Figure 1.Compare clustering results. Left panel: The difference score, number of clusters and the block mean of different clusterings. Right panel: Concordance between clustering methods. The concordance measures how similar two clusterings are. The definition of the concordance score can be found here.
Table 1.Number of clusters identified by each clustering method. Numbers in the table indicate the number of clusters. The numbers inside the parentheses are the number of clusters with size >= 5.
| run | binary_cut | kmeans | pam | dynamicTreeCut | mclust | apcluster | hdbscan | fast_greedy | louvain | walktrap | MCL | Details |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 13 (11) | 21 (19) | 8 (8) | 33 (33) | 36 (27) | 28 (26) | 32 (32) | 10 (7) | 11 (8) | 9 (5) | 14 (7) | view |
| 2 | 41 (13) | 22 (19) | 3 (3) | 32 (32) | 33 (29) | 30 (28) | 30 (30) | 11 (7) | 12 (8) | 11 (6) | 15 (6) | view |
| 3 | 34 (10) | 29 (27) | 3 (3) | 29 (29) | 35 (29) | 23 (22) | 30 (30) | 10 (5) | 12 (7) | 11 (5) | 16 (7) | view |
| 4 | 38 (12) | 20 (20) | 21 (21) | 31 (31) | 39 (27) | 26 (25) | 27 (27) | 9 (5) | 10 (6) | 9 (4) | 15 (8) | view |
| 5 | 39 (10) | 18 (17) | 3 (3) | 34 (34) | 42 (31) | 28 (27) | 34 (34) | 11 (6) | 12 (7) | 11 (6) | 16 (7) | view |
| 6 | 10 (10) | 17 (17) | 3 (3) | 35 (35) | 42 (28) | 27 (27) | 28 (28) | 10 (6) | 10 (6) | 10 (5) | 15 (7) | view |
| 7 | 35 (13) | 16 (16) | 3 (3) | 34 (34) | 33 (30) | 29 (26) | 30 (30) | 8 (5) | 8 (5) | 8 (4) | 14 (6) | view |
| 8 | 12 (11) | 19 (19) | 18 (18) | 32 (32) | 36 (25) | 27 (26) | 30 (30) | 9 (5) | 10 (6) | 10 (5) | 15 (7) | view |
| 9 | 42 (9) | 21 (19) | 3 (3) | 30 (30) | 33 (26) | 27 (24) | 26 (26) | 11 (5) | 12 (6) | 10 (4) | 20 (7) | view |
| 10 | 37 (13) | 16 (16) | 21 (21) | 34 (34) | 31 (26) | 26 (25) | 28 (28) | 7 (5) | 8 (6) | 11 (6) | 17 (6) | view |
| 11 | 37 (9) | 16 (15) | 17 (17) | 35 (35) | 34 (28) | 25 (25) | 33 (33) | 11 (5) | 11 (5) | 11 (5) | 14 (5) | view |
| 12 | 14 (13) | 23 (22) | 28 (26) | 33 (33) | 38 (28) | 26 (25) | 32 (32) | 10 (5) | 11 (6) | 9 (4) | 12 (6) | view |
| 13 | 37 (11) | 10 (10) | 20 (20) | 32 (32) | 40 (30) | 28 (26) | 32 (32) | 8 (5) | 10 (7) | 9 (5) | 13 (6) | view |
