Figure 1.Compare clustering results. Left panel: The difference score, number of clusters and the block mean of different clusterings. Right panel: Concordance between clustering methods. The concordance measures how similar two clusterings are. The definition of the concordance score can be found here.
Table 1.Number of clusters identified by each clustering method. Numbers in the table indicate the number of clusters. The numbers inside the parentheses are the number of clusters with size >= 5.
| run | binary_cut | kmeans | pam | dynamicTreeCut | mclust | apcluster | hdbscan | fast_greedy | louvain | walktrap | MCL | Details |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 18 (9) | 14 (14) | 5 (5) | 55 (55) | 27 (27) | 40 (37) | 20 (20) | 5 (4) | 5 (5) | 6 (5) | 5 (3) | view |
| 2 | 22 (13) | 15 (15) | 5 (5) | 49 (49) | 27 (26) | 40 (36) | 22 (22) | 4 (4) | 5 (5) | 6 (5) | 4 (1) | view |
| 3 | 18 (9) | 18 (18) | 5 (5) | 55 (55) | 22 (22) | 40 (36) | 13 (13) | 6 (5) | 5 (5) | 6 (5) | 5 (2) | view |
| 4 | 5 (5) | 20 (20) | 5 (5) | 52 (52) | 35 (32) | 35 (35) | 14 (14) | 5 (5) | 5 (5) | 6 (5) | 3 (1) | view |
| 5 | 26 (11) | 20 (20) | 4 (4) | 53 (53) | 32 (28) | 39 (39) | 13 (13) | 5 (5) | 5 (5) | 9 (5) | 8 (2) | view |
| 6 | 20 (8) | 18 (18) | 5 (5) | 52 (52) | 28 (27) | 39 (38) | 17 (17) | 5 (4) | 5 (5) | 6 (4) | 5 (2) | view |
| 7 | 15 (8) | 19 (19) | 5 (5) | 51 (51) | 28 (27) | 39 (38) | 17 (17) | 6 (4) | 5 (4) | 6 (5) | 5 (3) | view |
| 8 | 4 (4) | 16 (16) | 5 (5) | 57 (57) | 33 (32) | 39 (36) | 17 (17) | 6 (3) | 6 (5) | 6 (4) | 5 (1) | view |
| 9 | 29 (9) | 16 (16) | 5 (5) | 54 (54) | 41 (35) | 42 (41) | 18 (18) | 5 (4) | 6 (6) | 6 (5) | 3 (2) | view |
| 10 | 13 (10) | 16 (16) | 5 (5) | 52 (52) | 43 (37) | 36 (35) | 17 (17) | 4 (4) | 5 (5) | 5 (4) | 2 (1) | view |
| 11 | 17 (7) | 20 (20) | 5 (5) | 55 (55) | 28 (28) | 40 (38) | 15 (15) | 7 (5) | 6 (5) | 5 (4) | 4 (2) | view |
| 12 | 12 (6) | 18 (18) | 5 (5) | 56 (56) | 25 (23) | 39 (35) | 16 (16) | 5 (5) | 5 (5) | 5 (4) | 3 (1) | view |
| 13 | 19 (11) | 15 (15) | 5 (5) | 57 (57) | 29 (28) | 40 (36) | 17 (17) | 6 (5) | 7 (6) | 7 (5) | 4 (1) | view |
| 14 | 18 (11) | 16 (16) | 5 (5) | 54 (54) | 23 (23) | 38 (36) | 13 (13) | 6 (5) | 6 (6) | 5 (4) | 5 (2) | view |
| 15 | 19 (9) | 22 (22) | 4 (4) | 55 (55) | 29 (28) | 40 (39) | 16 (16) | 5 (4) | 5 (5) | 6 (5) | 4 (1) | view |
