Figure 1.Compare clustering results. Left panel: The difference score, number of clusters and the block mean of different clusterings. Right panel: Concordance between clustering methods. The concordance measures how similar two clusterings are. The definition of the concordance score can be found here.
Table 1.Number of clusters identified by each clustering method. Numbers in the table indicate the number of clusters. The numbers inside the parentheses are the number of clusters with size >= 5.
| run | binary_cut | kmeans | pam | dynamicTreeCut | mclust | apcluster | hdbscan | fast_greedy | louvain | walktrap | MCL | Details |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 406 (6) | 46 (22) | 50 (26) | 43 (42) | 1 (1) | 125 (21) | 3 (3) | 150 (33) | 126 (34) | 19 (1) | 449 (0) | view |
| 2 | 402 (4) | 48 (26) | 49 (22) | 37 (36) | 2 (2) | 120 (26) | 3 (3) | 156 (25) | 130 (30) | 137 (1) | 430 (3) | view |
| 3 | 398 (4) | 36 (19) | 50 (24) | 39 (38) | 2 (2) | 119 (26) | 3 (3) | 146 (33) | 126 (36) | 11 (1) | 447 (2) | view |
| 4 | 359 (6) | 36 (20) | 2 (2) | 40 (40) | 1 (1) | 126 (18) | 3 (3) | 155 (28) | 121 (34) | 4 (1) | 438 (1) | view |
| 5 | 379 (4) | 36 (17) | 49 (21) | 37 (36) | 1 (1) | 120 (32) | 3 (3) | 140 (30) | 119 (35) | 3 (1) | 428 (1) | view |
| 6 | 400 (3) | 37 (16) | 50 (25) | 38 (38) | 3 (2) | 117 (28) | 3 (3) | 159 (30) | 134 (32) | 4 (1) | 433 (2) | view |
| 7 | 338 (4) | 36 (17) | 50 (24) | 44 (43) | 1 (1) | 125 (35) | 3 (3) | 133 (31) | 118 (35) | 6 (1) | 437 (1) | view |
| 8 | 382 (4) | 27 (15) | 50 (27) | 43 (42) | 1 (1) | 128 (19) | 3 (3) | 144 (33) | 124 (36) | 5 (1) | 439 (4) | view |
| 9 | 393 (5) | 40 (21) | 2 (1) | 40 (39) | 3 (2) | 117 (28) | 3 (3) | 142 (34) | 113 (38) | 5 (1) | 438 (2) | view |
| 10 | 400 (4) | 36 (15) | 48 (24) | 37 (36) | 1 (1) | 119 (18) | 3 (3) | 171 (23) | 143 (30) | 2 (1) | 448 (1) | view |
| 11 | 416 (7) | 32 (18) | 2 (2) | 35 (35) | 1 (1) | 117 (29) | 4 (4) | 157 (26) | 130 (32) | 3 (1) | 435 (3) | view |
| 12 | 44 (2) | 30 (14) | 4 (2) | 38 (37) | 3 (2) | 114 (25) | 3 (3) | 155 (30) | 134 (34) | 8 (1) | 437 (2) | view |
| 13 | 393 (4) | 39 (17) | 50 (23) | 44 (43) | 2 (2) | 122 (25) | 3 (3) | 127 (31) | 103 (36) | 92 (3) | 422 (2) | view |
| 14 | 68 (4) | 33 (16) | 50 (22) | 37 (37) | 1 (1) | 122 (26) | 3 (3) | 171 (23) | 134 (31) | 23 (1) | 447 (0) | view |
| 15 | 379 (2) | 44 (17) | 2 (1) | 36 (35) | 4 (2) | 118 (24) | 3 (3) | 172 (27) | 145 (34) | 21 (1) | 432 (1) | view |
| 16 | 339 (5) | 33 (17) | 2 (2) | 47 (46) | 2 (2) | 126 (24) | 3 (3) | 126 (31) | 99 (32) | 68 (1) | 430 (1) | view |
| 17 | 141 (3) | 32 (15) | 2 (1) | 39 (39) | 1 (1) | 122 (24) | 3 (3) | 157 (32) | 137 (36) | 20 (1) | 455 (0) | view |
