Figure 1.Compare clustering results. Left panel: The difference score, number of clusters and the block mean of different clusterings. Right panel: Concordance between clustering methods. The concordance measures how similar two clusterings are. The definition of the concordance score can be found here.
Table 1.Number of clusters identified by each clustering method. Numbers in the table indicate the number of clusters. The numbers inside the parentheses are the number of clusters with size >= 5.
| run | binary_cut | kmeans | pam | dynamicTreeCut | mclust | apcluster | hdbscan | fast_greedy | louvain | walktrap | MCL | Details |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 149 (4) | 27 (17) | 50 (26) | 41 (41) | 2 (2) | 125 (20) | 3 (3) | 130 (26) | 102 (25) | 106 (3) | 348 (7) | view |
| 2 | 338 (5) | 22 (17) | 2 (2) | 41 (41) | 3 (3) | 116 (25) | 3 (3) | 140 (23) | 107 (27) | 111 (2) | 341 (8) | view |
| 3 | 376 (4) | 25 (15) | 49 (24) | 41 (41) | 2 (2) | 115 (23) | 3 (3) | 126 (24) | 95 (29) | 103 (1) | 357 (5) | view |
| 4 | 353 (8) | 29 (15) | 50 (26) | 40 (40) | 2 (2) | 117 (20) | 4 (4) | 132 (27) | 99 (28) | 4 (1) | 352 (7) | view |
| 5 | 356 (5) | 34 (20) | 50 (20) | 38 (38) | 4 (3) | 115 (29) | 3 (3) | 125 (25) | 97 (31) | 139 (1) | 343 (4) | view |
| 6 | 29 (5) | 36 (18) | 50 (25) | 45 (45) | 2 (2) | 115 (19) | 3 (3) | 143 (26) | 116 (28) | 117 (2) | 355 (6) | view |
| 7 | 363 (7) | 31 (18) | 50 (28) | 42 (42) | 3 (3) | 122 (30) | 4 (4) | 115 (28) | 91 (27) | 87 (1) | 363 (7) | view |
| 8 | 326 (6) | 41 (25) | 50 (26) | 41 (41) | 4 (4) | 124 (19) | 3 (3) | 123 (27) | 104 (26) | 114 (1) | 341 (9) | view |
| 9 | 370 (6) | 41 (21) | 50 (23) | 41 (40) | 2 (2) | 116 (29) | 3 (3) | 123 (27) | 93 (28) | 83 (1) | 363 (3) | view |
| 10 | 333 (5) | 40 (21) | 50 (25) | 39 (38) | 4 (3) | 116 (19) | 3 (3) | 152 (26) | 104 (27) | 2 (1) | 353 (6) | view |
| 11 | 189 (11) | 30 (21) | 50 (28) | 41 (41) | 3 (3) | 110 (25) | 3 (3) | 139 (25) | 104 (24) | 100 (1) | 355 (7) | view |
| 12 | 333 (3) | 39 (19) | 2 (2) | 37 (37) | 4 (3) | 111 (27) | 4 (4) | 127 (27) | 110 (30) | 110 (1) | 362 (6) | view |
| 13 | 347 (7) | 40 (24) | 49 (28) | 44 (44) | 5 (4) | 116 (28) | 3 (3) | 103 (25) | 86 (26) | 78 (3) | 342 (4) | view |
| 14 | 365 (6) | 36 (21) | 50 (22) | 40 (40) | 2 (2) | 114 (23) | 3 (3) | 153 (22) | 112 (22) | 130 (2) | 365 (8) | view |
| 15 | 370 (5) | 30 (18) | 50 (19) | 42 (41) | 3 (2) | 115 (19) | 3 (3) | 156 (23) | 118 (26) | 146 (1) | 360 (7) | view |
| 16 | 334 (5) | 37 (21) | 2 (2) | 45 (45) | 2 (2) | 119 (24) | 3 (3) | 107 (25) | 80 (29) | 127 (3) | 337 (5) | view |
| 17 | 112 (6) | 31 (17) | 47 (21) | 38 (37) | 12 (7) | 117 (23) | 3 (3) | 136 (30) | 116 (29) | 126 (1) | 369 (5) | view |
