Figure 1.Compare clustering results. Left panel: The difference score, number of clusters and the block mean of different clusterings. Right panel: Concordance between clustering methods. The concordance measures how similar two clusterings are. The definition of the concordance score can be found here.
Table 1.Number of clusters identified by each clustering method. Numbers in the table indicate the number of clusters. The numbers inside the parentheses are the number of clusters with size >= 5.
| run | binary_cut | kmeans | pam | dynamicTreeCut | mclust | apcluster | hdbscan | fast_greedy | louvain | walktrap | MCL | Details |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 150 (5) | 32 (20) | 39 (20) | 26 (25) | 2 (2) | 113 (24) | 4 (4) | 38 (9) | 30 (11) | 131 (6) | 48 (2) | view |
| 2 | 114 (10) | 31 (19) | 47 (23) | 19 (18) | 3 (2) | 95 (28) | 3 (3) | 22 (6) | 17 (10) | 110 (8) | 18 (1) | view |
| 3 | 11 (8) | 27 (20) | 2 (2) | 21 (21) | 2 (2) | 90 (28) | 3 (3) | 29 (10) | 20 (10) | 102 (5) | 31 (2) | view |
| 4 | 1 (1) | 25 (20) | 50 (22) | 10 (9) | 2 (2) | 108 (29) | 3 (3) | 16 (9) | 15 (10) | 91 (5) | 15 (1) | view |
| 5 | 129 (4) | 26 (21) | 50 (23) | 11 (10) | 2 (2) | 101 (26) | 1 (1) | 13 (9) | 11 (9) | 90 (5) | 8 (1) | view |
| 6 | 160 (9) | 25 (14) | 2 (2) | 17 (16) | 3 (2) | 101 (23) | 3 (3) | 21 (8) | 11 (8) | 100 (6) | 17 (1) | view |
| 7 | 162 (16) | 20 (13) | 2 (2) | 15 (14) | 5 (3) | 93 (32) | 1 (1) | 21 (10) | 16 (11) | 98 (7) | 18 (2) | view |
| 8 | 1 (1) | 27 (18) | 2 (2) | 19 (18) | 3 (2) | 110 (31) | 3 (3) | 17 (9) | 16 (11) | 114 (8) | 13 (1) | view |
| 9 | 125 (6) | 24 (18) | 50 (24) | 15 (14) | 2 (2) | 95 (28) | 4 (4) | 19 (11) | 15 (11) | 96 (10) | 10 (1) | view |
| 10 | 1 (1) | 27 (15) | 2 (2) | 10 (9) | 2 (2) | 101 (27) | 3 (3) | 11 (9) | 10 (9) | 95 (5) | 4 (1) | view |
| 11 | 1 (1) | 26 (19) | 2 (2) | 9 (9) | 2 (2) | 104 (25) | 1 (1) | 13 (8) | 14 (11) | 62 (3) | 5 (1) | view |
| 12 | 156 (8) | 36 (24) | 3 (3) | 32 (32) | 4 (3) | 108 (26) | 3 (3) | 22 (6) | 17 (9) | 106 (6) | 25 (1) | view |
| 13 | 199 (14) | 28 (17) | 2 (2) | 12 (11) | 3 (2) | 105 (26) | 1 (1) | 22 (7) | 23 (10) | 82 (4) | 22 (1) | view |
| 14 | 146 (9) | 26 (18) | 50 (20) | 17 (16) | 9 (3) | 100 (24) | 3 (3) | 37 (11) | 36 (14) | 123 (7) | 48 (1) | view |