| 18 | 385 (5) | 41 (19) | 50 (29) | 43 (42) | 1 (1) | 116 (27) | 5 (5) | 144 (32) | 118 (34) | 9 (1) | 435 (1) | view |
| 19 | 383 (5) | 41 (17) | 2 (2) | 38 (37) | 2 (2) | 117 (25) | 3 (3) | 149 (40) | 129 (40) | 14 (1) | 438 (1) | view |
| 20 | 376 (4) | 38 (20) | 2 (1) | 41 (40) | 1 (1) | 121 (24) | 3 (3) | 147 (33) | 126 (30) | 19 (1) | 453 (1) | view |
| 21 | 391 (5) | 33 (16) | 2 (1) | 35 (34) | 15 (5) | 124 (19) | 3 (3) | 156 (32) | 137 (37) | 8 (1) | 446 (1) | view |
| 22 | 430 (3) | 28 (16) | 50 (26) | 37 (36) | 4 (3) | 130 (25) | 3 (3) | 143 (32) | 119 (35) | 11 (1) | 442 (3) | view |
| 23 | 409 (6) | 38 (17) | 50 (23) | 39 (38) | 9 (6) | 113 (29) | 3 (3) | 156 (28) | 130 (36) | 8 (1) | 454 (1) | view |
| 24 | 400 (3) | 24 (11) | 2 (1) | 34 (33) | 3 (2) | 132 (18) | 3 (3) | 145 (32) | 126 (33) | 17 (1) | 442 (0) | view |
| 25 | 402 (3) | 28 (17) | 50 (26) | 35 (34) | 14 (5) | 130 (20) | 3 (3) | 145 (32) | 127 (37) | 1 (1) | 445 (1) | view |
| 26 | 415 (3) | 39 (18) | 2 (2) | 40 (40) | 5 (3) | 132 (20) | 3 (3) | 153 (30) | 130 (33) | 6 (1) | 436 (3) | view |
| 27 | 222 (5) | 36 (19) | 50 (25) | 42 (41) | 1 (1) | 125 (25) | 3 (3) | 140 (30) | 119 (37) | 5 (1) | 442 (2) | view |
| 28 | 383 (4) | 45 (21) | 50 (22) | 35 (34) | 1 (1) | 123 (24) | 3 (3) | 155 (27) | 131 (29) | 9 (1) | 438 (1) | view |
| 29 | 385 (3) | 30 (14) | 50 (24) | 44 (43) | 1 (1) | 117 (23) | 3 (3) | 160 (28) | 135 (33) | 10 (1) | 428 (2) | view |
| 30 | 373 (3) | 26 (13) | 50 (24) | 32 (32) | 1 (1) | 121 (26) | 3 (3) | 136 (33) | 113 (33) | 82 (1) | 442 (1) | view |
| 31 | 370 (4) | 37 (15) | 2 (1) | 44 (43) | 4 (2) | 126 (23) | 3 (3) | 152 (30) | 131 (36) | 7 (1) | 438 (3) | view |
| 32 | 404 (6) | 25 (13) | 2 (1) | 41 (40) | 4 (2) | 125 (23) | 3 (3) | 148 (27) | 118 (32) | 7 (1) | 429 (3) | view |
| 33 | 386 (4) | 31 (18) | 50 (21) | 41 (40) | 15 (8) | 120 (27) | 3 (3) | 144 (29) | 123 (36) | 130 (2) | 433 (2) | view |
| 34 | 406 (4) | 36 (19) | 50 (29) | 42 (41) | 1 (1) | 122 (31) | 3 (3) | 132 (36) | 107 (35) | 4 (1) | 444 (2) | view |
| 35 | 395 (7) | 41 (21) | 50 (29) | 41 (40) | 1 (1) | 119 (22) | 3 (3) | 145 (30) | 126 (34) | 99 (2) | 434 (0) | view |
| 36 | 359 (5) | 27 (16) | 50 (26) | 42 (41) | 15 (8) | 120 (23) | 3 (3) | 141 (34) | 127 (31) | 7 (1) | 434 (1) | view |
| 37 | 226 (4) | 35 (17) | 2 (1) | 41 (40) | 3 (2) | 115 (23) | 3 (3) | 159 (28) | 126 (31) | 3 (1) | 446 (0) | view |
| 38 | 405 (8) | 43 (21) | 2 (1) | 44 (43) | 4 (3) | 116 (27) | 3 (3) | 139 (34) | 121 (32) | 4 (1) | 428 (2) | view |
| 39 | 385 (4) | 34 (15) | 2 (2) | 45 (44) | 2 (2) | 117 (27) | 3 (3) | 170 (31) | 146 (33) | 12 (1) | 456 (1) | view |
| 40 | 392 (6) | 44 (23) | 4 (1) | 40 (39) | 1 (1) | 117 (23) | 3 (3) | 160 (32) | 144 (34) | 19 (1) | 456 (0) | view |