| 18 | 370 (7) | 33 (26) | 50 (31) | 48 (48) | 4 (4) | 106 (30) | 3 (3) | 127 (25) | 95 (25) | 133 (2) | 349 (9) | view |
| 19 | 19 (5) | 38 (19) | 2 (2) | 42 (42) | 3 (3) | 114 (23) | 3 (3) | 129 (28) | 103 (32) | 140 (3) | 368 (5) | view |
| 20 | 16 (6) | 34 (23) | 49 (26) | 43 (42) | 2 (2) | 120 (25) | 3 (3) | 129 (27) | 103 (30) | 113 (1) | 362 (5) | view |
| 21 | 346 (8) | 31 (18) | 50 (25) | 40 (40) | 2 (2) | 120 (20) | 3 (3) | 136 (26) | 112 (33) | 110 (1) | 356 (5) | view |
| 22 | 338 (6) | 39 (20) | 4 (3) | 45 (45) | 12 (7) | 120 (26) | 3 (3) | 119 (24) | 101 (27) | 117 (1) | 342 (4) | view |
| 23 | 350 (7) | 39 (21) | 50 (26) | 40 (39) | 5 (4) | 113 (27) | 3 (3) | 133 (25) | 99 (29) | 8 (1) | 382 (5) | view |
| 24 | 305 (8) | 46 (23) | 50 (29) | 39 (38) | 3 (2) | 130 (11) | 3 (3) | 124 (30) | 103 (31) | 102 (1) | 359 (2) | view |
| 25 | 310 (4) | 26 (17) | 2 (2) | 39 (39) | 21 (11) | 128 (22) | 3 (3) | 123 (24) | 104 (31) | 104 (1) | 353 (2) | view |
| 26 | 327 (6) | 41 (24) | 49 (25) | 39 (39) | 4 (4) | 122 (25) | 3 (3) | 136 (25) | 111 (28) | 115 (2) | 355 (10) | view |
| 27 | 336 (10) | 28 (18) | 50 (28) | 43 (43) | 2 (2) | 118 (22) | 3 (3) | 116 (28) | 92 (31) | 123 (3) | 345 (6) | view |
| 28 | 362 (6) | 41 (20) | 50 (23) | 41 (41) | 2 (2) | 118 (23) | 3 (3) | 132 (23) | 102 (27) | 107 (1) | 363 (5) | view |
| 29 | 350 (5) | 26 (17) | 48 (24) | 41 (40) | 10 (7) | 115 (23) | 3 (3) | 136 (24) | 102 (27) | 122 (1) | 357 (9) | view |
| 30 | 327 (5) | 40 (19) | 2 (2) | 38 (38) | 5 (5) | 122 (19) | 4 (4) | 122 (25) | 92 (27) | 83 (1) | 353 (4) | view |
| 31 | 353 (6) | 45 (24) | 3 (2) | 45 (44) | 5 (4) | 120 (20) | 3 (3) | 131 (27) | 103 (29) | 120 (1) | 361 (5) | view |
| 32 | 307 (6) | 33 (22) | 50 (24) | 46 (45) | 4 (2) | 116 (26) | 3 (3) | 115 (25) | 95 (27) | 121 (1) | 337 (8) | view |
| 33 | 349 (6) | 33 (16) | 50 (21) | 40 (40) | 5 (4) | 117 (25) | 3 (3) | 131 (24) | 91 (29) | 120 (2) | 354 (5) | view |
| 34 | 29 (5) | 43 (29) | 50 (32) | 48 (47) | 6 (5) | 116 (31) | 3 (3) | 116 (29) | 90 (29) | 4 (1) | 364 (4) | view |
| 35 | 348 (5) | 45 (24) | 50 (26) | 42 (42) | 3 (3) | 113 (24) | 3 (3) | 130 (24) | 96 (24) | 98 (2) | 354 (6) | view |
| 36 | 360 (4) | 32 (20) | 48 (24) | 44 (44) | 3 (3) | 117 (22) | 3 (3) | 127 (25) | 100 (24) | 137 (1) | 354 (9) | view |
| 37 | 83 (8) | 29 (18) | 47 (25) | 41 (40) | 2 (2) | 116 (23) | 3 (3) | 136 (23) | 101 (26) | 144 (1) | 370 (7) | view |
| 38 | 325 (9) | 35 (25) | 4 (3) | 41 (41) | 9 (8) | 114 (27) | 13 (13) | 124 (27) | 93 (27) | 141 (1) | 352 (7) | view |
| 39 | 366 (4) | 31 (20) | 2 (2) | 42 (42) | 3 (3) | 114 (24) | 4 (4) | 157 (23) | 128 (27) | 12 (1) | 379 (4) | view |
| 40 | 327 (5) | 37 (20) | 50 (29) | 36 (35) | 2 (2) | 117 (23) | 3 (3) | 140 (24) | 114 (29) | 19 (1) | 364 (7) | view |
