Figure 1.Compare clustering results. Left panel: The difference score, number of clusters and the block mean of different clusterings. Right panel: Concordance between clustering methods. The concordance measures how similar two clusterings are. The definition of the concordance score can be found here.
Table 1.Number of clusters identified by each clustering method. Numbers in the table indicate the number of clusters. The numbers inside the parentheses are the number of clusters with size >= 5.
| run | binary_cut | kmeans | pam | dynamicTreeCut | mclust | apcluster | hdbscan | fast_greedy | louvain | walktrap | MCL | Details |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 26 (10) | 16 (16) | 2 (2) | 38 (38) | 39 (31) | 34 (32) | 29 (29) | 8 (5) | 7 (5) | 17 (7) | 11 (4) | view |
| 2 | 12 (8) | 22 (22) | 2 (2) | 46 (46) | 28 (24) | 30 (29) | 32 (32) | 7 (3) | 10 (5) | 17 (5) | 12 (2) | view |
| 3 | 32 (9) | 18 (18) | 2 (2) | 46 (46) | 28 (23) | 29 (28) | 27 (27) | 9 (3) | 9 (5) | 21 (8) | 14 (3) | view |
| 4 | 36 (7) | 22 (22) | 2 (2) | 45 (45) | 29 (24) | 33 (30) | 27 (27) | 12 (3) | 11 (4) | 18 (4) | 15 (3) | view |
| 5 | 3 (3) | 23 (23) | 2 (2) | 44 (44) | 4 (4) | 29 (27) | 34 (34) | 6 (3) | 7 (5) | 15 (7) | 10 (3) | view |
| 6 | 26 (7) | 25 (23) | 2 (2) | 40 (40) | 26 (22) | 31 (29) | 15 (15) | 11 (4) | 11 (5) | 15 (6) | 14 (3) | view |
| 7 | 30 (8) | 21 (21) | 2 (2) | 39 (39) | 3 (3) | 32 (29) | 28 (28) | 7 (2) | 7 (5) | 13 (5) | 10 (3) | view |
| 8 | 19 (7) | 26 (26) | 2 (2) | 42 (42) | 29 (25) | 32 (31) | 31 (31) | 7 (3) | 9 (5) | 11 (5) | 8 (2) | view |
| 9 | 21 (7) | 18 (18) | 2 (2) | 45 (45) | 2 (2) | 27 (24) | 27 (27) | 8 (3) | 6 (5) | 14 (5) | 11 (3) | view |
| 10 | 33 (8) | 25 (24) | 2 (2) | 41 (41) | 25 (23) | 32 (28) | 30 (30) | 8 (4) | 7 (5) | 20 (6) | 11 (2) | view |
| 11 | 32 (8) | 17 (17) | 2 (2) | 45 (45) | 28 (25) | 29 (28) | 13 (13) | 6 (2) | 7 (5) | 15 (5) | 9 (3) | view |
| 12 | 8 (7) | 23 (22) | 2 (2) | 43 (43) | 49 (35) | 32 (30) | 29 (29) | 6 (3) | 7 (5) | 11 (5) | 7 (2) | view |
| 13 | 28 (8) | 18 (18) | 2 (2) | 44 (44) | 28 (25) | 30 (28) | 29 (29) | 7 (3) | 9 (5) | 16 (6) | 10 (2) | view |
| 14 | 31 (7) | 17 (17) | 2 (2) | 47 (47) | 30 (25) | 32 (30) | 28 (28) | 9 (3) | 8 (5) | 18 (6) | 11 (2) | view |