| 41 | 401 (4) | 34 (16) | 2 (2) | 42 (42) | 2 (2) | 114 (31) | 3 (3) | 138 (34) | 122 (34) | 10 (1) | 431 (3) | view |
| 42 | 160 (7) | 33 (20) | 49 (26) | 48 (47) | 2 (2) | 121 (24) | 3 (3) | 140 (31) | 116 (32) | 8 (1) | 436 (2) | view |
| 43 | 348 (6) | 39 (20) | 50 (27) | 34 (34) | 3 (3) | 118 (24) | 4 (4) | 138 (33) | 118 (36) | 2 (1) | 432 (2) | view |
| 44 | 41 (3) | 33 (17) | 50 (28) | 35 (34) | 11 (8) | 123 (22) | 3 (3) | 144 (30) | 121 (34) | 8 (1) | 448 (1) | view |
| 45 | 380 (3) | 47 (21) | 50 (22) | 36 (35) | 1 (1) | 119 (25) | 3 (3) | 150 (28) | 127 (30) | 12 (1) | 447 (0) | view |
| 46 | 411 (2) | 43 (18) | 50 (21) | 38 (37) | 2 (2) | 122 (28) | 3 (3) | 167 (32) | 138 (38) | 1 (1) | 446 (0) | view |
| 47 | 36 (4) | 40 (20) | 50 (23) | 36 (35) | 1 (1) | 131 (22) | 3 (3) | 139 (36) | 115 (35) | 8 (1) | 439 (1) | view |
| 48 | 397 (4) | 29 (19) | 2 (1) | 42 (41) | 2 (1) | 122 (22) | 3 (3) | 139 (34) | 120 (36) | 9 (1) | 438 (2) | view |
| 49 | 396 (3) | 38 (20) | 49 (25) | 38 (38) | 3 (2) | 123 (18) | 3 (3) | 153 (30) | 130 (34) | 23 (1) | 447 (1) | view |
| 50 | 401 (2) | 34 (16) | 50 (21) | 37 (36) | 1 (1) | 121 (19) | 3 (3) | 146 (33) | 124 (35) | 6 (1) | 441 (1) | view |
| 51 | 414 (4) | 40 (21) | 50 (28) | 42 (41) | 12 (8) | 129 (23) | 3 (3) | 132 (36) | 110 (36) | 2 (1) | 438 (1) | view |
| 52 | 48 (2) | 47 (17) | 3 (1) | 40 (39) | 1 (1) | 132 (18) | 3 (3) | 168 (29) | 136 (34) | 1 (1) | 446 (0) | view |
| 53 | 400 (4) | 34 (13) | 2 (1) | 42 (41) | 3 (2) | 125 (26) | 3 (3) | 148 (32) | 128 (37) | 13 (1) | 434 (1) | view |
| 54 | 169 (5) | 40 (18) | 50 (25) | 39 (38) | 1 (1) | 127 (21) | 3 (3) | 158 (28) | 128 (33) | 6 (1) | 438 (3) | view |
| 55 | 415 (2) | 47 (17) | 49 (23) | 36 (36) | 11 (8) | 130 (22) | 3 (3) | 149 (35) | 125 (39) | 6 (1) | 436 (1) | view |
| 56 | 413 (4) | 35 (20) | 50 (25) | 40 (40) | 1 (1) | 122 (20) | 3 (3) | 161 (29) | 133 (30) | 7 (1) | 448 (2) | view |
| 57 | 388 (5) | 35 (18) | 2 (1) | 32 (31) | 4 (2) | 123 (23) | 3 (3) | 158 (29) | 128 (32) | 17 (1) | 442 (1) | view |
| 58 | 387 (3) | 33 (21) | 50 (31) | 41 (40) | 1 (1) | 116 (22) | 3 (3) | 150 (28) | 121 (27) | 6 (1) | 444 (2) | view |
| 59 | 424 (3) | 25 (15) | 50 (27) | 46 (45) | 1 (1) | 125 (21) | 3 (3) | 139 (33) | 117 (37) | 9 (1) | 452 (0) | view |
| 60 | 381 (4) | 44 (21) | 50 (23) | 34 (34) | 2 (2) | 123 (22) | 3 (3) | 147 (29) | 123 (31) | 9 (1) | 435 (1) | view |
| 61 | 385 (4) | 25 (12) | 2 (1) | 39 (38) | 18 (7) | 127 (23) | 3 (3) | 149 (31) | 115 (34) | 17 (1) | 434 (2) | view |
| 62 | 423 (4) | 36 (16) | 2 (1) | 44 (43) | 6 (4) | 114 (30) | 3 (3) | 137 (31) | 115 (36) | 4 (1) | 443 (2) | view |
| 63 | 371 (6) | 39 (16) | 50 (23) | 40 (39) | 16 (10) | 122 (21) | 3 (3) | 154 (29) | 120 (33) | 7 (1) | 434 (3) | view |