| 41 | 328 (7) | 37 (27) | 50 (26) | 42 (42) | 4 (4) | 113 (31) | 4 (4) | 120 (29) | 96 (28) | 154 (3) | 344 (6) | view |
| 42 | 329 (9) | 43 (23) | 3 (3) | 44 (44) | 3 (3) | 119 (20) | 3 (3) | 123 (22) | 89 (29) | 83 (1) | 355 (6) | view |
| 43 | 303 (7) | 42 (20) | 3 (3) | 39 (39) | 5 (5) | 119 (25) | 9 (9) | 115 (30) | 97 (28) | 120 (2) | 348 (4) | view |
| 44 | 334 (5) | 42 (23) | 4 (4) | 40 (40) | 3 (2) | 122 (24) | 3 (3) | 130 (23) | 103 (31) | 104 (1) | 349 (6) | view |
| 45 | 336 (10) | 35 (21) | 50 (24) | 42 (42) | 2 (2) | 115 (29) | 3 (3) | 141 (22) | 109 (29) | 124 (1) | 354 (6) | view |
| 46 | 367 (6) | 48 (21) | 50 (19) | 43 (42) | 1 (1) | 116 (25) | 3 (3) | 146 (27) | 111 (34) | 113 (1) | 388 (4) | view |
| 47 | 349 (5) | 49 (27) | 50 (23) | 41 (41) | 2 (2) | 122 (20) | 3 (3) | 115 (25) | 88 (29) | 86 (1) | 346 (8) | view |
| 48 | 361 (6) | 33 (22) | 2 (1) | 46 (45) | 4 (3) | 112 (23) | 4 (4) | 125 (28) | 95 (29) | 87 (2) | 360 (9) | view |
| 49 | 361 (4) | 27 (17) | 50 (24) | 33 (33) | 2 (2) | 115 (23) | 3 (3) | 127 (28) | 115 (27) | 23 (1) | 362 (3) | view |
| 50 | 73 (6) | 40 (22) | 2 (2) | 40 (40) | 4 (4) | 116 (22) | 3 (3) | 130 (29) | 101 (30) | 6 (1) | 362 (5) | view |
| 51 | 337 (5) | 27 (16) | 2 (2) | 42 (42) | 2 (2) | 124 (26) | 3 (3) | 112 (27) | 88 (29) | 100 (2) | 358 (5) | view |
| 52 | 315 (4) | 52 (22) | 50 (18) | 42 (42) | 2 (2) | 126 (18) | 3 (3) | 142 (30) | 103 (32) | 128 (1) | 377 (6) | view |
| 53 | 346 (4) | 47 (21) | 49 (22) | 39 (39) | 4 (3) | 117 (23) | 3 (3) | 141 (26) | 105 (27) | 154 (3) | 357 (4) | view |
| 54 | 344 (5) | 41 (19) | 50 (25) | 40 (40) | 3 (3) | 120 (21) | 4 (4) | 142 (25) | 99 (27) | 6 (1) | 363 (6) | view |
| 55 | 33 (4) | 46 (20) | 50 (22) | 38 (38) | 3 (2) | 127 (24) | 3 (3) | 126 (26) | 96 (31) | 101 (1) | 366 (2) | view |
| 56 | 360 (4) | 38 (26) | 50 (26) | 41 (41) | 2 (2) | 121 (20) | 3 (3) | 138 (25) | 107 (28) | 7 (1) | 359 (7) | view |
| 57 | 361 (8) | 28 (20) | 50 (29) | 38 (37) | 7 (5) | 119 (22) | 3 (3) | 142 (23) | 103 (29) | 137 (1) | 359 (6) | view |
| 58 | 128 (8) | 33 (24) | 50 (29) | 37 (37) | 4 (4) | 114 (21) | 3 (3) | 127 (24) | 100 (27) | 6 (1) | 350 (6) | view |
| 59 | 346 (6) | 54 (25) | 50 (28) | 40 (40) | 2 (2) | 120 (24) | 4 (4) | 116 (30) | 91 (31) | 9 (1) | 360 (5) | view |
| 60 | 313 (7) | 48 (24) | 39 (18) | 40 (40) | 2 (2) | 116 (25) | 3 (3) | 127 (24) | 95 (25) | 126 (3) | 344 (4) | view |
| 61 | 357 (5) | 38 (22) | 50 (19) | 39 (39) | 8 (4) | 117 (22) | 4 (4) | 126 (29) | 97 (30) | 112 (1) | 366 (9) | view |
| 62 | 97 (11) | 28 (15) | 50 (28) | 41 (40) | 2 (2) | 115 (28) | 3 (3) | 118 (27) | 97 (31) | 100 (2) | 356 (7) | view |
| 63 | 358 (6) | 34 (21) | 50 (25) | 41 (41) | 21 (13) | 121 (20) | 3 (3) | 126 (24) | 94 (27) | 97 (1) | 348 (6) | view |