| 15 | 17 (4) | 19 (19) | 2 (2) | 43 (43) | 32 (28) | 29 (29) | 19 (19) | 8 (3) | 8 (5) | 16 (5) | 9 (3) | view |
| 16 | 34 (11) | 21 (20) | 2 (2) | 42 (42) | 4 (4) | 29 (28) | 26 (26) | 9 (4) | 8 (6) | 18 (7) | 10 (3) | view |
| 17 | 29 (7) | 18 (18) | 2 (2) | 43 (43) | 32 (26) | 30 (25) | 25 (25) | 10 (4) | 9 (6) | 26 (7) | 15 (3) | view |
| 18 | 24 (8) | 22 (21) | 2 (2) | 39 (39) | 31 (25) | 32 (29) | 26 (26) | 7 (5) | 8 (5) | 14 (5) | 10 (4) | view |
| 19 | 8 (8) | 22 (21) | 2 (2) | 44 (44) | 30 (27) | 32 (29) | 29 (29) | 6 (3) | 7 (5) | 16 (6) | 11 (4) | view |
| 20 | 23 (10) | 17 (17) | 4 (4) | 46 (46) | 2 (2) | 31 (31) | 24 (24) | 4 (4) | 7 (7) | 19 (7) | 11 (3) | view |
| 21 | 21 (10) | 20 (20) | 2 (2) | 41 (41) | 2 (2) | 35 (34) | 29 (29) | 8 (4) | 9 (6) | 16 (5) | 12 (2) | view |
| 22 | 30 (8) | 21 (21) | 2 (2) | 45 (45) | 29 (24) | 30 (27) | 25 (25) | 11 (3) | 11 (5) | 18 (6) | 13 (3) | view |
| 23 | 33 (7) | 11 (11) | 2 (2) | 43 (43) | 33 (26) | 31 (28) | 18 (18) | 6 (3) | 7 (5) | 15 (7) | 7 (2) | view |
| 24 | 28 (6) | 18 (18) | 2 (2) | 47 (47) | 23 (22) | 26 (24) | 30 (30) | 7 (3) | 6 (5) | 11 (6) | 9 (3) | view |
| 25 | 31 (7) | 23 (23) | 2 (2) | 38 (38) | 29 (25) | 30 (26) | 27 (27) | 12 (4) | 12 (6) | 16 (5) | 11 (3) | view |
| 26 | 29 (8) | 21 (21) | 2 (2) | 45 (45) | 30 (25) | 37 (34) | 15 (15) | 8 (2) | 8 (5) | 14 (5) | 10 (2) | view |
| 27 | 14 (9) | 15 (15) | 2 (2) | 44 (44) | 51 (33) | 36 (30) | 20 (20) | 14 (3) | 9 (5) | 21 (6) | 17 (3) | view |
| 28 | 40 (7) | 22 (21) | 2 (2) | 42 (42) | 29 (23) | 30 (28) | 28 (28) | 9 (4) | 8 (5) | 16 (4) | 14 (2) | view |
| 29 | 38 (10) | 22 (21) | 2 (2) | 43 (43) | 32 (26) | 29 (26) | 14 (14) | 8 (3) | 9 (4) | 19 (5) | 14 (3) | view |
| 30 | 26 (7) | 19 (19) | 2 (2) | 41 (41) | 32 (27) | 36 (31) | 30 (30) | 10 (4) | 8 (4) | 17 (6) | 13 (2) | view |
| 31 | 27 (8) | 22 (21) | 2 (2) | 45 (45) | 25 (21) | 29 (28) | 16 (16) | 9 (3) | 11 (5) | 15 (6) | 11 (2) | view |
| 32 | 32 (8) | 22 (22) | 2 (2) | 46 (46) | 31 (23) | 32 (31) | 23 (23) | 11 (4) | 11 (4) | 18 (6) | 13 (3) | view |
| 33 | 23 (8) | 25 (25) | 3 (3) | 43 (43) | 27 (23) | 33 (28) | 16 (16) | 8 (4) | 9 (5) | 12 (6) | 8 (3) | view |
