Figure 1.Compare clustering results. Left panel: The difference score, number of clusters and the block mean of different clusterings. Right panel: Concordance between clustering methods. The concordance measures how similar two clusterings are. The definition of the concordance score can be found here.
Table 1.Number of clusters identified by each clustering method. Numbers in the table indicate the number of clusters. The numbers inside the parentheses are the number of clusters with size >= 5.
| run | binary_cut | kmeans | pam | dynamicTreeCut | mclust | apcluster | hdbscan | fast_greedy | louvain | walktrap | MCL | Details |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 59 (8) | 33 (18) | 50 (24) | 40 (39) | 2 (2) | 129 (15) | 3 (3) | 143 (22) | 103 (28) | 105 (2) | 372 (5) | view |
| 2 | 365 (5) | 44 (23) | 50 (25) | 39 (39) | 3 (3) | 117 (26) | 3 (3) | 137 (25) | 106 (28) | 113 (2) | 354 (9) | view |
| 3 | 39 (4) | 42 (25) | 50 (25) | 39 (39) | 2 (2) | 115 (25) | 3 (3) | 132 (24) | 96 (30) | 11 (1) | 370 (4) | view |
| 4 | 386 (6) | 34 (19) | 2 (2) | 45 (45) | 1 (1) | 119 (19) | 4 (4) | 140 (27) | 98 (30) | 6 (1) | 372 (5) | view |
| 5 | 358 (4) | 24 (13) | 50 (21) | 42 (41) | 4 (3) | 118 (29) | 3 (3) | 122 (26) | 98 (31) | 3 (1) | 360 (3) | view |
| 6 | 359 (8) | 46 (20) | 50 (23) | 41 (40) | 2 (2) | 117 (18) | 3 (3) | 141 (26) | 114 (29) | 121 (3) | 374 (3) | view |
| 7 | 347 (6) | 39 (25) | 50 (28) | 40 (40) | 4 (4) | 122 (28) | 4 (4) | 126 (25) | 94 (28) | 73 (1) | 378 (8) | view |
| 8 | 355 (8) | 42 (26) | 49 (27) | 41 (41) | 3 (3) | 124 (21) | 3 (3) | 132 (25) | 97 (26) | 113 (1) | 360 (7) | view |
| 9 | 346 (7) | 29 (16) | 2 (2) | 46 (45) | 3 (2) | 118 (27) | 3 (3) | 127 (27) | 94 (28) | 86 (1) | 374 (4) | view |
| 10 | 363 (7) | 56 (22) | 48 (24) | 36 (35) | 3 (2) | 117 (20) | 3 (3) | 152 (25) | 107 (28) | 2 (1) | 375 (4) | view |
| 11 | 351 (9) | 33 (21) | 2 (2) | 33 (33) | 4 (4) | 113 (26) | 3 (3) | 136 (28) | 104 (30) | 100 (1) | 369 (6) | view |
| 12 | 379 (5) | 31 (18) | 2 (2) | 42 (41) | 3 (2) | 115 (21) | 3 (3) | 138 (26) | 112 (31) | 112 (1) | 382 (6) | view |
| 13 | 46 (8) | 31 (17) | 2 (2) | 45 (44) | 5 (4) | 120 (25) | 3 (3) | 108 (27) | 89 (28) | 77 (3) | 360 (4) | view |
| 14 | 49 (6) | 45 (20) | 50 (21) | 34 (34) | 1 (1) | 119 (18) | 3 (3) | 156 (19) | 113 (25) | 61 (1) | 376 (4) | view |