| 64 | 116 (6) | 20 (11) | 49 (24) | 41 (40) | 3 (2) | 120 (32) | 3 (3) | 147 (28) | 121 (31) | 15 (1) | 441 (3) | view |
| 65 | 416 (4) | 48 (24) | 50 (26) | 42 (41) | 1 (1) | 117 (29) | 3 (3) | 155 (29) | 136 (31) | 22 (1) | 449 (1) | view |
| 66 | 380 (5) | 34 (21) | 50 (24) | 39 (39) | 1 (1) | 126 (27) | 3 (3) | 154 (28) | 118 (30) | 9 (1) | 428 (2) | view |
| 67 | 413 (2) | 43 (19) | 50 (22) | 43 (42) | 10 (6) | 118 (24) | 3 (3) | 143 (33) | 109 (34) | 2 (1) | 437 (1) | view |
| 68 | 358 (3) | 30 (13) | 2 (1) | 37 (36) | 2 (1) | 117 (27) | 3 (3) | 152 (31) | 127 (34) | 10 (1) | 447 (0) | view |
| 69 | 389 (5) | 38 (16) | 50 (27) | 38 (38) | 1 (1) | 129 (17) | 3 (3) | 140 (30) | 115 (34) | 23 (1) | 425 (4) | view |
| 70 | 385 (2) | 43 (21) | 50 (20) | 38 (37) | 1 (1) | 124 (26) | 3 (3) | 135 (34) | 112 (35) | 12 (1) | 442 (1) | view |
| 71 | 410 (2) | 35 (13) | 50 (25) | 40 (39) | 2 (2) | 128 (26) | 3 (3) | 148 (30) | 114 (35) | 1 (1) | 447 (1) | view |
| 72 | 54 (6) | 23 (14) | 2 (1) | 43 (42) | 3 (2) | 120 (26) | 3 (3) | 133 (40) | 115 (40) | 8 (1) | 435 (1) | view |
| 73 | 78 (4) | 41 (20) | 50 (25) | 43 (42) | 1 (1) | 122 (26) | 3 (3) | 156 (32) | 123 (35) | 16 (1) | 440 (2) | view |
| 74 | 406 (9) | 25 (17) | 2 (2) | 45 (45) | 3 (3) | 113 (28) | 3 (3) | 150 (32) | 120 (36) | 2 (1) | 447 (2) | view |
| 75 | 408 (2) | 39 (21) | 50 (28) | 39 (38) | 1 (1) | 121 (24) | 3 (3) | 148 (33) | 127 (36) | 5 (1) | 464 (0) | view |
| 76 | 397 (4) | 36 (20) | 2 (2) | 39 (39) | 2 (2) | 122 (22) | 3 (3) | 143 (30) | 127 (29) | 1 (1) | 444 (1) | view |
| 77 | 387 (2) | 35 (18) | 48 (23) | 39 (38) | 11 (5) | 124 (22) | 3 (3) | 161 (24) | 135 (30) | 147 (1) | 446 (0) | view |
| 78 | 399 (4) | 40 (17) | 50 (25) | 36 (35) | 4 (3) | 115 (26) | 3 (3) | 151 (29) | 131 (32) | 4 (1) | 427 (4) | view |
| 79 | 328 (8) | 38 (16) | 50 (22) | 35 (34) | 17 (9) | 121 (24) | 3 (3) | 172 (30) | 149 (27) | 11 (1) | 429 (3) | view |
| 80 | 393 (4) | 44 (17) | 50 (23) | 38 (37) | 3 (2) | 112 (23) | 3 (3) | 163 (30) | 138 (33) | 10 (1) | 434 (2) | view |
| 81 | 422 (1) | 48 (23) | 50 (26) | 36 (35) | 11 (6) | 116 (24) | 4 (4) | 166 (31) | 129 (30) | 2 (1) | 455 (0) | view |
| 82 | 409 (3) | 40 (20) | 2 (1) | 42 (41) | 2 (2) | 127 (20) | 3 (3) | 149 (34) | 123 (38) | 1 (1) | 440 (1) | view |
| 83 | 388 (5) | 30 (16) | 7 (2) | 41 (40) | 1 (1) | 121 (25) | 3 (3) | 155 (29) | 119 (32) | 17 (1) | 444 (1) | view |
| 84 | 410 (4) | 40 (18) | 3 (2) | 43 (43) | 3 (1) | 124 (22) | 3 (3) | 142 (31) | 122 (38) | 8 (1) | 443 (2) | view |
| 85 | 412 (3) | 37 (18) | 50 (23) | 42 (41) | 1 (1) | 122 (28) | 3 (3) | 147 (29) | 114 (34) | 13 (1) | 435 (1) | view |
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