| 34 | 25 (12) | 22 (22) | 2 (2) | 42 (42) | 32 (28) | 38 (33) | 27 (27) | 9 (3) | 9 (5) | 16 (5) | 10 (3) | view |
| 35 | 1 (1) | 19 (19) | 2 (2) | 44 (44) | 27 (24) | 32 (30) | 24 (24) | 8 (2) | 7 (4) | 12 (4) | 9 (1) | view |
| 36 | 14 (10) | 14 (14) | 2 (2) | 43 (43) | 32 (28) | 31 (30) | 28 (28) | 8 (3) | 10 (5) | 19 (6) | 12 (4) | view |
| 37 | 16 (10) | 21 (20) | 2 (2) | 43 (43) | 33 (27) | 29 (28) | 25 (25) | 11 (3) | 10 (5) | 17 (4) | 14 (2) | view |
| 38 | 15 (10) | 21 (21) | 2 (2) | 39 (39) | 2 (2) | 32 (31) | 22 (22) | 10 (2) | 8 (5) | 15 (6) | 9 (2) | view |
| 39 | 9 (7) | 19 (19) | 2 (2) | 41 (41) | 31 (27) | 30 (27) | 22 (22) | 10 (3) | 11 (5) | 23 (5) | 15 (2) | view |
| 40 | 17 (11) | 17 (16) | 2 (2) | 45 (45) | 30 (23) | 30 (26) | 13 (13) | 10 (5) | 10 (5) | 16 (7) | 9 (3) | view |
| 41 | 28 (6) | 17 (17) | 2 (2) | 39 (39) | 26 (24) | 29 (26) | 30 (30) | 7 (3) | 8 (5) | 13 (5) | 10 (2) | view |
| 42 | 10 (7) | 21 (21) | 2 (2) | 40 (40) | 3 (3) | 29 (29) | 16 (16) | 6 (3) | 7 (4) | 15 (6) | 11 (2) | view |
| 43 | 26 (7) | 17 (16) | 4 (4) | 41 (41) | 3 (3) | 33 (29) | 27 (27) | 6 (3) | 8 (5) | 13 (5) | 9 (2) | view |
| 44 | 23 (7) | 20 (20) | 2 (2) | 47 (47) | 29 (28) | 29 (29) | 26 (26) | 6 (3) | 8 (5) | 13 (5) | 9 (2) | view |
| 45 | 35 (8) | 21 (21) | 2 (2) | 42 (42) | 28 (24) | 31 (26) | 13 (13) | 7 (3) | 8 (4) | 16 (7) | 10 (4) | view |
| 46 | 5 (5) | 17 (17) | 2 (2) | 47 (47) | 29 (26) | 36 (32) | 16 (16) | 9 (3) | 8 (5) | 15 (4) | 10 (2) | view |
| 47 | 15 (9) | 18 (18) | 2 (2) | 39 (39) | 27 (25) | 33 (29) | 27 (27) | 11 (3) | 10 (5) | 15 (5) | 10 (3) | view |
| 48 | 3 (3) | 25 (24) | 2 (2) | 44 (44) | 3 (3) | 31 (29) | 27 (27) | 10 (2) | 11 (5) | 19 (5) | 13 (4) | view |
| 49 | 5 (5) | 18 (18) | 2 (2) | 49 (49) | 30 (27) | 31 (31) | 27 (27) | 7 (3) | 10 (5) | 17 (6) | 13 (2) | view |
| 50 | 24 (9) | 18 (18) | 2 (2) | 42 (42) | 2 (2) | 30 (28) | 27 (27) | 8 (5) | 9 (6) | 15 (6) | 12 (4) | view |
| 51 | 15 (9) | 22 (21) | 2 (2) | 43 (43) | 27 (24) | 29 (26) | 15 (15) | 6 (3) | 8 (5) | 12 (4) | 11 (3) | view |
| 52 | 29 (8) | 23 (22) | 2 (2) | 42 (42) | 25 (23) | 31 (30) | 27 (27) | 9 (4) | 9 (6) | 20 (6) | 14 (2) | view |