| 15 | 94 (8) | 36 (19) | 3 (1) | 41 (40) | 2 (1) | 116 (20) | 3 (3) | 159 (24) | 116 (30) | 22 (1) | 379 (5) | view |
| 16 | 318 (5) | 35 (20) | 50 (27) | 46 (46) | 2 (2) | 124 (21) | 3 (3) | 108 (26) | 79 (27) | 90 (1) | 350 (8) | view |
| 17 | 73 (5) | 49 (25) | 50 (27) | 37 (36) | 2 (2) | 116 (23) | 3 (3) | 140 (31) | 115 (31) | 124 (1) | 386 (2) | view |
| 18 | 89 (7) | 40 (23) | 49 (32) | 43 (43) | 4 (4) | 117 (24) | 3 (3) | 135 (25) | 95 (29) | 109 (1) | 367 (8) | view |
| 19 | 361 (6) | 52 (22) | 2 (2) | 39 (39) | 2 (2) | 118 (24) | 3 (3) | 135 (27) | 102 (34) | 14 (1) | 383 (5) | view |
| 20 | 345 (5) | 32 (17) | 49 (26) | 40 (39) | 2 (2) | 119 (26) | 3 (3) | 131 (29) | 98 (32) | 115 (1) | 377 (4) | view |
| 21 | 148 (9) | 37 (20) | 50 (23) | 40 (40) | 25 (14) | 124 (17) | 3 (3) | 136 (26) | 110 (33) | 119 (1) | 374 (6) | view |
| 22 | 380 (4) | 31 (19) | 6 (4) | 43 (43) | 10 (7) | 125 (26) | 3 (3) | 130 (22) | 99 (26) | 90 (1) | 356 (4) | view |
| 23 | 377 (7) | 36 (22) | 50 (27) | 39 (38) | 6 (5) | 113 (28) | 3 (3) | 143 (27) | 98 (32) | 8 (1) | 396 (4) | view |
| 24 | 359 (8) | 47 (26) | 2 (1) | 39 (38) | 2 (1) | 130 (13) | 3 (3) | 134 (29) | 101 (30) | 105 (1) | 371 (3) | view |
| 25 | 360 (5) | 46 (23) | 50 (26) | 39 (39) | 23 (12) | 128 (20) | 3 (3) | 127 (24) | 105 (32) | 95 (1) | 365 (2) | view |
| 26 | 362 (7) | 40 (21) | 50 (24) | 36 (36) | 2 (2) | 126 (21) | 3 (3) | 135 (25) | 112 (30) | 114 (2) | 370 (9) | view |
| 27 | 353 (9) | 34 (20) | 50 (27) | 46 (45) | 2 (2) | 123 (24) | 3 (3) | 125 (25) | 88 (30) | 126 (3) | 361 (7) | view |
| 28 | 365 (4) | 29 (16) | 50 (21) | 42 (41) | 2 (2) | 119 (24) | 3 (3) | 137 (24) | 102 (27) | 88 (1) | 377 (5) | view |
| 29 | 134 (10) | 37 (23) | 50 (26) | 39 (38) | 10 (7) | 116 (24) | 3 (3) | 140 (25) | 102 (28) | 122 (1) | 373 (8) | view |
| 30 | 362 (6) | 35 (21) | 50 (23) | 39 (39) | 3 (3) | 122 (18) | 3 (3) | 124 (30) | 91 (30) | 86 (2) | 370 (4) | view |
| 31 | 351 (7) | 39 (19) | 2 (1) | 47 (46) | 1 (1) | 120 (19) | 3 (3) | 135 (25) | 106 (31) | 8 (1) | 372 (5) | view |
| 32 | 356 (7) | 34 (22) | 49 (25) | 42 (41) | 4 (3) | 123 (21) | 3 (3) | 123 (24) | 93 (25) | 126 (2) | 361 (7) | view |
| 33 | 369 (6) | 38 (18) | 50 (21) | 43 (42) | 5 (4) | 116 (25) | 3 (3) | 130 (24) | 94 (31) | 120 (2) | 372 (5) | view |