| 14 | 15 (12) | 25 (23) | 25 (25) | 33 (33) | 37 (27) | 27 (26) | 31 (31) | 9 (7) | 9 (7) | 8 (5) | 14 (8) | view |
| 15 | 36 (11) | 23 (22) | 15 (15) | 32 (32) | 35 (27) | 26 (24) | 25 (25) | 9 (7) | 9 (7) | 7 (5) | 11 (6) | view |
| 16 | 41 (11) | 14 (14) | 12 (12) | 32 (32) | 34 (28) | 24 (22) | 25 (25) | 8 (5) | 9 (6) | 8 (4) | 16 (6) | view |
| 17 | 49 (13) | 15 (15) | 13 (13) | 29 (29) | 32 (29) | 24 (22) | 28 (28) | 15 (6) | 15 (6) | 14 (5) | 20 (7) | view |
| 18 | 40 (11) | 18 (16) | 3 (3) | 31 (31) | 38 (28) | 26 (24) | 32 (32) | 10 (5) | 11 (6) | 10 (5) | 16 (7) | view |
| 19 | 44 (11) | 22 (20) | 21 (21) | 30 (30) | 39 (27) | 27 (26) | 31 (31) | 11 (6) | 12 (7) | 11 (5) | 19 (8) | view |
| 20 | 34 (12) | 16 (16) | 18 (18) | 29 (29) | 33 (28) | 27 (25) | 29 (29) | 8 (5) | 9 (6) | 8 (4) | 13 (5) | view |
| 21 | 13 (12) | 18 (18) | 3 (3) | 32 (32) | 33 (28) | 24 (23) | 28 (28) | 11 (7) | 12 (8) | 11 (6) | 14 (8) | view |
| 22 | 36 (11) | 27 (25) | 21 (21) | 32 (32) | 37 (28) | 28 (27) | 31 (31) | 8 (6) | 8 (6) | 6 (4) | 13 (6) | view |
| 23 | 12 (10) | 22 (22) | 22 (22) | 31 (31) | 36 (30) | 24 (24) | 31 (31) | 11 (6) | 11 (6) | 11 (5) | 18 (6) | view |
| 24 | 40 (9) | 16 (16) | 23 (23) | 26 (26) | 35 (27) | 25 (25) | 26 (26) | 10 (6) | 10 (6) | 11 (5) | 18 (6) | view |
| 25 | 40 (12) | 17 (16) | 3 (3) | 34 (34) | 31 (27) | 28 (26) | 28 (28) | 10 (5) | 11 (6) | 10 (4) | 17 (6) | view |
| 26 | 37 (9) | 18 (18) | 18 (18) | 27 (27) | 35 (27) | 26 (25) | 27 (27) | 7 (5) | 8 (6) | 9 (4) | 16 (8) | view |
| 27 | 33 (11) | 25 (22) | 21 (21) | 30 (30) | 36 (29) | 28 (26) | 26 (26) | 10 (5) | 11 (6) | 10 (5) | 13 (5) | view |
| 28 | 15 (13) | 23 (23) | 20 (20) | 30 (30) | 40 (31) | 28 (28) | 30 (30) | 13 (6) | 13 (6) | 12 (5) | 19 (7) | view |
| 29 | 15 (10) | 15 (15) | 7 (7) | 35 (35) | 36 (29) | 27 (26) | 27 (27) | 9 (5) | 10 (6) | 10 (5) | 16 (6) | view |
| 30 | 38 (12) | 20 (19) | 23 (23) | 34 (34) | 37 (29) | 28 (27) | 32 (32) | 10 (6) | 11 (7) | 10 (6) | 17 (8) | view |
| 31 | 38 (13) | 21 (19) | 17 (17) | 36 (36) | 34 (30) | 32 (31) | 31 (31) | 9 (7) | 10 (8) | 11 (6) | 13 (7) | view |
| 32 | 12 (10) | 15 (14) | 16 (16) | 29 (29) | 40 (31) | 28 (24) | 33 (33) | 11 (7) | 11 (7) | 12 (6) | 16 (9) | view |
