GEOD-23610_A-AFFY-44_g1_g2 22(8) 9(9) 2(2) 15(15) 19(15) 14(13) 10(10) 8(4) 8(5) 16(5) 12(6) view
E-GEOD-23764_A-AFFY-44_g4_g2 16(3) 3(3) 3(3) 8(8) 10(5) 6(6) 4(4) 8(4) 8(4) 12(2) 11(2) view
E-GEOD-23930_A-AGIL-28_g1_g2 11(2) 4(4) 4(4) 5(5) 6(3) 7(5) 3(3) 8(5) 9(3) 9(2) 8(2) view
E-GEOD-23930_A-AGIL-28_g2_g4 11(2) 4(4) 4(4) 6(6) 8(4) 8(4) 5(5) 9(5) 8(5) 9(2) 8(3) view
E-GEOD-24592_A-AFFY-37_g1_g3 7(2) 3(3) 2(2) 3(3) 4(4) 7(3) 4(3) 8(3) 7(3) 5(2) 9(2) view
E-GEOD-24592_A-AFFY-37_g1_g5 18(6) 5(5) 5(5) 9(9) 14(10) 11(10) 7(7) 8(5) 9(5) 13(4) 15(4) view
E-GEOD-24592_A-AFFY-37_g2_g6 15(5) 7(6) 5(5) 8(8) 11(8) 10(8) 7(7) 10(4) 11(5) 12(4) 12(3) view
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E-MTAB-7884_g4_g1 6(2) 5(4) 2(2) 5(5) 5(3) 6(3) 4(4) 6(4) 6(3) 3(2) 3(2) view
E-MTAB-7884_g5_g2 1(1) 4(2) 3(2) 3(3) 5(2) 5(1) 3(3) 7(3) 6(2) 2(1) 2(1) view
E-MTAB-7938_g3_g2 15(3) 6(6) 2(2) 5(5) 10(6) 13(7) 5(5) 11(7) 11(8) 12(3) 12(3) view
E-MTAB-8008_g3_g1 37(8) 8(8) 2(2) 13(13) 10(9) 10(9) 9(9) 8(4) 6(4) 37(6) 27(5) view
E-MTAB-8008_g3_g2 43(9) 9(9) 2(2) 12(12) 16(10) 9(8) 8(8) 6(4) 6(5) 32(6) 33(6) view
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E-MTAB-8444_g11_g6 37(12) 12(12) 2(2) 18(18) 23(17) 26(16) 13(13) 8(6) 8(7) 9(4) 24(10) view
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E-MTAB-8444_g15_g5 50(15) 19(19) 2(2) 25(25) 24(20) 25(25) 4(4) 7(5) 6(5) 25(6) 32(9) view
E-MTAB-8572_g2_g1 13(3) 3(3) 2(2) 3(3) 8(3) 10(4) 5(5) 9(4) 9(4) 4(4) 13(3) view
E-TABM-1118_A-AFFY-44_g2_g1 27(6) 6(6) 5(5) 14(14) 18(11) 14(12) 6(6) 12(9) 11(9) 40(5) 22(5) view
E-TABM-15_A-AFFY-33_g3_g1 12(2) 4(3) 3(2) 3(3) 5(2) 10(1) 1(1) 13(0) 12(1) 8(2) 14(0) view
E-TABM-15_A-AFFY-33_g3_g2 28(7) 10(9) 11(10) 15(15) 21(11) 21(12) 8(8) 13(9) 12(8) 8(4) 25(8) view