| 34 | 355 (6) | 47 (24) | 50 (30) | 47 (46) | 3 (3) | 120 (30) | 3 (3) | 123 (30) | 89 (29) | 5 (1) | 379 (4) | view |
| 35 | 71 (9) | 38 (22) | 50 (25) | 45 (44) | 2 (2) | 117 (25) | 3 (3) | 134 (24) | 99 (30) | 98 (2) | 372 (7) | view |
| 36 | 371 (8) | 43 (25) | 3 (2) | 46 (46) | 2 (2) | 118 (27) | 3 (3) | 129 (25) | 104 (26) | 7 (1) | 372 (8) | view |
| 37 | 154 (7) | 50 (24) | 50 (25) | 45 (44) | 1 (1) | 112 (25) | 3 (3) | 140 (23) | 96 (27) | 3 (1) | 383 (4) | view |
| 38 | 79 (9) | 31 (18) | 2 (2) | 44 (43) | 9 (8) | 111 (28) | 11 (11) | 126 (27) | 96 (28) | 144 (2) | 363 (7) | view |
| 39 | 140 (4) | 28 (16) | 2 (2) | 37 (37) | 2 (2) | 115 (23) | 4 (4) | 156 (26) | 122 (28) | 13 (1) | 398 (3) | view |
| 40 | 374 (7) | 42 (22) | 2 (1) | 38 (37) | 1 (1) | 116 (22) | 3 (3) | 149 (27) | 111 (35) | 19 (1) | 378 (5) | view |
| 41 | 373 (6) | 41 (25) | 2 (2) | 42 (42) | 3 (3) | 115 (30) | 4 (4) | 118 (28) | 95 (31) | 99 (2) | 360 (6) | view |
| 42 | 373 (8) | 43 (23) | 47 (28) | 43 (43) | 3 (3) | 119 (23) | 3 (3) | 118 (27) | 96 (29) | 8 (1) | 372 (6) | view |
| 43 | 345 (10) | 40 (18) | 49 (23) | 40 (40) | 4 (4) | 114 (28) | 9 (9) | 121 (31) | 98 (29) | 2 (1) | 364 (5) | view |
| 44 | 361 (9) | 35 (22) | 50 (30) | 44 (43) | 3 (2) | 123 (21) | 3 (3) | 128 (25) | 103 (31) | 108 (1) | 378 (4) | view |
| 45 | 364 (5) | 32 (19) | 50 (22) | 44 (43) | 3 (3) | 119 (27) | 3 (3) | 141 (22) | 106 (30) | 125 (1) | 374 (4) | view |
| 46 | 391 (5) | 48 (21) | 49 (20) | 41 (40) | 1 (1) | 117 (26) | 3 (3) | 154 (29) | 114 (33) | 9 (1) | 397 (2) | view |
| 47 | 324 (8) | 49 (27) | 50 (24) | 39 (38) | 1 (1) | 127 (26) | 3 (3) | 130 (26) | 92 (29) | 87 (1) | 365 (7) | view |
| 48 | 364 (8) | 38 (23) | 2 (1) | 42 (41) | 3 (2) | 117 (24) | 4 (4) | 132 (29) | 92 (29) | 88 (2) | 371 (7) | view |
| 49 | 373 (5) | 34 (21) | 50 (24) | 38 (37) | 6 (4) | 113 (24) | 3 (3) | 131 (28) | 109 (27) | 23 (1) | 376 (5) | view |
| 50 | 370 (5) | 42 (23) | 50 (23) | 42 (42) | 1 (1) | 116 (21) | 3 (3) | 139 (26) | 100 (30) | 6 (1) | 382 (4) | view |
| 51 | 371 (3) | 27 (17) | 50 (27) | 40 (40) | 2 (2) | 126 (22) | 3 (3) | 110 (31) | 90 (30) | 101 (2) | 367 (7) | view |
| 52 | 369 (7) | 42 (22) | 50 (20) | 37 (36) | 2 (2) | 129 (17) | 3 (3) | 147 (28) | 97 (33) | 125 (1) | 390 (4) | view |