| 15 | 165 (5) | 32 (23) | 46 (18) | 30 (29) | 2 (2) | 102 (28) | 1 (1) | 35 (11) | 30 (10) | 94 (6) | 52 (4) | view |
| 16 | 1 (1) | 31 (22) | 2 (2) | 7 (7) | 20 (8) | 98 (24) | 3 (3) | 10 (7) | 10 (10) | 57 (4) | 1 (1) | view |
| 17 | 118 (2) | 33 (18) | 45 (20) | 29 (28) | 2 (2) | 109 (20) | 3 (3) | 44 (11) | 36 (15) | 99 (4) | 49 (3) | view |
| 18 | 1 (1) | 32 (24) | 46 (25) | 14 (13) | 3 (2) | 105 (33) | 3 (3) | 27 (10) | 18 (10) | 100 (7) | 22 (4) | view |
| 19 | 1 (1) | 18 (13) | 2 (1) | 16 (15) | 3 (3) | 98 (22) | 3 (3) | 36 (9) | 27 (13) | 96 (6) | 34 (1) | view |
| 20 | 168 (7) | 28 (21) | 9 (4) | 18 (17) | 3 (3) | 110 (23) | 1 (1) | 44 (10) | 32 (13) | 125 (7) | 49 (2) | view |
| 21 | 146 (7) | 32 (19) | 3 (2) | 10 (9) | 3 (2) | 110 (29) | 1 (1) | 22 (7) | 22 (13) | 108 (6) | 20 (2) | view |
| 22 | 1 (1) | 31 (19) | 2 (2) | 19 (18) | 2 (2) | 99 (26) | 3 (3) | 28 (8) | 23 (9) | 130 (7) | 34 (2) | view |
| 23 | 140 (8) | 27 (17) | 2 (2) | 17 (17) | 4 (4) | 100 (25) | 1 (1) | 23 (10) | 19 (11) | 114 (4) | 29 (3) | view |
| 24 | 1 (1) | 29 (21) | 2 (2) | 39 (38) | 3 (3) | 112 (25) | 3 (3) | 37 (11) | 31 (11) | 98 (7) | 44 (1) | view |
| 25 | 1 (1) | 23 (16) | 3 (3) | 21 (21) | 3 (3) | 105 (25) | 3 (3) | 26 (5) | 11 (9) | 67 (3) | 8 (1) | view |
| 26 | 1 (1) | 27 (17) | 2 (1) | 12 (11) | 2 (2) | 99 (29) | 3 (3) | 18 (10) | 15 (10) | 73 (8) | 11 (1) | view |
| 27 | 7 (6) | 34 (23) | 2 (2) | 28 (28) | 2 (2) | 102 (25) | 3 (3) | 21 (7) | 12 (8) | 88 (5) | 22 (1) | view |
| 28 | 1 (1) | 21 (13) | 2 (2) | 11 (10) | 3 (2) | 103 (28) | 1 (1) | 24 (9) | 20 (10) | 77 (5) | 30 (2) | view |
| 29 | 106 (5) | 27 (17) | 49 (23) | 23 (22) | 3 (2) | 103 (25) | 3 (3) | 26 (12) | 20 (9) | 95 (4) | 28 (2) | view |
| 30 | 33 (12) | 22 (16) | 2 (2) | 23 (23) | 5 (2) | 94 (26) | 3 (3) | 23 (11) | 17 (10) | 87 (5) | 24 (3) | view |
| 31 | 1 (1) | 33 (20) | 2 (1) | 12 (11) | 3 (2) | 103 (33) | 3 (3) | 22 (9) | 17 (11) | 89 (9) | 17 (1) | view |
| 32 | 1 (1) | 32 (23) | 2 (2) | 35 (34) | 3 (3) | 106 (29) | 3 (3) | 24 (10) | 18 (11) | 95 (5) | 28 (2) | view |
| 33 | 1 (1) | 26 (20) | 2 (2) | 24 (23) | 3 (3) | 102 (27) | 1 (1) | 23 (10) | 19 (9) | 75 (5) | 19 (2) | view |