| 53 | 17 (10) | 28 (27) | 2 (2) | 44 (44) | 29 (26) | 28 (28) | 17 (17) | 9 (4) | 9 (5) | 18 (6) | 11 (3) | view |
| 54 | 32 (7) | 25 (24) | 2 (2) | 40 (40) | 25 (20) | 31 (28) | 21 (21) | 8 (4) | 10 (6) | 19 (5) | 14 (2) | view |
| 55 | 18 (9) | 16 (15) | 2 (2) | 39 (39) | 3 (3) | 26 (25) | 8 (8) | 6 (3) | 8 (5) | 15 (6) | 11 (3) | view |
| 56 | 22 (9) | 18 (17) | 2 (2) | 46 (46) | 30 (29) | 32 (31) | 38 (38) | 6 (3) | 7 (5) | 13 (6) | 8 (2) | view |
| 57 | 23 (8) | 20 (19) | 2 (2) | 48 (48) | 59 (40) | 29 (29) | 13 (13) | 8 (2) | 8 (4) | 17 (5) | 11 (2) | view |
| 58 | 26 (6) | 20 (20) | 2 (2) | 41 (41) | 4 (4) | 32 (29) | 24 (24) | 5 (3) | 7 (5) | 16 (5) | 13 (3) | view |
| 59 | 29 (7) | 26 (25) | 2 (2) | 44 (44) | 63 (32) | 30 (26) | 27 (27) | 6 (3) | 7 (5) | 10 (5) | 9 (3) | view |
| 60 | 3 (3) | 16 (16) | 2 (2) | 42 (42) | 6 (6) | 35 (34) | 26 (26) | 8 (3) | 9 (6) | 14 (7) | 9 (4) | view |
| 61 | 22 (8) | 24 (24) | 2 (2) | 45 (45) | 5 (5) | 32 (31) | 32 (32) | 10 (2) | 9 (5) | 14 (6) | 12 (3) | view |
| 62 | 35 (7) | 22 (22) | 4 (4) | 45 (45) | 31 (26) | 30 (28) | 29 (29) | 11 (3) | 10 (5) | 19 (5) | 14 (2) | view |
| 63 | 16 (7) | 18 (18) | 2 (2) | 39 (39) | 46 (30) | 31 (28) | 15 (15) | 8 (3) | 9 (5) | 20 (6) | 12 (2) | view |
| 64 | 31 (7) | 19 (19) | 2 (2) | 39 (39) | 30 (27) | 32 (29) | 25 (25) | 9 (3) | 10 (6) | 17 (6) | 13 (2) | view |
| 65 | 7 (7) | 18 (18) | 2 (2) | 47 (47) | 32 (24) | 34 (32) | 28 (28) | 10 (3) | 9 (4) | 20 (6) | 15 (3) | view |
| 66 | 33 (9) | 24 (23) | 2 (2) | 45 (45) | 4 (4) | 31 (31) | 27 (27) | 8 (3) | 10 (5) | 18 (6) | 15 (3) | view |
| 67 | 30 (7) | 19 (18) | 4 (4) | 39 (39) | 28 (24) | 31 (30) | 17 (17) | 9 (3) | 9 (5) | 17 (5) | 14 (2) | view |
| 68 | 26 (11) | 25 (23) | 2 (2) | 45 (45) | 28 (25) | 34 (30) | 30 (30) | 7 (2) | 7 (5) | 12 (6) | 7 (2) | view |
| 69 | 13 (9) | 25 (25) | 2 (2) | 46 (46) | 33 (27) | 34 (33) | 11 (11) | 10 (2) | 8 (5) | 19 (5) | 13 (2) | view |
| 70 | 17 (6) | 24 (23) | 2 (2) | 46 (46) | 28 (24) | 27 (26) | 10 (10) | 7 (3) | 8 (6) | 15 (7) | 8 (3) | view |
| 71 | 32 (9) | 22 (22) | 2 (2) | 37 (37) | 3 (3) | 29 (28) | 28 (28) | 4 (4) | 7 (6) | 15 (6) | 10 (2) | view |
| 72 | 32 (9) | 16 (16) | 2 (2) | 46 (46) | 32 (27) | 32 (28) | 18 (18) | 9 (3) | 9 (6) | 12 (5) | 11 (4) | view |