| 53 | 56 (6) | 41 (19) | 3 (2) | 41 (40) | 4 (3) | 124 (22) | 3 (3) | 146 (25) | 102 (28) | 148 (4) | 369 (3) | view |
| 54 | 352 (7) | 38 (19) | 50 (24) | 39 (38) | 3 (3) | 122 (21) | 4 (4) | 144 (24) | 102 (29) | 6 (1) | 373 (5) | view |
| 55 | 100 (10) | 33 (18) | 50 (21) | 38 (37) | 3 (2) | 128 (23) | 3 (3) | 130 (31) | 101 (33) | 102 (1) | 377 (3) | view |
| 56 | 369 (6) | 32 (20) | 50 (27) | 41 (41) | 3 (3) | 121 (21) | 3 (3) | 135 (28) | 108 (30) | 7 (1) | 374 (6) | view |
| 57 | 383 (7) | 43 (24) | 50 (29) | 40 (39) | 8 (6) | 121 (17) | 3 (3) | 146 (22) | 107 (28) | 138 (1) | 372 (5) | view |
| 58 | 346 (10) | 32 (20) | 50 (29) | 41 (41) | 2 (2) | 113 (22) | 3 (3) | 135 (26) | 99 (29) | 6 (1) | 364 (8) | view |
| 59 | 232 (6) | 39 (24) | 50 (26) | 40 (39) | 1 (1) | 125 (20) | 3 (3) | 120 (26) | 88 (34) | 9 (1) | 375 (4) | view |
| 60 | 350 (10) | 47 (23) | 50 (23) | 40 (39) | 2 (2) | 117 (27) | 3 (3) | 124 (27) | 92 (28) | 128 (3) | 359 (6) | view |
| 61 | 351 (6) | 32 (16) | 3 (2) | 43 (42) | 5 (3) | 120 (26) | 4 (4) | 132 (27) | 96 (29) | 113 (1) | 385 (7) | view |
| 62 | 118 (8) | 42 (21) | 2 (1) | 45 (44) | 5 (4) | 118 (27) | 3 (3) | 117 (25) | 95 (31) | 100 (2) | 375 (4) | view |
| 63 | 63 (7) | 38 (22) | 50 (25) | 46 (46) | 22 (12) | 120 (21) | 3 (3) | 127 (26) | 98 (27) | 98 (1) | 361 (8) | view |
| 64 | 381 (6) | 40 (26) | 50 (28) | 40 (39) | 3 (3) | 120 (31) | 4 (4) | 137 (24) | 102 (30) | 15 (1) | 382 (5) | view |
| 65 | 364 (6) | 27 (18) | 50 (27) | 42 (42) | 1 (1) | 112 (31) | 3 (3) | 145 (28) | 119 (28) | 135 (2) | 381 (5) | view |
| 66 | 345 (10) | 45 (23) | 46 (22) | 43 (42) | 2 (2) | 111 (27) | 3 (3) | 144 (24) | 99 (27) | 9 (1) | 356 (7) | view |
| 67 | 322 (5) | 53 (24) | 49 (24) | 45 (44) | 2 (2) | 120 (24) | 3 (3) | 127 (30) | 84 (32) | 114 (2) | 378 (5) | view |
| 68 | 59 (6) | 24 (15) | 2 (1) | 40 (39) | 9 (6) | 116 (27) | 3 (3) | 141 (24) | 105 (29) | 110 (2) | 376 (5) | view |
| 69 | 368 (6) | 34 (21) | 2 (2) | 42 (42) | 4 (4) | 123 (20) | 3 (3) | 114 (27) | 92 (28) | 23 (1) | 361 (5) | view |
| 70 | 342 (4) | 34 (19) | 4 (2) | 45 (44) | 3 (2) | 121 (24) | 3 (3) | 133 (28) | 93 (35) | 110 (4) | 372 (6) | view |
| 71 | 365 (3) | 39 (22) | 50 (27) | 39 (39) | 2 (2) | 118 (24) | 3 (3) | 125 (28) | 94 (32) | 130 (1) | 370 (6) | view |
| 72 | 362 (6) | 27 (19) | 2 (2) | 43 (42) | 4 (3) | 122 (22) | 3 (3) | 123 (31) | 88 (34) | 94 (2) | 365 (6) | view |