| 16 | 21 (9) | 18 (18) | 4 (4) | 54 (54) | 28 (27) | 35 (32) | 18 (18) | 7 (4) | 7 (5) | 8 (5) | 6 (3) | view |
| 17 | 5 (5) | 15 (15) | 5 (5) | 55 (55) | 36 (31) | 35 (34) | 13 (13) | 5 (4) | 5 (5) | 6 (5) | 4 (1) | view |
| 18 | 18 (11) | 17 (17) | 5 (5) | 53 (53) | 31 (28) | 34 (32) | 12 (12) | 7 (5) | 5 (5) | 6 (5) | 6 (3) | view |
| 19 | 18 (11) | 21 (21) | 5 (5) | 59 (59) | 27 (27) | 43 (39) | 18 (18) | 6 (4) | 5 (5) | 7 (5) | 3 (1) | view |
| 20 | 16 (11) | 23 (23) | 5 (5) | 52 (52) | 32 (26) | 33 (32) | 15 (15) | 7 (5) | 5 (5) | 7 (5) | 5 (2) | view |
| 21 | 19 (8) | 19 (19) | 5 (5) | 54 (54) | 29 (27) | 38 (34) | 12 (12) | 7 (4) | 6 (4) | 8 (5) | 4 (2) | view |
| 22 | 20 (7) | 17 (17) | 4 (4) | 57 (57) | 38 (34) | 39 (36) | 20 (20) | 4 (4) | 4 (4) | 6 (4) | 4 (1) | view |
| 23 | 5 (5) | 18 (18) | 5 (5) | 60 (60) | 33 (31) | 39 (34) | 16 (16) | 5 (5) | 6 (6) | 6 (5) | 7 (2) | view |
| 24 | 21 (11) | 18 (18) | 5 (5) | 56 (56) | 31 (28) | 40 (38) | 15 (15) | 5 (5) | 5 (5) | 6 (5) | 5 (1) | view |
| 25 | 20 (9) | 25 (25) | 5 (5) | 56 (56) | 35 (33) | 41 (38) | 16 (16) | 6 (4) | 6 (5) | 6 (4) | 4 (2) | view |
| 26 | 22 (11) | 15 (15) | 6 (6) | 49 (49) | 27 (26) | 42 (38) | 15 (15) | 6 (5) | 6 (5) | 7 (5) | 5 (1) | view |
| 27 | 21 (6) | 21 (21) | 5 (5) | 56 (56) | 25 (24) | 36 (34) | 15 (15) | 6 (5) | 6 (5) | 6 (4) | 8 (2) | view |
| 28 | 5 (5) | 20 (20) | 5 (5) | 55 (55) | 29 (28) | 35 (33) | 13 (13) | 5 (4) | 5 (5) | 6 (5) | 4 (2) | view |
| 29 | 5 (5) | 17 (16) | 5 (5) | 55 (55) | 27 (25) | 38 (38) | 13 (13) | 6 (4) | 6 (5) | 7 (6) | 6 (2) | view |
| 30 | 7 (7) | 15 (15) | 5 (5) | 58 (58) | 30 (27) | 38 (37) | 14 (14) | 5 (5) | 5 (5) | 5 (4) | 6 (3) | view |
| 31 | 9 (9) | 13 (13) | 5 (5) | 53 (53) | 32 (30) | 42 (37) | 13 (13) | 6 (5) | 7 (6) | 6 (4) | 4 (1) | view |
| 32 | 25 (10) | 20 (20) | 5 (5) | 60 (60) | 27 (26) | 36 (34) | 11 (11) | 7 (5) | 7 (5) | 8 (5) | 6 (3) | view |
| 33 | 5 (5) | 17 (17) | 5 (5) | 55 (55) | 51 (39) | 39 (36) | 18 (18) | 5 (4) | 6 (5) | 6 (5) | 4 (2) | view |
| 34 | 1 (1) | 20 (20) | 5 (5) | 58 (58) | 39 (33) | 38 (35) | 12 (12) | 6 (5) | 6 (5) | 4 (4) | 2 (1) | view |
| 35 | 5 (5) | 20 (20) | 5 (5) | 58 (58) | 28 (27) | 40 (38) | 17 (17) | 7 (6) | 7 (5) | 8 (5) | 8 (3) | view |
| 36 | 23 (12) | 16 (16) | 5 (5) | 53 (53) | 23 (21) | 40 (38) | 16 (16) | 5 (3) | 6 (5) | 10 (5) | 8 (3) | view |