| 73 | 24 (10) | 23 (23) | 2 (2) | 39 (39) | 24 (22) | 35 (30) | 29 (29) | 9 (5) | 9 (6) | 16 (7) | 10 (4) | view |
| 74 | 24 (8) | 17 (17) | 2 (2) | 45 (45) | 3 (3) | 31 (30) | 17 (17) | 6 (4) | 7 (5) | 14 (7) | 11 (5) | view |
| 75 | 28 (7) | 18 (18) | 2 (2) | 44 (44) | 2 (2) | 31 (29) | 22 (22) | 9 (4) | 7 (5) | 13 (5) | 10 (2) | view |
| 76 | 12 (8) | 20 (20) | 2 (2) | 43 (43) | 31 (26) | 27 (25) | 13 (13) | 9 (3) | 12 (5) | 14 (5) | 11 (2) | view |
| 77 | 7 (7) | 21 (20) | 2 (2) | 37 (37) | 3 (3) | 29 (25) | 31 (31) | 9 (3) | 9 (5) | 17 (5) | 12 (4) | view |
| 78 | 39 (7) | 16 (16) | 2 (2) | 48 (48) | 27 (23) | 28 (27) | 15 (15) | 10 (2) | 12 (7) | 17 (6) | 14 (4) | view |
| 79 | 31 (9) | 22 (22) | 2 (2) | 42 (42) | 44 (33) | 31 (31) | 12 (12) | 8 (3) | 9 (5) | 16 (5) | 8 (2) | view |
| 80 | 5 (5) | 22 (21) | 2 (2) | 40 (40) | 32 (24) | 32 (28) | 27 (27) | 9 (3) | 8 (5) | 15 (5) | 10 (3) | view |
| 81 | 31 (7) | 20 (20) | 2 (2) | 44 (44) | 42 (32) | 31 (31) | 24 (24) | 11 (4) | 11 (6) | 18 (6) | 13 (3) | view |
| 82 | 16 (11) | 19 (19) | 2 (2) | 42 (42) | 29 (23) | 31 (28) | 21 (21) | 12 (2) | 9 (6) | 16 (4) | 13 (3) | view |
| 83 | 30 (7) | 21 (21) | 2 (2) | 42 (42) | 3 (3) | 31 (29) | 24 (24) | 9 (3) | 10 (5) | 16 (5) | 13 (3) | view |
| 84 | 31 (8) | 22 (22) | 2 (2) | 43 (43) | 25 (21) | 31 (28) | 19 (19) | 8 (3) | 8 (5) | 15 (6) | 10 (2) | view |
| 85 | 20 (7) | 19 (19) | 2 (2) | 46 (46) | 6 (6) | 30 (30) | 25 (25) | 6 (4) | 7 (6) | 18 (6) | 9 (3) | view |
| 86 | 7 (7) | 20 (20) | 2 (2) | 41 (41) | 29 (23) | 30 (27) | 24 (24) | 6 (3) | 7 (4) | 12 (6) | 9 (3) | view |
| 87 | 24 (7) | 16 (16) | 2 (2) | 43 (43) | 30 (26) | 28 (25) | 17 (17) | 5 (3) | 8 (6) | 17 (6) | 11 (3) | view |
| 88 | 32 (9) | 15 (15) | 2 (2) | 47 (47) | 32 (27) | 34 (33) | 27 (27) | 9 (4) | 10 (5) | 17 (5) | 13 (3) | view |
| 89 | 4 (4) | 21 (21) | 2 (2) | 43 (43) | 32 (23) | 30 (27) | 28 (28) | 9 (2) | 7 (5) | 17 (6) | 12 (2) | view |
| 90 | 9 (8) | 18 (18) | 2 (2) | 42 (42) | 3 (3) | 29 (28) | 25 (25) | 6 (4) | 6 (4) | 17 (6) | 13 (4) | view |
| 91 | 8 (7) | 21 (20) | 2 (2) | 43 (43) | 22 (20) | 32 (31) | 19 (19) | 9 (3) | 10 (5) | 14 (6) | 11 (2) | view |
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