| 33 | 18 (10) | 16 (15) | 19 (19) | 28 (28) | 39 (28) | 27 (24) | 25 (25) | 8 (5) | 8 (5) | 7 (4) | 14 (7) | view |
| 34 | 42 (11) | 17 (16) | 3 (3) | 36 (36) | 39 (30) | 30 (28) | 30 (30) | 12 (7) | 11 (6) | 12 (5) | 20 (7) | view |
| 35 | 44 (11) | 13 (13) | 3 (3) | 36 (36) | 35 (28) | 32 (29) | 35 (35) | 8 (3) | 9 (4) | 8 (3) | 22 (8) | view |
| 36 | 8 (8) | 18 (16) | 3 (3) | 31 (31) | 40 (29) | 28 (26) | 30 (30) | 10 (6) | 11 (7) | 9 (5) | 17 (7) | view |
| 37 | 15 (10) | 18 (17) | 3 (3) | 34 (34) | 39 (28) | 24 (22) | 27 (27) | 11 (6) | 11 (6) | 11 (5) | 17 (7) | view |
| 38 | 20 (11) | 14 (14) | 3 (3) | 32 (32) | 35 (26) | 29 (28) | 28 (28) | 10 (6) | 11 (7) | 10 (5) | 14 (6) | view |
| 39 | 38 (13) | 20 (19) | 3 (3) | 33 (33) | 36 (30) | 29 (28) | 31 (31) | 8 (5) | 9 (6) | 10 (5) | 13 (7) | view |
| 40 | 16 (11) | 13 (12) | 3 (3) | 37 (37) | 41 (28) | 28 (28) | 27 (27) | 11 (7) | 11 (7) | 10 (6) | 18 (8) | view |
| 41 | 46 (15) | 14 (14) | 19 (19) | 35 (35) | 36 (32) | 29 (29) | 32 (32) | 11 (6) | 10 (5) | 10 (5) | 21 (8) | view |
| 42 | 44 (12) | 20 (20) | 3 (3) | 33 (33) | 41 (32) | 31 (28) | 31 (31) | 10 (6) | 10 (6) | 10 (5) | 17 (6) | view |
| 43 | 37 (12) | 21 (20) | 23 (23) | 35 (35) | 37 (28) | 29 (27) | 31 (31) | 9 (7) | 10 (8) | 9 (7) | 13 (9) | view |
| 44 | 35 (11) | 12 (12) | 6 (6) | 35 (35) | 33 (27) | 23 (22) | 32 (32) | 12 (7) | 13 (8) | 14 (5) | 18 (7) | view |
| 45 | 44 (10) | 17 (16) | 23 (22) | 32 (32) | 33 (27) | 25 (24) | 30 (30) | 10 (4) | 12 (6) | 12 (5) | 19 (6) | view |
| 46 | 35 (12) | 15 (15) | 3 (3) | 29 (29) | 35 (29) | 25 (23) | 29 (29) | 10 (7) | 10 (7) | 10 (6) | 16 (7) | view |
| 47 | 44 (11) | 17 (17) | 25 (24) | 33 (33) | 30 (26) | 26 (25) | 30 (30) | 8 (5) | 9 (6) | 9 (5) | 17 (7) | view |
| 48 | 36 (13) | 14 (14) | 23 (23) | 36 (36) | 37 (29) | 26 (26) | 31 (31) | 10 (6) | 11 (7) | 10 (6) | 15 (8) | view |
| 49 | 36 (12) | 16 (16) | 29 (28) | 36 (36) | 33 (29) | 34 (31) | 33 (33) | 6 (4) | 9 (6) | 7 (4) | 12 (6) | view |
| 50 | 13 (11) | 18 (18) | 23 (22) | 29 (29) | 35 (27) | 26 (24) | 28 (28) | 11 (5) | 12 (6) | 11 (4) | 16 (6) | view |
| 51 | 22 (11) | 19 (18) | 11 (11) | 32 (32) | 34 (25) | 28 (26) | 35 (35) | 10 (5) | 11 (6) | 10 (4) | 21 (7) | view |