| 34 | 1 (1) | 31 (20) | 2 (1) | 12 (11) | 3 (3) | 96 (28) | 1 (1) | 16 (9) | 13 (9) | 85 (7) | 11 (1) | view |
| 35 | 1 (1) | 29 (20) | 43 (26) | 27 (26) | 2 (2) | 101 (34) | 3 (3) | 22 (9) | 24 (12) | 82 (4) | 26 (4) | view |
| 36 | 118 (9) | 25 (17) | 44 (22) | 29 (28) | 3 (3) | 100 (30) | 3 (3) | 16 (8) | 15 (9) | 89 (6) | 22 (2) | view |
| 37 | 1 (1) | 25 (16) | 49 (22) | 29 (29) | 3 (3) | 88 (22) | 4 (4) | 18 (8) | 13 (10) | 84 (7) | 9 (1) | view |
| 38 | 1 (1) | 27 (18) | 2 (2) | 9 (9) | 2 (2) | 96 (28) | 1 (1) | 15 (11) | 12 (9) | 84 (9) | 6 (1) | view |
| 39 | 137 (3) | 23 (15) | 50 (25) | 13 (12) | 2 (2) | 112 (23) | 3 (3) | 32 (11) | 25 (14) | 99 (4) | 26 (2) | view |
| 40 | 167 (16) | 26 (19) | 2 (2) | 33 (32) | 3 (3) | 103 (34) | 3 (3) | 40 (9) | 33 (12) | 108 (6) | 52 (5) | view |
| 41 | 115 (11) | 22 (13) | 3 (2) | 21 (20) | 3 (2) | 99 (25) | 1 (1) | 25 (10) | 19 (10) | 99 (8) | 31 (2) | view |
| 42 | 156 (7) | 24 (17) | 3 (3) | 21 (20) | 3 (2) | 96 (29) | 3 (3) | 23 (10) | 21 (11) | 88 (5) | 27 (2) | view |
| 43 | 129 (5) | 27 (19) | 10 (6) | 11 (10) | 2 (2) | 105 (32) | 3 (3) | 17 (7) | 11 (10) | 102 (6) | 2 (1) | view |
| 44 | 14 (11) | 34 (23) | 2 (2) | 22 (22) | 2 (2) | 97 (26) | 3 (3) | 27 (8) | 21 (11) | 114 (8) | 36 (3) | view |
| 45 | 181 (7) | 29 (18) | 2 (2) | 18 (17) | 2 (2) | 95 (22) | 3 (3) | 31 (9) | 25 (13) | 117 (3) | 29 (1) | view |
| 46 | 1 (1) | 26 (20) | 2 (1) | 5 (4) | 3 (2) | 104 (24) | 3 (3) | 12 (12) | 14 (14) | 62 (5) | 1 (1) | view |
| 47 | 1 (1) | 28 (18) | 2 (2) | 25 (25) | 5 (3) | 106 (31) | 1 (1) | 22 (9) | 20 (11) | 100 (9) | 25 (3) | view |
| 48 | 1 (1) | 34 (22) | 2 (2) | 28 (27) | 3 (3) | 93 (24) | 3 (3) | 30 (9) | 20 (11) | 116 (7) | 37 (3) | view |
| 49 | 184 (9) | 30 (19) | 2 (2) | 28 (28) | 4 (3) | 101 (30) | 3 (3) | 38 (9) | 35 (10) | 132 (4) | 55 (4) | view |
| 50 | 1 (1) | 33 (23) | 41 (18) | 11 (10) | 3 (2) | 104 (24) | 3 (3) | 18 (6) | 15 (10) | 74 (5) | 14 (2) | view |
| 51 | 1 (1) | 28 (18) | 2 (2) | 12 (11) | 3 (3) | 96 (36) | 3 (3) | 22 (10) | 10 (8) | 85 (7) | 13 (1) | view |
| 52 | 1 (1) | 21 (16) | 2 (1) | 7 (6) | 22 (9) | 113 (29) | 1 (1) | 11 (10) | 13 (11) | 69 (6) | 1 (1) | view |
| 53 | 113 (6) | 24 (17) | 49 (26) | 21 (20) | 3 (2) | 100 (29) | 4 (4) | 30 (11) | 25 (11) | 100 (3) | 28 (3) | view |