| 73 | 362 (5) | 27 (17) | 50 (25) | 43 (42) | 3 (3) | 120 (23) | 4 (4) | 135 (25) | 99 (30) | 16 (1) | 373 (5) | view |
| 74 | 89 (4) | 37 (27) | 49 (30) | 47 (47) | 4 (4) | 108 (33) | 3 (3) | 131 (26) | 102 (32) | 2 (1) | 378 (5) | view |
| 75 | 343 (8) | 35 (23) | 50 (26) | 48 (47) | 2 (2) | 113 (31) | 4 (4) | 139 (30) | 110 (32) | 131 (2) | 378 (5) | view |
| 76 | 22 (5) | 30 (20) | 50 (25) | 48 (48) | 4 (3) | 119 (21) | 3 (3) | 123 (24) | 101 (29) | 10 (1) | 361 (5) | view |
| 77 | 59 (6) | 43 (23) | 50 (27) | 41 (40) | 1 (1) | 118 (21) | 3 (3) | 148 (20) | 112 (25) | 141 (1) | 369 (5) | view |
| 78 | 17 (8) | 27 (21) | 50 (25) | 40 (39) | 8 (5) | 113 (26) | 3 (3) | 138 (24) | 96 (26) | 4 (1) | 365 (5) | view |
| 79 | 379 (4) | 33 (20) | 50 (24) | 40 (40) | 5 (4) | 111 (20) | 3 (3) | 150 (25) | 114 (29) | 168 (1) | 358 (7) | view |
| 80 | 34 (7) | 42 (24) | 50 (24) | 37 (36) | 5 (4) | 103 (24) | 3 (3) | 139 (26) | 117 (25) | 10 (1) | 382 (4) | view |
| 81 | 106 (5) | 45 (23) | 50 (24) | 40 (40) | 22 (14) | 116 (21) | 5 (5) | 152 (24) | 103 (28) | 27 (2) | 376 (4) | view |
| 82 | 75 (7) | 30 (19) | 2 (1) | 37 (36) | 3 (2) | 119 (28) | 3 (3) | 136 (24) | 96 (31) | 133 (4) | 370 (7) | view |
| 83 | 370 (7) | 32 (20) | 3 (2) | 45 (45) | 5 (4) | 117 (24) | 4 (4) | 132 (25) | 98 (32) | 17 (1) | 371 (8) | view |
| 84 | 7 (3) | 45 (22) | 2 (2) | 44 (44) | 4 (3) | 120 (25) | 3 (3) | 121 (29) | 100 (33) | 9 (1) | 378 (5) | view |
| 85 | 54 (4) | 28 (13) | 50 (26) | 44 (43) | 1 (1) | 118 (25) | 3 (3) | 138 (21) | 90 (28) | 13 (1) | 370 (6) | view |
| 86 | 2 (2) | 46 (26) | 2 (2) | 47 (47) | 2 (2) | 127 (21) | 3 (3) | 125 (25) | 80 (33) | 75 (1) | 379 (3) | view |
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| 89 | 332 (6) | 41 (18) | 2 (2) | 36 (36) | 3 (3) | 112 (27) | 3 (3) | 150 (25) | 105 (27) | 7 (1) | 378 (4) | view |
| 90 | 46 (6) | 35 (22) | 50 (26) | 41 (41) | 3 (3) | 123 (22) | 3 (3) | 146 (23) | 100 (25) | 123 (1) | 368 (5) | view |
| 91 | 132 (8) | 38 (19) | 2 (2) | 36 (36) | 2 (2) | 117 (25) | 5 (5) | 148 (25) | 104 (28) | 10 (1) | 378 (7) | view |
| 92 | 343 (4) | 29 (16) | 50 (22) | 41 (40) | 7 (5) | 122 (17) | 3 (3) | 142 (29) | 120 (33) | 110 (1) | 390 (3) | view |
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