| 52 | 44 (9) | 14 (14) | 19 (19) | 30 (30) | 37 (27) | 28 (26) | 29 (29) | 10 (6) | 10 (6) | 9 (4) | 16 (5) | view |
| 53 | 39 (11) | 17 (17) | 22 (21) | 33 (33) | 35 (29) | 26 (24) | 29 (29) | 9 (5) | 11 (7) | 10 (5) | 16 (7) | view |
| 54 | 36 (11) | 17 (17) | 3 (3) | 29 (29) | 34 (27) | 25 (24) | 29 (29) | 10 (7) | 11 (8) | 9 (6) | 12 (7) | view |
| 55 | 19 (13) | 19 (18) | 21 (21) | 33 (33) | 39 (29) | 30 (28) | 28 (28) | 7 (5) | 8 (6) | 9 (5) | 13 (8) | view |
| 56 | 41 (11) | 17 (17) | 22 (22) | 33 (33) | 35 (26) | 29 (28) | 29 (29) | 10 (5) | 12 (7) | 11 (5) | 13 (6) | view |
| 57 | 40 (12) | 11 (11) | 3 (3) | 29 (29) | 35 (30) | 28 (27) | 32 (32) | 10 (5) | 12 (7) | 10 (5) | 14 (6) | view |
| 58 | 37 (11) | 22 (21) | 18 (18) | 32 (32) | 40 (31) | 25 (25) | 35 (35) | 10 (6) | 11 (7) | 10 (5) | 18 (7) | view |
| 59 | 36 (12) | 17 (16) | 20 (20) | 30 (30) | 35 (28) | 30 (27) | 28 (28) | 7 (3) | 9 (5) | 10 (4) | 15 (6) | view |
| 60 | 39 (11) | 19 (18) | 23 (23) | 34 (34) | 38 (30) | 27 (24) | 30 (30) | 9 (4) | 11 (6) | 9 (4) | 15 (5) | view |
| 61 | 13 (10) | 17 (15) | 18 (18) | 33 (33) | 43 (29) | 28 (26) | 31 (31) | 7 (5) | 8 (6) | 8 (5) | 12 (6) | view |
| 62 | 35 (9) | 13 (12) | 19 (18) | 31 (31) | 34 (28) | 26 (24) | 28 (28) | 9 (6) | 9 (6) | 9 (5) | 14 (8) | view |
| 63 | 40 (8) | 18 (17) | 20 (20) | 32 (32) | 34 (28) | 25 (24) | 24 (24) | 10 (7) | 10 (7) | 10 (5) | 18 (7) | view |
| 64 | 18 (12) | 16 (16) | 22 (22) | 32 (32) | 31 (25) | 24 (24) | 28 (28) | 10 (6) | 11 (7) | 11 (5) | 12 (6) | view |
| 65 | 31 (12) | 21 (20) | 3 (3) | 32 (32) | 36 (28) | 27 (26) | 32 (32) | 10 (5) | 11 (6) | 11 (5) | 13 (6) | view |
| 66 | 39 (11) | 18 (18) | 3 (3) | 32 (32) | 34 (26) | 22 (21) | 33 (33) | 9 (5) | 10 (6) | 9 (5) | 13 (6) | view |
| 67 | 37 (12) | 18 (17) | 21 (21) | 31 (31) | 33 (26) | 24 (22) | 25 (25) | 10 (5) | 10 (5) | 10 (5) | 14 (7) | view |
| 68 | 19 (13) | 22 (21) | 28 (26) | 34 (34) | 35 (27) | 28 (26) | 37 (37) | 10 (5) | 12 (7) | 12 (6) | 15 (6) | view |
| 69 | 9 (9) | 18 (18) | 19 (19) | 35 (35) | 37 (29) | 26 (25) | 31 (31) | 9 (5) | 9 (5) | 10 (5) | 16 (6) | view |
| 70 | 37 (11) | 14 (14) | 3 (3) | 31 (31) | 34 (26) | 26 (25) | 32 (32) | 10 (5) | 11 (6) | 10 (5) | 16 (8) | view |