| 37 | 21 (11) | 18 (18) | 3 (3) | 58 (58) | 42 (34) | 39 (35) | 14 (14) | 5 (4) | 5 (5) | 5 (4) | 4 (1) | view |
| 38 | 15 (12) | 20 (20) | 4 (4) | 53 (53) | 33 (29) | 36 (35) | 13 (13) | 5 (5) | 5 (5) | 4 (4) | 5 (4) | view |
| 39 | 20 (10) | 21 (21) | 5 (5) | 60 (60) | 24 (22) | 37 (36) | 14 (14) | 7 (6) | 7 (6) | 8 (5) | 7 (4) | view |
| 40 | 20 (11) | 22 (22) | 4 (4) | 60 (60) | 40 (34) | 39 (36) | 13 (13) | 5 (4) | 6 (5) | 6 (5) | 5 (2) | view |
| 41 | 18 (8) | 19 (19) | 5 (5) | 56 (56) | 37 (28) | 38 (35) | 15 (15) | 6 (4) | 4 (4) | 6 (3) | 8 (2) | view |
| 42 | 6 (6) | 14 (14) | 4 (4) | 52 (52) | 29 (27) | 37 (36) | 14 (14) | 8 (5) | 8 (6) | 6 (4) | 7 (2) | view |
| 43 | 29 (10) | 20 (20) | 4 (4) | 54 (54) | 29 (27) | 43 (39) | 16 (16) | 6 (5) | 6 (5) | 5 (4) | 5 (2) | view |
| 44 | 20 (9) | 18 (17) | 4 (4) | 57 (57) | 28 (27) | 38 (35) | 16 (16) | 5 (5) | 6 (6) | 5 (4) | 4 (2) | view |
| 45 | 17 (11) | 20 (20) | 5 (5) | 60 (60) | 40 (37) | 39 (38) | 15 (15) | 6 (5) | 4 (4) | 5 (4) | 2 (1) | view |
| 46 | 5 (5) | 17 (16) | 5 (5) | 53 (53) | 29 (27) | 39 (37) | 14 (14) | 6 (4) | 6 (5) | 4 (3) | 4 (1) | view |
| 47 | 5 (5) | 23 (23) | 5 (5) | 57 (57) | 44 (37) | 41 (39) | 14 (14) | 4 (4) | 5 (5) | 4 (4) | 3 (1) | view |
| 48 | 16 (6) | 12 (12) | 4 (4) | 59 (59) | 28 (27) | 38 (37) | 10 (10) | 5 (4) | 6 (5) | 7 (4) | 7 (3) | view |
| 49 | 16 (11) | 20 (20) | 5 (5) | 54 (54) | 31 (29) | 41 (38) | 15 (15) | 5 (4) | 5 (4) | 5 (4) | 5 (2) | view |
| 50 | 15 (7) | 19 (19) | 5 (5) | 59 (59) | 34 (29) | 39 (36) | 22 (22) | 5 (4) | 5 (5) | 6 (5) | 7 (4) | view |
| 51 | 19 (10) | 18 (18) | 5 (5) | 55 (55) | 32 (30) | 42 (40) | 18 (18) | 5 (4) | 5 (5) | 5 (4) | 6 (2) | view |
| 52 | 19 (11) | 24 (24) | 5 (5) | 57 (57) | 44 (37) | 39 (39) | 22 (22) | 7 (5) | 7 (5) | 7 (5) | 7 (5) | view |
| 53 | 1 (1) | 16 (16) | 5 (5) | 49 (49) | 28 (27) | 39 (36) | 16 (16) | 5 (5) | 5 (5) | 5 (4) | 2 (1) | view |
| 54 | 15 (8) | 21 (21) | 5 (5) | 55 (55) | 27 (26) | 41 (38) | 13 (13) | 6 (4) | 5 (5) | 7 (5) | 6 (2) | view |
| 55 | 20 (9) | 19 (19) | 5 (5) | 55 (55) | 23 (23) | 40 (38) | 14 (14) | 5 (5) | 5 (5) | 6 (4) | 7 (3) | view |
| 56 | 5 (5) | 13 (13) | 5 (5) | 57 (57) | 45 (39) | 38 (37) | 15 (15) | 6 (5) | 6 (5) | 4 (4) | 2 (1) | view |
| 57 | 20 (9) | 17 (17) | 5 (5) | 59 (59) | 36 (31) | 40 (38) | 13 (13) | 6 (4) | 5 (5) | 7 (5) | 5 (1) | view |