| 54 | 130 (4) | 33 (22) | 2 (2) | 19 (18) | 2 (2) | 100 (28) | 3 (3) | 23 (9) | 18 (12) | 99 (10) | 21 (2) | view |
| 55 | 185 (11) | 28 (19) | 2 (2) | 15 (14) | 2 (2) | 114 (27) | 1 (1) | 22 (9) | 13 (8) | 104 (9) | 20 (1) | view |
| 56 | 1 (1) | 26 (20) | 4 (2) | 11 (10) | 4 (2) | 107 (31) | 4 (4) | 22 (9) | 17 (11) | 103 (4) | 15 (1) | view |
| 57 | 1 (1) | 36 (19) | 2 (1) | 14 (13) | 2 (2) | 104 (21) | 1 (1) | 31 (10) | 26 (10) | 109 (7) | 30 (1) | view |
| 58 | 1 (1) | 31 (20) | 2 (2) | 17 (16) | 3 (3) | 96 (24) | 4 (4) | 24 (7) | 16 (10) | 89 (5) | 22 (1) | view |
| 59 | 150 (9) | 24 (18) | 8 (5) | 21 (20) | 2 (2) | 110 (31) | 1 (1) | 30 (11) | 20 (10) | 113 (6) | 33 (3) | view |
| 60 | 156 (6) | 32 (21) | 5 (4) | 31 (31) | 3 (3) | 109 (25) | 3 (3) | 26 (7) | 18 (9) | 102 (9) | 34 (3) | view |
| 61 | 119 (6) | 37 (23) | 48 (21) | 25 (24) | 3 (3) | 100 (26) | 1 (1) | 41 (10) | 30 (10) | 108 (4) | 42 (1) | view |
| 62 | 100 (4) | 19 (14) | 50 (19) | 9 (8) | 2 (2) | 101 (28) | 3 (3) | 23 (9) | 15 (11) | 77 (3) | 11 (1) | view |
| 63 | 1 (1) | 34 (20) | 2 (2) | 21 (21) | 4 (3) | 96 (26) | 4 (4) | 21 (6) | 14 (8) | 75 (7) | 13 (1) | view |
| 64 | 159 (11) | 34 (22) | 2 (2) | 30 (30) | 3 (2) | 95 (28) | 3 (3) | 32 (13) | 26 (11) | 91 (4) | 45 (2) | view |
| 65 | 183 (7) | 25 (18) | 2 (2) | 20 (20) | 3 (2) | 95 (25) | 1 (1) | 45 (10) | 32 (11) | 142 (5) | 51 (4) | view |
| 66 | 114 (3) | 31 (20) | 50 (22) | 23 (22) | 2 (2) | 108 (23) | 1 (1) | 23 (8) | 19 (11) | 131 (10) | 25 (2) | view |
| 67 | 1 (1) | 29 (17) | 2 (2) | 16 (15) | 3 (3) | 113 (21) | 3 (3) | 15 (10) | 10 (8) | 90 (6) | 10 (1) | view |
| 68 | 128 (8) | 29 (19) | 50 (21) | 13 (12) | 3 (2) | 102 (26) | 3 (3) | 25 (9) | 20 (9) | 99 (6) | 30 (1) | view |
| 69 | 1 (1) | 28 (19) | 2 (2) | 37 (37) | 3 (3) | 94 (23) | 3 (3) | 45 (9) | 35 (8) | 125 (9) | 77 (6) | view |
| 70 | 3 (3) | 26 (18) | 2 (2) | 30 (29) | 2 (2) | 104 (22) | 3 (3) | 30 (10) | 25 (10) | 78 (2) | 36 (2) | view |
| 71 | 1 (1) | 25 (16) | 2 (2) | 8 (7) | 2 (2) | 98 (29) | 4 (4) | 12 (9) | 12 (11) | 106 (7) | 1 (1) | view |
| 72 | 154 (15) | 31 (21) | 2 (2) | 25 (24) | 2 (2) | 100 (32) | 3 (3) | 26 (9) | 19 (10) | 74 (4) | 32 (2) | view |