| 71 | 46 (12) | 25 (23) | 25 (24) | 30 (30) | 32 (28) | 27 (25) | 28 (28) | 8 (6) | 9 (7) | 8 (4) | 17 (7) | view |
| 72 | 15 (13) | 18 (17) | 22 (22) | 31 (31) | 30 (26) | 26 (26) | 31 (31) | 8 (5) | 8 (5) | 7 (3) | 15 (6) | view |
| 73 | 34 (9) | 20 (17) | 20 (20) | 37 (37) | 31 (25) | 30 (28) | 26 (26) | 10 (6) | 11 (7) | 9 (5) | 12 (6) | view |
| 74 | 43 (11) | 20 (19) | 21 (20) | 31 (31) | 28 (26) | 27 (25) | 30 (30) | 9 (6) | 10 (7) | 10 (5) | 19 (7) | view |
| 75 | 34 (10) | 20 (19) | 19 (19) | 32 (32) | 33 (27) | 25 (23) | 26 (26) | 7 (4) | 10 (7) | 8 (4) | 14 (7) | view |
| 76 | 34 (9) | 14 (14) | 15 (15) | 33 (33) | 35 (28) | 24 (24) | 28 (28) | 8 (5) | 8 (5) | 9 (5) | 16 (7) | view |
| 77 | 47 (12) | 15 (15) | 22 (21) | 36 (36) | 33 (27) | 27 (26) | 28 (28) | 10 (5) | 10 (5) | 10 (5) | 19 (9) | view |
| 78 | 32 (13) | 16 (15) | 19 (18) | 33 (33) | 37 (29) | 29 (26) | 33 (33) | 7 (4) | 8 (5) | 7 (3) | 12 (6) | view |
| 79 | 18 (11) | 20 (19) | 23 (22) | 34 (34) | 40 (27) | 25 (23) | 27 (27) | 7 (5) | 7 (5) | 9 (5) | 14 (7) | view |
| 80 | 40 (12) | 16 (15) | 25 (25) | 32 (32) | 37 (30) | 28 (26) | 30 (30) | 11 (7) | 11 (7) | 11 (6) | 14 (8) | view |
| 81 | 11 (10) | 17 (17) | 3 (3) | 33 (33) | 35 (24) | 24 (22) | 33 (33) | 9 (5) | 10 (6) | 10 (5) | 16 (6) | view |
| 82 | 38 (13) | 14 (13) | 20 (20) | 35 (35) | 36 (28) | 25 (25) | 31 (31) | 10 (5) | 11 (6) | 12 (5) | 15 (5) | view |
| 83 | 38 (13) | 20 (20) | 3 (3) | 37 (37) | 35 (29) | 30 (27) | 35 (35) | 9 (5) | 10 (6) | 8 (4) | 15 (6) | view |
| 84 | 39 (13) | 19 (19) | 26 (26) | 35 (35) | 30 (27) | 30 (29) | 32 (32) | 9 (7) | 10 (8) | 11 (7) | 17 (7) | view |
| 85 | 37 (11) | 22 (21) | 20 (20) | 30 (30) | 40 (27) | 28 (26) | 29 (29) | 11 (6) | 11 (6) | 11 (5) | 15 (5) | view |
| 86 | 21 (12) | 24 (24) | 24 (24) | 31 (31) | 38 (30) | 27 (26) | 27 (27) | 12 (6) | 12 (6) | 11 (4) | 20 (7) | view |
| 87 | 41 (11) | 21 (21) | 15 (15) | 35 (35) | 36 (28) | 24 (23) | 31 (31) | 9 (5) | 9 (6) | 9 (5) | 17 (6) | view |
| 88 | 11 (10) | 16 (16) | 4 (4) | 32 (32) | 43 (30) | 30 (29) | 28 (28) | 9 (6) | 10 (7) | 9 (5) | 14 (7) | view |
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