| 58 | 18 (12) | 19 (19) | 5 (5) | 59 (59) | 30 (29) | 41 (39) | 13 (13) | 5 (4) | 5 (5) | 6 (4) | 4 (2) | view |
| 59 | 23 (15) | 13 (13) | 6 (6) | 58 (58) | 26 (26) | 42 (40) | 15 (15) | 5 (4) | 5 (5) | 6 (4) | 5 (3) | view |
| 60 | 22 (11) | 20 (20) | 5 (5) | 56 (56) | 32 (31) | 37 (35) | 20 (20) | 5 (4) | 5 (5) | 5 (4) | 4 (2) | view |
| 61 | 26 (10) | 14 (14) | 5 (5) | 56 (56) | 24 (23) | 41 (41) | 16 (16) | 8 (5) | 8 (5) | 8 (4) | 10 (3) | view |
| 62 | 25 (11) | 16 (16) | 4 (4) | 51 (51) | 27 (27) | 35 (35) | 9 (9) | 5 (4) | 5 (5) | 4 (4) | 4 (3) | view |
| 63 | 25 (10) | 17 (17) | 4 (4) | 54 (54) | 43 (38) | 41 (38) | 14 (14) | 5 (4) | 5 (4) | 5 (3) | 5 (3) | view |
| 64 | 17 (11) | 17 (17) | 5 (5) | 53 (53) | 29 (26) | 39 (38) | 16 (16) | 6 (5) | 6 (6) | 4 (4) | 7 (3) | view |
| 65 | 17 (9) | 25 (25) | 5 (5) | 55 (55) | 30 (30) | 43 (40) | 20 (20) | 5 (4) | 6 (6) | 4 (4) | 2 (1) | view |
| 66 | 21 (11) | 19 (19) | 5 (5) | 54 (54) | 28 (27) | 41 (37) | 21 (21) | 5 (4) | 5 (5) | 9 (6) | 5 (3) | view |
| 67 | 20 (12) | 14 (14) | 4 (4) | 54 (54) | 30 (29) | 39 (39) | 16 (16) | 6 (5) | 5 (5) | 4 (3) | 4 (1) | view |
| 68 | 21 (11) | 22 (22) | 4 (4) | 51 (51) | 28 (27) | 36 (34) | 16 (16) | 5 (4) | 6 (5) | 4 (3) | 7 (2) | view |
| 69 | 23 (10) | 20 (20) | 5 (5) | 61 (61) | 36 (34) | 34 (33) | 14 (14) | 5 (5) | 5 (5) | 5 (4) | 2 (1) | view |
| 70 | 18 (11) | 17 (17) | 5 (5) | 58 (58) | 51 (37) | 41 (37) | 16 (16) | 6 (5) | 5 (5) | 6 (4) | 5 (3) | view |
| 71 | 26 (8) | 19 (19) | 4 (4) | 57 (57) | 32 (29) | 37 (36) | 12 (12) | 6 (3) | 6 (5) | 7 (4) | 6 (3) | view |
| 72 | 17 (8) | 13 (13) | 5 (5) | 57 (57) | 30 (28) | 38 (34) | 13 (13) | 5 (5) | 5 (5) | 6 (4) | 6 (4) | view |
| 73 | 18 (7) | 20 (20) | 5 (5) | 55 (55) | 27 (25) | 40 (33) | 17 (17) | 5 (4) | 5 (5) | 6 (4) | 4 (2) | view |
| 74 | 24 (11) | 18 (17) | 4 (4) | 57 (57) | 33 (29) | 42 (39) | 13 (13) | 6 (5) | 7 (5) | 6 (5) | 4 (2) | view |
| 75 | 20 (11) | 25 (25) | 5 (5) | 58 (58) | 31 (28) | 39 (38) | 13 (13) | 5 (5) | 5 (5) | 7 (4) | 6 (2) | view |
| 76 | 23 (10) | 15 (15) | 5 (5) | 56 (56) | 31 (28) | 37 (35) | 16 (16) | 5 (3) | 6 (5) | 4 (3) | 6 (2) | view |
| 77 | 1 (1) | 21 (21) | 5 (5) | 57 (57) | 27 (26) | 37 (36) | 17 (17) | 5 (4) | 6 (5) | 7 (5) | 3 (2) | view |
| 78 | 22 (9) | 15 (15) | 5 (5) | 52 (52) | 32 (29) | 32 (31) | 15 (15) | 6 (5) | 6 (5) | 5 (4) | 7 (2) | view |