| 73 | 122 (4) | 27 (18) | 39 (19) | 32 (31) | 2 (2) | 103 (22) | 1 (1) | 36 (7) | 30 (11) | 101 (5) | 47 (1) | view |
| 74 | 1 (1) | 18 (13) | 2 (2) | 6 (5) | 2 (2) | 91 (26) | 3 (3) | 11 (7) | 11 (10) | 104 (7) | 2 (1) | view |
| 75 | 143 (6) | 23 (13) | 35 (18) | 6 (5) | 9 (2) | 105 (23) | 3 (3) | 20 (10) | 17 (12) | 84 (4) | 10 (1) | view |
| 76 | 1 (1) | 23 (15) | 2 (2) | 9 (8) | 4 (3) | 97 (25) | 4 (4) | 8 (7) | 10 (10) | 62 (6) | 1 (1) | view |
| 77 | 1 (1) | 28 (16) | 2 (2) | 27 (26) | 2 (2) | 108 (29) | 3 (3) | 18 (8) | 17 (9) | 64 (5) | 14 (1) | view |
| 78 | 1 (1) | 23 (16) | 2 (1) | 15 (14) | 3 (2) | 95 (27) | 3 (3) | 17 (6) | 12 (8) | 85 (8) | 8 (1) | view |
| 79 | 151 (6) | 31 (21) | 9 (6) | 27 (26) | 2 (2) | 104 (24) | 3 (3) | 31 (10) | 21 (9) | 132 (5) | 30 (2) | view |
| 80 | 167 (15) | 20 (14) | 2 (2) | 20 (19) | 2 (2) | 109 (29) | 3 (3) | 36 (10) | 20 (10) | 114 (7) | 41 (3) | view |
| 81 | 1 (1) | 24 (16) | 2 (1) | 7 (6) | 19 (6) | 111 (25) | 1 (1) | 12 (8) | 11 (10) | 114 (7) | 2 (1) | view |
| 82 | 3 (3) | 17 (13) | 2 (2) | 10 (9) | 2 (2) | 93 (24) | 3 (3) | 10 (7) | 9 (9) | 56 (4) | 1 (1) | view |
| 83 | 195 (12) | 33 (23) | 2 (2) | 33 (32) | 3 (2) | 99 (26) | 1 (1) | 32 (10) | 32 (14) | 117 (9) | 77 (8) | view |
| 84 | 150 (7) | 29 (20) | 49 (26) | 13 (12) | 3 (2) | 107 (27) | 4 (4) | 24 (11) | 21 (14) | 120 (7) | 23 (1) | view |
| 85 | 131 (4) | 27 (21) | 48 (25) | 27 (26) | 3 (3) | 99 (31) | 3 (3) | 42 (9) | 24 (10) | 110 (6) | 45 (1) | view |
| 86 | 2 (2) | 23 (16) | 2 (2) | 31 (30) | 2 (2) | 106 (23) | 3 (3) | 24 (8) | 18 (8) | 98 (5) | 42 (4) | view |
| 87 | 152 (11) | 28 (19) | 2 (2) | 13 (12) | 3 (2) | 104 (28) | 3 (3) | 12 (6) | 12 (9) | 63 (6) | 4 (1) | view |
| 88 | 1 (1) | 22 (15) | 2 (2) | 4 (3) | 2 (2) | 90 (27) | 3 (3) | 10 (10) | 11 (11) | 93 (6) | 1 (1) | view |
| 89 | 1 (1) | 28 (18) | 2 (1) | 10 (9) | 19 (6) | 106 (19) | 1 (1) | 21 (11) | 15 (11) | 97 (4) | 18 (1) | view |
| 90 | 100 (2) | 30 (21) | 50 (22) | 11 (11) | 3 (3) | 99 (21) | 3 (3) | 29 (8) | 23 (10) | 93 (4) | 28 (1) | view |
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| 100 | 188 (9) | 31 (20) | 2 (2) | 13 (12) | 2 (2) | 98 (28) | 1 (1) | 37 (12) | 28 (10) | 124 (8) | 36 (2) | view |