| 64 | 107 (7) | 44 (28) | 50 (29) | 37 (37) | 3 (3) | 118 (29) | 3 (3) | 126 (25) | 99 (28) | 95 (2) | 368 (4) | view |
| 65 | 342 (8) | 35 (22) | 50 (27) | 41 (41) | 2 (2) | 108 (29) | 3 (3) | 143 (23) | 118 (28) | 137 (2) | 365 (7) | view |
| 66 | 343 (6) | 37 (21) | 50 (24) | 39 (39) | 2 (2) | 118 (24) | 3 (3) | 141 (22) | 100 (25) | 9 (1) | 345 (6) | view |
| 67 | 343 (8) | 35 (23) | 2 (2) | 42 (42) | 2 (2) | 118 (24) | 3 (3) | 120 (26) | 88 (32) | 117 (2) | 362 (4) | view |
| 68 | 332 (7) | 24 (14) | 50 (22) | 32 (31) | 8 (6) | 116 (27) | 3 (3) | 136 (25) | 106 (28) | 107 (2) | 363 (8) | view |
| 69 | 341 (6) | 39 (25) | 4 (4) | 39 (39) | 4 (4) | 124 (20) | 3 (3) | 109 (27) | 96 (32) | 23 (1) | 344 (9) | view |
| 70 | 6 (4) | 34 (23) | 49 (22) | 41 (41) | 2 (2) | 122 (23) | 3 (3) | 121 (32) | 87 (32) | 105 (3) | 353 (4) | view |
| 71 | 160 (5) | 41 (21) | 50 (24) | 42 (42) | 2 (2) | 121 (25) | 3 (3) | 122 (28) | 93 (31) | 135 (1) | 356 (4) | view |
| 72 | 338 (5) | 38 (21) | 50 (24) | 42 (41) | 6 (4) | 120 (20) | 3 (3) | 117 (32) | 89 (29) | 94 (2) | 349 (8) | view |
| 73 | 355 (3) | 29 (17) | 50 (24) | 38 (38) | 2 (2) | 119 (21) | 4 (4) | 134 (22) | 96 (28) | 109 (1) | 353 (5) | view |
| 74 | 369 (6) | 30 (19) | 4 (4) | 43 (43) | 4 (4) | 108 (33) | 3 (3) | 122 (26) | 102 (29) | 2 (1) | 367 (6) | view |
| 75 | 8 (6) | 33 (22) | 50 (27) | 39 (38) | 2 (2) | 114 (29) | 4 (4) | 137 (30) | 108 (30) | 128 (2) | 368 (7) | view |
| 76 | 110 (7) | 26 (19) | 2 (2) | 45 (45) | 2 (2) | 116 (23) | 3 (3) | 127 (24) | 93 (27) | 116 (2) | 350 (4) | view |
| 77 | 72 (4) | 34 (23) | 50 (25) | 37 (36) | 2 (2) | 114 (20) | 3 (3) | 141 (18) | 116 (24) | 146 (1) | 348 (5) | view |
| 78 | 334 (10) | 17 (11) | 5 (4) | 39 (39) | 7 (5) | 111 (25) | 3 (3) | 126 (26) | 98 (26) | 108 (1) | 358 (6) | view |
| 79 | 311 (7) | 36 (20) | 2 (2) | 33 (33) | 6 (5) | 111 (19) | 3 (3) | 144 (24) | 118 (26) | 170 (1) | 349 (5) | view |
| 80 | 93 (10) | 35 (20) | 4 (3) | 40 (39) | 5 (4) | 106 (26) | 3 (3) | 142 (22) | 110 (28) | 160 (2) | 356 (4) | view |
| 81 | 93 (6) | 42 (23) | 50 (24) | 38 (38) | 2 (2) | 114 (24) | 5 (5) | 140 (26) | 101 (30) | 2 (1) | 368 (6) | view |
| 82 | 343 (3) | 29 (17) | 50 (25) | 41 (40) | 4 (3) | 115 (32) | 3 (3) | 124 (29) | 96 (30) | 131 (4) | 357 (4) | view |
| 83 | 351 (8) | 36 (18) | 49 (24) | 45 (45) | 6 (5) | 117 (23) | 4 (4) | 130 (23) | 100 (28) | 118 (1) | 359 (9) | view |
| 84 | 29 (5) | 40 (22) | 50 (26) | 46 (46) | 6 (5) | 120 (23) | 3 (3) | 117 (26) | 99 (35) | 8 (1) | 364 (6) | view |
| 85 | 354 (4) | 41 (24) | 50 (27) | 45 (45) | 2 (2) | 118 (25) | 3 (3) | 121 (23) | 85 (29) | 13 (1) | 349 (7) | view |
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