| 79 | 21 (12) | 14 (14) | 4 (4) | 50 (50) | 30 (28) | 37 (37) | 18 (18) | 5 (5) | 5 (5) | 5 (4) | 6 (3) | view |
| 80 | 5 (5) | 21 (20) | 5 (5) | 58 (58) | 32 (29) | 38 (38) | 14 (14) | 5 (5) | 5 (5) | 4 (4) | 5 (3) | view |
| 81 | 23 (9) | 21 (21) | 5 (5) | 60 (60) | 31 (30) | 35 (34) | 16 (16) | 6 (5) | 5 (5) | 5 (4) | 3 (1) | view |
| 82 | 15 (12) | 20 (20) | 4 (4) | 53 (53) | 35 (33) | 39 (38) | 17 (17) | 7 (5) | 6 (5) | 5 (4) | 4 (2) | view |
| 83 | 5 (5) | 19 (19) | 5 (5) | 55 (55) | 31 (27) | 38 (37) | 15 (15) | 5 (4) | 5 (5) | 6 (5) | 5 (1) | view |
| 84 | 11 (5) | 17 (17) | 5 (5) | 56 (56) | 35 (32) | 36 (36) | 14 (14) | 5 (5) | 5 (5) | 5 (4) | 6 (2) | view |
| 85 | 16 (5) | 16 (16) | 5 (5) | 59 (59) | 28 (25) | 39 (36) | 19 (19) | 7 (4) | 5 (5) | 8 (5) | 6 (2) | view |
| 86 | 8 (8) | 19 (19) | 5 (5) | 60 (60) | 41 (38) | 37 (37) | 16 (16) | 5 (5) | 5 (5) | 4 (4) | 3 (2) | view |
| 87 | 18 (10) | 15 (15) | 5 (5) | 52 (52) | 50 (42) | 36 (35) | 14 (14) | 5 (5) | 6 (5) | 6 (4) | 5 (3) | view |
| 88 | 16 (8) | 16 (16) | 5 (5) | 56 (56) | 27 (27) | 36 (34) | 12 (12) | 5 (4) | 5 (5) | 5 (5) | 4 (2) | view |
| 89 | 15 (8) | 15 (15) | 4 (4) | 63 (63) | 28 (26) | 39 (37) | 15 (15) | 7 (5) | 5 (5) | 6 (3) | 6 (3) | view |
| 90 | 18 (9) | 20 (19) | 5 (5) | 58 (58) | 31 (29) | 37 (36) | 16 (16) | 5 (5) | 6 (5) | 7 (4) | 3 (2) | view |
| 91 | 22 (12) | 19 (19) | 5 (5) | 54 (54) | 25 (24) | 41 (38) | 12 (12) | 6 (5) | 6 (5) | 6 (4) | 7 (2) | view |
| 92 | 21 (11) | 15 (15) | 5 (5) | 53 (53) | 28 (27) | 38 (37) | 14 (14) | 6 (5) | 6 (6) | 9 (5) | 5 (3) | view |
| 93 | 16 (10) | 16 (16) | 5 (5) | 59 (59) | 24 (23) | 41 (37) | 13 (13) | 6 (5) | 6 (5) | 5 (4) | 2 (1) | view |
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| 96 | 18 (12) | 18 (18) | 5 (5) | 55 (55) | 30 (29) | 37 (34) | 13 (13) | 6 (5) | 5 (5) | 7 (6) | 5 (2) | view |
| 97 | 6 (6) | 19 (19) | 5 (5) | 51 (51) | 52 (40) | 38 (37) | 18 (18) | 5 (5) | 5 (5) | 5 (4) | 3 (3) | view |
| 98 | 27 (10) | 20 (20) | 5 (5) | 57 (57) | 34 (29) | 39 (37) | 14 (14) | 6 (4) | 6 (6) | 6 (4) | 4 (1) | view |
| 99 | 21 (10) | 19 (19) | 4 (4) | 60 (60) | 28 (28) | 40 (40) | 13 (13) | 6 (5) | 5 (5) | 6 (5) | 8 (5) | view |
| 100 | 26 (11) | 13 (13) | 4 (4) | 56 (56) | 29 (28) | 36 (35) | 14 (14) | 5 (5) | 6 (6) | 4 (3) | 4 (2) | view |